Nature聚焦小RNA破解系统生物学大难题
最新一期的Nature Genetics在线版刊登了三篇文章，三个独立的研究团队解决了系统生物学理论中最重要的理论，三文章释放了一系列的数据解答了系统生物学细胞定向分化的关键调控网络。同期Nature配发了评论文章，FANTOM studies networks in cells。 系统生物学研究的最终目的在于解决细胞定向分化的路径，实现这一目标不仅有助人类深入了解整体发育，更有利于人们探索干细胞治疗领域(要实现干细胞治疗目的，首先要掌握干细胞定向分化理论知识和技术)。 这三个独立的研究实验室都属于FANTOM项目的实验室，FANTOM项目旨在深入研究人类基因调控网络。目前全球有100多个实验室参加了这一项目，该项目主要利用RNA测序技术将RNA序列数据与DNA序列数据相比较，鉴定基因转录的起始位点。 本期Nature Genetics上的三篇文章的发布者都属于FANTOM项目实验室，第一个研究小组鉴定出一......阅读全文
Nature揭秘RNA降解机制
就好像我们利用碎纸机来销毁不再有用或包含有潜在破坏性信息的文件一样，细胞利用一些分子机器来降解不必要或有缺陷的大分子。来自马克斯普朗克生物化学研究所(MPIB)的科学家们，现在揭示出了细胞核区室利用一种特异的RNA外来体（exosome）的机制——这一大分子机器负责了核糖核酸(RNAs)的降解和
Nature破解RNA控制代码
来自加拿大多伦多大学的研究人员在新研究中破解了一个“RNA控制代码”，这一代码支配了RNA传递DNA遗传信息，生成蛋白质的方式。 多伦多大学Donnelly细胞和生物分子研究中心教授Quaid Morris说：“第一次，我们了解了对于基因加工至关重要的一个代码的语言含义。许多的人类疾病
Nature揭秘RNA“碎纸机”
就像我们用碎纸机破坏掉不再有用或是包含潜在破坏性信息的文件一样，细胞利用分子机器来降解不必要的或是有缺陷的大分子。德国马克思普朗克生物化学研究所的科学家们现在破解了负责真核生物中核糖核酸(RNAs)降解的大分子机器――外来体(exosome)的结构和运作机制。 RNAs是一类广泛大量存在于
Nature解析癌症与非编码RNA
人类基因组可生成1万多种长链非编码RNA(lncRNA) 分子，但人们至今却只知道其中几十种转录物的功能。在发表在8月14日《自然》(Nature)杂志上的一篇新研究中，来自加州大学的杨柳青(Liuqing Yang，音译)等研究人员揭示，两种lncRNAs结合并控制了雄激素受体的功能。
Nature：跨越鸿沟的RNA结构信号
科罗拉多大学的研究人员在Nature杂志上发表文章指出，一个以RNA结构为基础的信号，能够跨越不同生命类型数十亿年的进化趋异。这一发现改变了人们对生命（细菌和真核生物）起始蛋白质合成的基础认识。 长期以来，科学家们一直认为细菌和真核生物中的翻译起始信号是相互排斥的，这篇文章的通讯作者Jeffr
Nature：跨越鸿沟的RNA结构信号
科罗拉多大学的研究人员在Nature杂志上发表文章指出，一个以RNA结构为基础的信号，能够跨越不同生命类型数十亿年的进化趋异。这一发现改变了人们对生命（细菌和真核生物）起始蛋白质合成的基础认识。 长期以来，科学家们一直认为细菌和真核生物中的翻译起始信号是相互排斥的，这篇文章
Nature－Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内
Nature重要发现：独特的非编码RNA
我们的皮肤表皮是由许多不同细胞类型构成的混合体，每种细胞类型都有非常明确的职责。这样复杂的组织，其生成或分化在细胞水平上需要进行大量的协调，这一过程发生故障可以导致灾难性的后果。现在，来自斯坦福大学医学院的研究人员确定了这一分化过程的一个主要调控因子。研究成果发表在12月2日的《自然》(Natu
Nature子刊：增强RNA干涉的效力
人们可以通过纳米颗粒将短链RNA运输到目标细胞，关闭功能发生异常的基因，从而治疗癌症和其他疾病。不过迄今为止，科学家们还不完全了解，纳米颗粒进入细胞后发生的情况。 现在，麻省理工MIT的一项新研究展现了这些纳米颗粒的命运，这一发现能帮助人们大大提高siRNA的运输效率。文章于六月二十三日发
Nature：5种RNA测序法终极PK
