Nature聚焦小RNA破解系统生物学大难题
最新一期的Nature Genetics在线版刊登了三篇文章，三个独立的研究团队解决了系统生物学理论中最重要的理论，三文章释放了一系列的数据解答了系统生物学细胞定向分化的关键调控网络。同期Nature配发了评论文章，FANTOM studies networks in cells。 系统生物学研究的最终目的在于解决细胞定向分化的路径，实现这一目标不仅有助人类深入了解整体发育，更有利于人们探索干细胞治疗领域(要实现干细胞治疗目的，首先要掌握干细胞定向分化理论知识和技术)。 这三个独立的研究实验室都属于FANTOM项目的实验室，FANTOM项目旨在深入研究人类基因调控网络。目前全球有100多个实验室参加了这一项目，该项目主要利用RNA测序技术将RNA序列数据与DNA序列数据相比较，鉴定基因转录的起始位点。 本期Nature Genetics上的三篇文章的发布者都属于FANTOM项目实验室，第一个研究小组鉴定出一......阅读全文
高产学者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一类约22nt大小的内源RNA，在基因表达中起着重要的调控作用，参与了多种生理和病理过程。miRNA生成是一个复杂的过程，初级miRNA（pri-miRNA）需要经过细胞核和细胞质内的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整个流程的第一步是microproces
Nature子刊：－CRISPR/Cas系统的多功能“RNA剪刀”
天然的CRISPR/Cas系统广泛存在于细菌和古细菌，它是微生物的免疫系统，帮助细菌抵御病毒入侵。成簇的规律间隔的短回文重复序列（Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats，CRISPR）-衍生RNAs（crRNAs）对C
Nature：RNA稳定性对癌症转移有重要影响
最近，来自洛克菲勒大学的研究者，在一项新的研究中发现，一种mRNA结合元件会控制mRNA的稳定性，并进一步影响癌症的发生发展。研究者于7月9日在Nature撰文发布了这项重要研究成果。 虽然之前已经有研究证明mRNA稳定性变化同癌症发生有关，但其中具体机制依然未知。本项研究中，研究者采用两种人
复旦大学Nature子刊发布环状RNA重要发现
来自复旦大学、上海交通大学医学院的研究人员借助分析环状RNA，揭示出了丰富的circHIPK3通过像海绵般结合多种miRNAs调控了细胞生长。这一重要的研究发现发布在4月6日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。 复旦大学的黄胜林（Shenglin Huang）研
Nature：RNAseq疾病诊断潜力不容忽视
全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS）对于罕见的孟德尔遗传病的检测能力最高只能达到50%，基于这两种手段，我们对于遗传多样性带来具体生物学功能差异和临床疾病病因的解释能力是十分有限的。Cummings课题组曾使用RNA测序（RNAseq）对肌肉疾病进行了准确的检测，证实了RNAseq在
潘滔教授Nature－Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和
华人学者Nature开发革命性RNA新技术
来自美国国立卫生研究院、科罗拉多大学等机构的研究人员报告称，他们开发出了一种更有效的RNA合成新方法。这一革命性的成果发表在5月4日的《自然》（Nature）杂志上。 领导这一研究的是美国国立卫生院下属国家癌症研究所的王云星（Yun-Xing Wang，音译）博士。王博士早年毕业于吉林大学，后
Nature发布大型全基因组RNA分析研究
由来自宾夕法尼亚州立大学的化学家和植物生物学家领导的一个研究小组开发出了一种分子技术，将有助于科学团体以从前不可能达到的规模，来分析在基因表达调控中起重要作用的分子。 科学家们开发出了一种方法，能够更精确预测在活细胞内核糖核酸分子(RNAs)的折叠情况，由此阐明植物以及其他的活体生物对环境
Nature：线粒体中的RNA修饰能促进癌症的扩散
肿瘤细胞在转移过程中会消耗远超正常细胞需要的能量，德国癌症研究中心的研究团队发现了与能量代谢相关的新型癌细胞转移的促进因素，相关成果在《Nature》发表，论文的标题为：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
Nature：线粒体中的RNA修饰能促进癌症的扩散
肿瘤细胞在转移过程中会消耗远超正常细胞需要的能量，德国癌症研究中心的研究团队发现了与能量代谢相关的新型癌细胞转移的促进因素，相关成果在《Nature》发表，论文的标题为：Mitochondrial RNA modifications shape metabolic plasticity in met
Nature：小分子RNA调控免疫系统抗击乳腺癌
日前，英国科学家在《自然》杂志上发表论文称，人体自身免疫系统对抗乳腺癌是由小分子RNA控制,后者对不同乳腺癌亚型的影响是不一样的。 此前剑桥大学在2012年发表的一项研究表明，乳腺癌可以细分成十个不同的遗传亚型，此后研究人员一直在寻找这些不同类型乳腺癌与小分子RNA行为模式之间的关系。
Nature子刊：长非编码RNA可模拟DNA起作用
长期以来，人们一直认为基因组的大部分区域属于“禁飞区”。这些区域不编码任何蛋白，因此细胞的基因读取机器很少接近。然而近年来科学家们发现，许多非编码序列其实能够转录成RNA，Gas5就是其中之一。 GAS5是一段基因间的长非编码RNA（lincRNA），它来自于非编码的“垃圾DNA”或“基因组的
中国科技大学Nature子刊聚焦环状RNA
来自中国科技大学、华中师范大学等处的研究人员报告称，他们鉴别出了一类与RNA聚合酶Ⅱ相关的环状RNA（circRNAs），将之命名为外显子-内含子circRNAs（EIciRNAs）。并证实这些EIciRNAs调控了细胞核中的转录。这些研究成果在线发表在2月9日的《自然结构与分子生物学
RNA研究先驱Nature获piRNA突破性新发现
