远古的犬类癌症暗示第一个犬类宿主
研究人员首次提供了一种可传播肿瘤的整个基因组序列，该肿瘤在数千年前起源于某一条狗，这种肿瘤直到现在仍然在家犬中传播。他们的努力揭示了该肿瘤最初的狗宿主特征，他们说其特征可能类似于现代的阿拉斯加雪橇狗(马拉密犬)。犬传染性性病肿瘤或CTVT是2种已知的可传播的癌症之一;它可通过转移活的癌细胞而在家犬群中传播，通常是在性交时。尽管CTVTs有一段基因组序列源于某一条狗，但它们现在在许多品种的狗中独立地存在着。然而，在该肿瘤的DNA编码内，它们的第一个宿主的基因组一直存活着。为了推断第一条作为CTVT宿主的狗的特征，Elizabeth Murchison及其同事从2条现代犬——1条澳大利亚土著营地狗及1条来自巴西的美洲卡可猎犬——中对CTVTs的基因组进行了测序。 有趣的是，他们发现这2个肿瘤共享有几乎2百万个体细胞突变--这比在大多数人类肿瘤......阅读全文
基因组测序助力肿瘤精密治疗
最近，约翰霍普金斯大学Kimmel癌症中心的科学家，在对101例胰腺癌患者的血液和肿瘤进行基因组测序后发现，至少三分之一患者的肿瘤有基因突变，这些突变有朝一日可能帮助指导疾病的精密治疗。他们说，与标准的影像学检查方法相比，血液检测的结果，可以早半年预测到癌症的复发。 约翰斯霍普金斯大学医学院肿
“863”肿瘤全基因组研究获进展
7月14日，“十一五”国家“863”重大专项“食管癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”和“肺癌全基因组关联分析和药物基因组学研究”成果汇报会在京召开。 日前，遗传学权威期刊《自然—遗传学》刊登了我国科学家食道癌和肺癌研究的重要进展。由中国医学科学院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室教授林东昕
基因组学推进肿瘤研究未来发展
——访亿明达肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特 基因组学正在改变肿瘤研究，其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。 癌症通常按照形态进行分类，这指的是病理学家在显微镜下看到的内容。“如今，癌症分类依据已经开始从形态特征转变为更有效的治疗方式，其中的主要转变在很大程度上归功于基因组研
Nature：12个肿瘤类型的基因组“景观”
作为“癌症基因组图谱”之Pan-Cancer项目的一部分，本文作者发表了对来自超过3000个肿瘤、代表12个肿瘤类型的点突变和小“得失位”所做的数据分析。他们的发现包括127个显着突变的基因，它们来自与癌症有已经确定的联系和新发现联系的细胞过程。他们还发现，肿瘤形成所需的驱动突变的数量是相对较小
转移性肿瘤与原发性肿瘤之间的基因组差异是什么？
肿瘤转移性扩散涉及肿瘤细胞从原发性肿瘤中分离、迁移、二次组织定植和生长的多步骤过程。分析原发性肿瘤和转移性肿瘤之间的基因组差异，并量化它们对治疗耐药性的影响有助于研究和利用治疗干预措施，建立更有效、更个性化的治疗方法。 由于获取原发性和转移性肿瘤的泛癌队列难度大，关于两个肿瘤阶段之间的大规模比
ASCO－2014：“肿瘤基因组分析：未来出路或TMI？”
2014美国临床肿瘤学会（ASCO）年会召开，吸引了世界各地逾25000名肿瘤专业人员参与，精彩不断。汤森路透旗下BioWorld对ASCO 2014进行了跟踪报道，希望为国内关注肿瘤领域的药物工作者带来此重大会议报告中的最新消息。本文为第一篇跟踪报道，后续系列报道将陆续推出。 是否值得投入大
癌症研究人员联手汇集肿瘤基因组数据
研究人员希望，数据分享将为利用诸如这些脑部腺癌细胞等肿瘤的基因组信息带来更好的方法。 这是为大型癌症研究中心的很多病人提供的最新希望：“让我们测序你的肿瘤，或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过，现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些
《自然》发表国际肿瘤基因组计划专题报道
4月15日，国际权威科学期刊《自然》杂志将发表关于国际肿瘤基因组计划的专题报道，介绍该计划所取得的发展历程、研究计划以及研究成果等。 全球联手解读“天书” “国际癌症基因组联合计划，是继国际人类基因组计划后，人类基因研究的新里程碑。”浙江大学医学院
