张玉奎院士：蛋白质组定量新技术新方法研究

定量蛋白质组学的诞生

　　在现代研究技术，如荧光显微镜，流式细胞仪和蛋白质芯片技术中，抗体仍然扮演着非常重要的角色。但依赖于抗体的蛋白质检测存在一些缺点，其中最大的限制就是，抗体的可用性和质量差别很大。一些大规模项目，比如人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas），Antibodypedia，以及美国NIH

定量蛋白质组学方法分类

1 背景和意义从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究，识别功能模块和路径，监控疾病的生物标志物，这些研究都

定量蛋白质组学方法分类介绍

　　【蛋白研究系列专题】-4丨定量蛋白质组学方法，您值得拥有 　　1 背景和意义 　　 从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。对处不同时期、不同条件下

定量蛋白质组学的研究内容

　　1.蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。　　2.翻译后修饰：很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原激活等。翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对

首个水稻全景定量蛋白质组图谱发布

中国农业科学院生物技术研究所近日联合国内多家单位，共同绘制了水稻全景定量蛋白质组图谱，为水稻的基因功能研究提供了重要的蛋白质表达量资源，也为基因组学、蛋白质组学等多组学数据支撑作物智能设计育种提供了新思路。相关研究成果发表在国际期刊《自然植物》上。植物的所有组织、器官中都富含蛋白质，它是构成细胞和生

首个水稻全景定量蛋白质组图谱发布

　　中国农业科学院生物技术研究所近日联合国内多家单位，共同绘制了水稻全景定量蛋白质组图谱，为水稻的基因功能研究提供了重要的蛋白质表达量资源，也为基因组学、蛋白质组学等多组学数据支撑作物智能设计育种提供了新思路。相关研究成果发表在国际期刊《自然植物》上。　　植物的所有组织、器官中都富含蛋白质，它是构成

安捷伦科技资助定量蛋白质组学研究

　　安捷伦科技通过都柏林国立大学 Newman 奖学金计划 　　资助定量蛋白质组学研究　　2010 年 5 月 12 日，加利福尼亚州圣克拉拉市和爱尔兰都柏林市 — 安捷伦科技公司(纽约证交所：A)和都柏林国立大学(University College Dublin, UCD)今日宣布 Ben

定量蛋白质组学的技术发展

　　以质谱为基础的定向蛋白质组学研究领域的发展历程并不短，早在上个世纪70年，三重四极杆质谱仪就已经出现，并在80年代首次在发表的文章中，证明可以被用来检测肽段。　　过去几年间，更广泛的范围内定向质谱技术的应用迅速攀升，而且新方法，新工具，新资源和新一代方法，也令更多研究领域的科学家们能利用到这项技

定量蛋白质组学的优势有哪些？

　　质谱方法比抗体方法更先进的一个原因，就是已经开发出了一种新的定向分析技术，比生产一个新的抗体要快得多，并大大减少了检测特异性方面的问题（抗体方法存在交叉反应的问题）。　　虽然抗体方法在低丰度蛋白的检测方面更加灵敏，但是质谱技术的一个明显优势就是能在单个实验中检测多种蛋白，比如说，系统生物学研究人

蛋白质组学几种定量方法的案例解读

　　 上期分享的蛋白组学内容，是不是有些小伙伴还绕在云里雾里呀？这次，小编用实例说话，帮您梳理清楚。 　　一、Label-free定量 　　 Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化

wkh：label－free定量蛋白质组学研究要点

首个大豆全景定量蛋白质组图谱发布

近日，中国农业科学院生物技术研究所联合多家单位，绘制出大豆全景定量蛋白质组图谱，揭示了RNA甲基化在调控大豆蛋白表达量中的作用，并利用蛋白质组数据挖掘出调控大豆发育的新表观因子MTBa。相关研究成果发表在《细胞—基因组学》（Cell Genomics）上大豆基因组数据尽管可以提供大量信息，但不足以阐