来自冷泉港实验室的科学家们取得重要进展，了解保护动物基因组防止称作转座子的潜在危险遗传元件这一过程的最早期步骤。如果失去控制，这些基因组寄生物可能会肆意泛滥，导致不育。 冷泉港实验室的Gregory J. Hannon教授和Leemor Joshua-Tor共同领导了这一研究。Hann
Nature子刊：最大、最精确的RNA编辑位点列表
由布朗大学领导的一个研究小组编译出了一份最大型、经最严格验证的果蝇RNA编辑位点列表。该研究生成了关于这一模式生物基础生物学的一些新见解，研究结果发表在9月29日的《自然结构和分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。 这一“主列
Nature：携带RNA的第一个生命如何诞生
来自宾州大学的研究人员研发出了一种化学模型，能模拟四十亿年前细胞是如何形成的。利用称为多聚物的“大分子”，科学家们创造出了已融合RNA的原始类细胞结构——RNA被认为是地球上在出现DNA之前的遗传物质，这项研究也表明了这种分子在早期可能的地球环境下如何发生化学反应。这一研究成果公布在Nature
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
华中科大Nature子刊获RNA研究新工具
来自华中科技大学的研究人员研发出了一种快速，基于RNA二级结构构建RNA三级结构的自动化新方法――3dRNA，这种精确度高，自动化的新工具能帮助解决目前RNA三级结构运算方法只能精确预测小体积，简单拓扑结构的问题。 文章的通讯作者是华中科技大学肖奕教授，肖教授1984年获中国科学院生物物理
中科院、复旦Nature子刊解析RNA甲基化
在分子生物学的中心法则中，遗传信息从DNA、RNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可以调控基因的表达，并由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。近年来人们发现，mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。 N6-methyladenosine（m6A）是真
张锋连发Science，Nature文章：CRISPR下个技术趋势—RNA编辑
10月25日Science发表了CRISPR技术先驱张锋研究组的最新成果：RNA editing with CRISPR-Cas13，咋一看这个标题还以为是张锋一稿多投，因为实在是与本月初他们研究组发表在Nature的论文标题太像了（Nature论文：RNA targeting with CRI
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
Nature：首次发现RNA剪接与衰老之间存在因果关系
生物通报道：衰老是各种破坏性慢性疾病的一个重要危险因素，但是，随着时间推移生物学因素如何影响“细胞何时以及多快的衰老”，在很大程度上仍然是未知的。现在，由哈佛大学T.H. Chan公共卫生学院带领的一个研究小组，将细胞机器——其在一个称为“RNA剪接”的过程中切割和重新连接RNA分子——的一个核
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
《Nature－Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。（图片来源：Cornell） 康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不
时隔一年－华人教授再次发表Nature文章解析RNA病毒
去年，来自加州大学洛杉矶分校（UCLA）加州纳米技术研究院的周正洪教授与其合作者在Nature杂志上发文，揭示了双链RNA（dsRNA）病毒的三维原子结构，首次指出了病毒如何感知宿主细胞内的环境条件以触发转录，并阐述了dsRNA基因组在病毒内如何组构以及RNA自我复制的机制。 时隔一年，周正洪
Nature发布CRISPR重大突破：可编程的RNA编辑工具
一种用来编辑基因组中DNA指令的强大科学工具现在也可以应用于RNA。来自加州大学伯克利分校和劳伦斯伯克利国家实验室的一个研究人员小组，证实借助于一种方法可以编程CRISPR/Cas9蛋白复合物在序列特异性的靶位点识别并切割RNA。这一研究发现有可能改变RNA功能研究的模式，为检测、分析和操控RN
时隔一年－华人教授再次发表Nature文章解析RNA病毒
生物通报道：去年，来自加州大学洛杉矶分校（UCLA）加州纳米技术研究院的周正洪教授与其合作者在Nature杂志上发文，揭示了双链RNA（dsRNA）病毒的三维原子结构，首次指出了病毒如何感知宿主细胞内的环境条件以触发转录，并阐述了dsRNA基因组在病毒内如何组构以及RNA自我复制的机制。 时隔
Nature遗传学综述：何川教授详解RNA甲基化
在分子生物学的中心法则中，遗传信息从DNA、RNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可调控基因的表达，并由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。近年来人们发现， mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。 RNA在生物学系统中有着举足轻重的作用，它
中科院Nature子刊发表非编码RNA研究重要发现
来自中科院动物研究所生物膜与膜生物功能国家重点实验室的研究人员在新研究中证实，CARL lncRNA通过破坏miR-539依赖性的PHB2下调，抑制了心肌细胞中缺氧诱导的线粒体分裂和凋亡。 领导这一研究的是中科院动物研究所细胞增殖与信号调控研究组组长李培峰(Pei-Feng Li)
Nature－Microbiology：流感病毒聚合酶调控RNA合成机制
流感病毒是危害全球公共卫生健康的重要病原之一，能在人群中引起大规模流行和季节性流感，每次暴发都会引起人类死亡并造成巨大的经济损失。流感病毒（Influenza virus）是分节段的负链RNA病毒（Segmented Negative-Sense RNA virus, sNSV），属于正粘病毒科