－【Cell综述】从癌症基因组到精准肿瘤学
迅速发展的基因组技术让有限的肿瘤活检材料获得更广泛的分子分析,从而促进更广泛地实施个性化癌症治疗。以基因组为基础通过不同肿瘤的患者分类化目前还不太可能取代在解决临床需要时对组织来源的考虑，包括开发和实施新的合理目标的肿瘤疗法。 1是否要再分类 在本综述的讨论中考虑以基因组为基础的病人分类,要
《Cell》：如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤
时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。 生物通报道：2005年美国国立
Science：梳理患儿肿瘤细胞的基因组寻求答案
组蛋白翻译后修饰方式出现异常，以及组蛋白修饰位置出现异常都会导致肿瘤发生。 高通量DNA测序技术的快速扩张让我们能够以前所未有的速度和精细度对人体疾病展开遗传学分析，尤其是对罕见的小儿疾病进行全基因组测序(whole-genome sequencing)更是有助于我们对儿童发育，以及多
张志国教授Science解析肿瘤表观基因组
来自梅奥临床医学院、明尼苏达大学和中科院生物物理研究所等机构的研究人员证实，组蛋白H3.3K36M突变重编程了成软骨细胞瘤（chondroblastomas）的表观基因组。这一重要的研究发现发布在5月26日的《科学》（Science）杂志上。 领导这一研究的是著名分子生物学家、梅奥临床医学院的
IBM超级计算机将投身肿瘤基因组研究
日前，IBM公司与纽约基因组研究中心(New York Genome Center;下简称NYGC)宣布建立伙伴关系，联手对沃森(Watson)——曾在智力竞赛节目《危险边缘》(Jeopardy)中夺魁的计算机—— 进行测试，看它能否对癌症患者的基因组进行筛选，并帮助医生挑选药
复杂肿瘤全基因组异常的检测难题得以解决
中国科学技术大学信息科学与技术学院副教授李骜研究组以原创性论文（Original paper）的形式，在Bioinformatics上在线发表了最新研究成果。论文的第一作者是博士生余振华。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征，在肿瘤发病机理、临床诊断和治疗等研究中具有极为重要的作用。传
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用实验
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用 试剂、试剂盒 Ham F10 培养基 胎牛血清
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用实验
比较基因组杂交（CGH) 可以提供肿瘤细胞全基因组染色体拷贝数改变的信息 [1]。与常规细胞遗传学分析不同，CGH 无需细胞培养，因此只要是可以获得 DNA 的临床标本，包括存档的石蜡包埋组织，都可以进行该实验 ra。CGH 可以在正常染色体上定位扩增或缺失的 DNA 序列，从而显示出重要基因的位点
两校教授合作破解肿瘤细胞维持基因组稳定之谜
与正常细胞相比，癌细胞的分裂速度相当快，其基因组“质量”却相当稳定——它们是怎么做到的？丹麦哥本哈根大学Hickson教授团队与浙江大学呼吸疾病研究所沈华浩教授团队通过合作，发现肿瘤细胞在有丝分裂期存在DNA复制行为，这是肿瘤细胞维持基因组稳定性的关键。12月2日，《自然》杂志在线发表了两校教授
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发
全基因组测序助推常规巴氏检测法敏锐诊断肿瘤
来自约翰霍普金斯大学Kimmel癌症中心的科学家们开发了一种测试方法，利用常规巴氏检测（Pap test）获得的宫颈分泌物来检测卵巢癌及子宫内膜癌。在一项初步研究中，研究人员采用这种命名为“PapGene”的测试方法，依靠全基因组测序癌症特异性突变，检测出了全部24个子宫内膜癌，以及22个卵巢癌其中
中国科大攻克复杂肿瘤全基因组异常的检测难题