定量蛋白质组表达谱分析技术iTRAQ/TMT

　　iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标记多肽的

定量定性蛋白质组学新工具亮相ASMS

赛默飞世尔科技在ASMS 2010展示定量定性蛋白质组学工具 　　美国犹他州盐湖城(2010年5月25日)– 全球服务科学领域的领导者赛默飞世尔科技，今日公布了其在蛋白质组学工具方面的重大进步，并表示这些进步将推动定量和定性蛋白质组学研究取得突破性的进展。这些新产品与赛默飞世尔科技其它的试剂和耗材

定量蛋白质组表达谱分析技术——iTRAQ/TMT

iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标

“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术

　　1999年，Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun)，其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物，然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索，从而确定蛋白质的种类，可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称

Aebersold研究组发布用于全蛋白质组的高通量定量方法

　　瑞士苏黎世联邦理工学院的研究人员领导的一个研究小组，已制定了一个质谱工作流，用于对整个蛋白质组进行高通量的绝对定量。　　据ETH的研究者、该研究的领头人Ruedi Aebersold说，对于多种形态，该技术实现了目标蛋白质组的重现性定量，提供用于

蛋白质组学几种定量方法的案例解读（二）

经典案例题目：A tumour suppressor network relying on the polyamine-hypusine axis（一种基于多胺Hypusine轴（Polyamine-hypusine axis）的新型肿瘤抑制网络）期刊：Nature主要技术：iTRAQ定量文章摘要：

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）

摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋

蛋白质组学几种定量方法的案例解读（一）

一、Label-free定量Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Co

蛋白质组学几种定量方法的案例解读（三）

经典案例题目：Proteome-wide Mapping of Cholesterol-Interacting Proteins in Mammalian Cells（采用甾醇探针结合SILAC定量技术在哺乳动物细胞中分析胆固醇-蛋白质相互作用）期刊：Nat Methods主要技术：SILAC定量文

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）

然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有

定量蛋白质组学揭开巨噬细胞活化的秘密

巨噬细胞活化是许多疾病发展过程中的关键步骤，包括动脉疾病。最近，布莱根妇女医院和哈佛医学院的研究人员通过蛋白质组学及其他分析，强调了PARP9和PARP14在调节巨噬细胞活化中的作用。这项成果发表在《Nature Communications》上。布莱根妇女医院的Masanori Aikawa及其同

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）

无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）

同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,

张玉奎院士：蛋白质组相对定量新方法

　　第5届亚洲与大洋洲质谱会议暨第33届中国质谱学会学术年会于2014年7月17日上午在北京大学盛大召开。在大会报告中，来自中国科学院大连化学物理研究所的张玉奎院士带了题为《蛋白质组相对定量新方法》的报告。中国科学院大连化学物理研究所 张玉奎院士　　蛋白质组相对定量新方

蛋白质定量

Quantitative Determination of Peptides by Sulfhydryl (-SH) Groups New (Contributed by David Van Horn, Dept. of Chemistry, UC Berkeley Greg Bulaj, Dept

杭师大沈波组：水稻叶片衰老相关定量蛋白质组学分析

　　水稻是重要的粮食作物之一，随着人口的增长，人类对大米的需求不断增加。为确保粮食安全，提高水稻生产成为人类的首要任务之一。但是，水稻籽粒的产量往往受到叶片衰老的严重影响。例如，梁优培9号（LYP9）超级杂交稻具有较高的抗病性优势，但对衰老较敏感，常导致水稻产量下降。因此，了解水稻叶片的衰老机制将有

上海生科院：预处理提高定量蛋白质组数据鉴定效率

　　11月30日，国际学术期刊《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所系统生物学重点实验室曾嵘研究组与美国范德堡大学定量科学中心石瑜研究组的最新合作研究成果，揭示了稳定同位素化学标记高精

CPSA－2013分会：目标蛋白质组学——蛋白质定量的创新和应用

　　2013年4月25日，上海CPSA 2013各个分会在浦东淳大万丽酒店不同宴会厅同期举行。本次在宴会厅Rhine厅的会议主要围绕目标蛋白质组学——蛋白质定量的创新和应用展开专题讨论。 美国匹兹堡大学的Nathan Yates先生 　　首先，来自美国匹兹堡大学的Nathan