近日，美国哈佛大学与麻省理工学院的研究人员，将5种不同的转录组测序( RNA -seq )法进行了对比，比较结果显示 RNAse H 技术在分析低质 RNA 样品方面优于其他技术，且价格最为便宜; SMART 和 NuGEN 法适应于分析少量 RNA 。两篇研究论文在线发表在5月19日的
浙大Nature子刊解析RNA剪切调控
近日来自浙江大学生命科学学院的研究人员在新研究中揭示了一个与Dscam互斥剪切有关RNA结构性基因座控制区域(locus control region)，相关论文“An RNA architectural locus control region involved in Dscam mu
Nature惊人发现：RNA，修复损伤的模板
能够准确地修复自发的错误、氧化或诱变剂导致的DNA损伤对于细胞生存至关重要。这种修复通常是利用完全相同或同源的完整DNA序列来实现。但科学家们现在证实，在一种常见芽殖酵母细胞内RNA可充当模板用来修复破坏性最大的DNA损伤——DNA双链断裂。 尽管较早的研究表明了将RNA寡核苷酸导入到细胞中可
Nature新文章解析小RNA调控机制
来自波士顿儿童医院和哈佛大学医学院的研究人员，在新研究中揭示了在Lin28介导的let-7选择性调控中起关键作用的一种核酸酶，相关论文“A role for the Perlman syndrome exonuclease Dis3l2 in the Lin28–let-7 pathwa
Nature惊人发现：可编码的“垃圾”RNA
在植物和动物中，microRNAs(miRNAs)调控了许多不同基因的表达。这样的调控在许多过程包括经历不同发育阶段的转变以及对环境压力的响应中都起着关键的作用。miRNAs是由酶切割前体转录物初级miRNAs (pri-miRs)而生成，直到现在人们都认为pri-miRs不编码任何的蛋白质。
Nature：史上最大型RNA测序研究成果
来自日内瓦大学医学院的研究人员领导一个欧洲科学家小组，发布了一张人类功能性遗传变异的综合图谱。这一研究发表在9月15日的《自然》(Nature)和《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上，提供了有史以来RNA水平上最大的人类基因组与基因活性关联数据集。 了解每
Nature：针对RNA转录和剪接的新观点！
细胞通常产生区室来控制重要的生物功能。细胞核就是一个很好的例子；它被核膜包围着，容纳着基因组。然而，细胞还含有未被膜包围的较为短暂存在的封闭室，就像水中的油滴。在过去两年中，这些称为液滴状“凝聚物（condensates）”的封闭室已越来越多地被认为是控制基因的主要参与者。如今，在一项新的研究中
多产学者Nature高通量技术解析RNA功能
来自斯坦福大学医学院，霍德华休斯医学院等处的研究人员研发出了一种具有某种配体亲和性，能识别RNA结构和序列作用的整体策略，这种技术的全称为RNA分子互作机械诱导捕获技术，是一种微流体系统平台，能对程序性RNA文库进行整体分析，以及功能解读。 文章的通讯作者之
Nature发布突破性双RNA测序技术
由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。 在发表于《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这一研究小组描绘了他们的技术，为什么这一技术对于更多地了解细菌感染机制非常有用，以及在研究中获
Nature重大突破：CRISPR也可编辑RNA
一种用来编辑基因组中DNA指令的强大科学工具现在也可以应用于RNA。来自加州大学伯克利分校和劳伦斯伯克利国家实验室的一个研究人员小组，证实借助于一种方法可以编程CRISPR/Cas9蛋白复合物在序列特异性的靶位点识别并切割RNA。这一研究发现有可能改变RNA功能研究的模式，为检测、分析和操控RN
Nature新文章：生命起源于“RNA世界”
来自芝加哥大学的科学家们在《自然》(Nature)杂志上报告称，RNA是控制基因表达的分子机器——剪接体的重要功能元件。这一研究发现确立了是RNA，而非蛋白质，负责催化了这一基础生物学过程，丰富了地球上的生命起源于仅以RNA为基础的世界这一假说。 研究的共同通讯作者、芝加哥大学分子遗传学和