中国科学技术大学信息科学与技术学院副教授李骜研究组以原创性论文（Original paper）的形式，在Bioinformatics上在线发表了最新研究成果。论文的第一作者是博士生余振华。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征，在肿瘤发病机理、临床诊断和治疗等研究中具有极为重要的作用。传统的
美国科学家开发出快速精准肿瘤基因组分析软件
美国 Mayo Clinic的研究人员设计了一款可识别肿瘤基因改变的软件——BIMA V3(Binary Indexing Mapping Algorithm，version 3)，比其他常用基因测序程序速度快20倍，准确度高25%。 成对测序技术是一种复杂的昂贵的技术，可用
132名肿瘤学家！他们道出了基因组检测的乐观与担忧
132名肿瘤学家参与了一项调查，他们各自发表了自己对基因组检测认识。这些专家对基因组检测在肿瘤中的应用，既乐观又有所担忧。尽管肿瘤学家们对基因组检测的效用性可能存在矛盾，但他们都有一个统一的信念：未来几年肿瘤分子研究将会越来越普遍。 基因组检测是肿瘤精准医学的利器。一项调查发现，大部分的肿瘤学
买买买！罗氏收购CAPP－Medical拓展肿瘤基因组学领域实力
近两年来，随着数以十亿计美元的投入，新的肿瘤治疗疗法不断涌现出来。基因疗法、RNAi疗法以及现在火得一塌糊涂的肿瘤免疫疗法都为人类最终解决癌症这一生死大敌做出了重大贡献。然而，面对如此多的新型疗法，医生该如何选择适合患者的疗法？在临床研究中，科学家该如何确定一种新型肿瘤疗法适用人群？随着研究的深
Illumina副总裁：基因组学如何影响肿瘤学未来的发展？
专访Illumina肿瘤业务营销副总裁John Leite 基因组学正在改变肿瘤研究，其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。Illumina的肿瘤业务营销副总裁John Leite介绍了这一领域的最新进展，以及随着今天的研究转化为临床，他对未来的期望。 基因组学如何影响肿瘤
贝瑞和康建成全球最大妇科肿瘤基因组数据库
基因组大数据的重大意义开始凸显，贝瑞和康与阿里云合作开展的“神州基因组数据云”项目取得的阶段性成果，便已经收效显著。 9月23日，在第十九届全国临床肿瘤学大会暨CSCO学术年会上，北京贝瑞和康生物技术股份有限公司（以下简称“贝瑞和康”）公布了在生物信息分析领域和大数据建设方面做出的重要成果。
新活检方法出现新发现遗传物质可准确代表肿瘤基因组
根据英国《自然》杂志近日发表的一项最新成果，美国癌症专家报告一种新发现的遗传物质，可准确代表肿瘤基因组。研究人员表示，这种脑脊液（CSF）中肿瘤源DNA的检测，可用于追踪一些胶质瘤的进展。而这种液体活检方法可作为一种微创方法，替代脑组织取样。 胶质瘤是成年人中最常见的癌性脑肿瘤。监测胶质瘤进展
北京基因组所合作揭示RNA－m6A修饰调控抗肿瘤免疫机制
免疫治疗是对抗肿瘤的前沿阵地，其治疗成功的关键是引发针对肿瘤抗原的自发性T细胞反应。许多病人的免疫系统无法有效识别肿瘤抗原，难以引发持续性的T细胞应答并清除肿瘤。研究免疫系统识别肿瘤抗原的分子机制有望发现新型药物靶点，提高免疫治疗效果。 中国科学院北京基因组研究所韩大力团队与清华大学徐萌团队、
癌症蛋白在基因组和肿瘤抑制过程中扮演的关键角色
近日，一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中，来自美国威斯达研究所的科学家们通过研究发现，DNA复制后，ARID1A肿瘤抑制蛋白能够帮助维持端粒的内聚和染色体的分离，相关研究结果表明，ARID1A突变的细胞或会经历与细胞生存不相容的基因组改变，这或许也能够解释
Nature揭示膀胱肿瘤基因组突变中DNA修复及损伤的关键角色
在过去几十年里，全世界的科学家们都在对癌细胞的基因组进行全方位解析，试图揭开驱动肿瘤生长的基因密码；随着对成千上万个在肿瘤细胞DNA中积累的基因突变进行精确分析，研究人员如今发现的致癌基因的数量越来越多了；近日科学家们就将研究目光转移到了其它关键问题上，即什么样的生物学过程会引发DNA发生突变？
上海生科院开发出肿瘤基因组等位基因特异性表达新算法
7月13日，国际学术期刊Bioinformatics在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所李亦学研究组的最新研究论文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-spec