Nature－Methods：RNA牛人用CRISPR打造研究利器
非编码RNA（ncRNA）是指不编码蛋白质的RNA。从上世纪六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA在不断给人们制造惊喜。科学家们也逐渐意识到ncRNA并不是垃圾，而是许多基础生命过程的核心，有着广泛的生物学功能。 为了更好的研究ncRNA功能，哈佛大学
Nature：像海绵一样的非编码RNA
一种称为RsmZ的小分子RNA具有特殊的功能：屏蔽细菌中抑制翻译的蛋白的作用，最新一项研究揭示了这种RNA如何能完成其功能的分子机制，指出RsmZ像海绵一样能吸收多种阻遏蛋白（repressor proteins）。 小 RNA（small RNAs 或 sRNAs）是一类长度为40-400个
华裔女学者Nature发现RNA居然能“助动”
来自加州理工学院，伊利诺斯大学的研究人员发现了RNA的又一重要功能：帮助协调大规模蛋白运动，具体来说，就是作为分子支架，协调大规模蛋白运动，帮助某些复杂细胞进程中不同因子之间的交换，以及分子事件的精确定时。这为RNA在生物机体中众多功能的列表上又添加了一项。相关成果公布在Nature杂志上。
《Nature》RNA调节蛋白质合成的隐藏信号
RNA以A、U、C和G等基本核苷酸在细胞的蛋白质加工厂中指挥蛋白质生产。为了制造蛋白质，机器的一端先锁定在RNA上，然后扫描整条RNA，直到AUG字符串后停止扫描，AUG是将遗传密码翻译成蛋白质的开始信号。 在巡查第一个AUG位点时，蛋白质制造机器经常会遇到一个与AUG不同的字符串（如AUA）
Nature－Methods：单细胞RNAseq方法的比较
随着大家对单细胞转录组分析的兴趣日益增加，开展单细胞RNA-seq的方法也在不断涌现。近日，斯坦福大学的研究人员比较了市场上各种单细胞RNA扩增方法，以系统评估单细胞RNA-seq方法的灵敏度和准确性。他们的研究结果发表在《Nature Methods》在线版上。 目前，整个转录组的高
Nature里程碑研究：新型非编码反义RNA
在研究帕金森氏病的过程中，一个国际研究小组获得了一个可以提高工业蛋白质合成用于治疗用途的新发现。他们设法了解了非蛋白质编码RNA的一个新功能：借助这类称作“反义”的非编码RNA的活性可以提高编码基因的蛋白质合成活性。相关成果发表在10月14日的《自然》(Nature)杂志上。 为了合成蛋白
复旦大学Nature子刊发布环状RNA重要发现
来自复旦大学、上海交通大学医学院的研究人员借助分析环状RNA，揭示出了丰富的circHIPK3通过像海绵般结合多种miRNAs调控了细胞生长。这一重要的研究发现发布在4月6日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。 复旦大学的黄胜林（Shenglin Huang）研
高产学者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一类约22nt大小的内源RNA，在基因表达中起着重要的调控作用，参与了多种生理和病理过程。miRNA生成是一个复杂的过程，初级miRNA（pri-miRNA）需要经过细胞核和细胞质内的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整个流程的第一步是microproces
Nature发布大型全基因组RNA分析研究
由来自宾夕法尼亚州立大学的化学家和植物生物学家领导的一个研究小组开发出了一种分子技术，将有助于科学团体以从前不可能达到的规模，来分析在基因表达调控中起重要作用的分子。 科学家们开发出了一种方法，能够更精确预测在活细胞内核糖核酸分子(RNAs)的折叠情况，由此阐明植物以及其他的活体生物对环境
高产学者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一类约22nt大小的内源RNA，在基因表达中起着重要的调控作用，参与了多种生理和病理过程。miRNA生成是一个复杂的过程，初级miRNA（pri-miRNA）需要经过细胞核和细胞质内的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整个流程的第一步是microproces