《自然—遗传学》发表我国科学家水稻研究成果引关注
由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》，日前在线发表在《自然—遗传学》（Nature Genetics）杂志上。 该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱，并对籼稻品种的14个重要农艺性状进行了全基因组关联分析，确定了这些农艺性状相关的候选基因位点，对水稻的遗传学研究和分子育种提供了重要资源。 论文一经发表，便迅速引起了世界同行的关注，许多人称之为作物遗传学研究中里程碑式的工作。 《自然—遗传学》副主编Pamela Colosimo介绍，这篇论文从编辑部到同行专家评议都获得了高度评价，是她在该杂志遇到的发表最为顺利的一篇论文。中科院副院长李家洋也对研究团队的成果表达了高度赞赏。功不可没的GWAS 全基因组关联研究（Genome-wide Association Study，简称GWAS）是......阅读全文
《自然—遗传学》发表我国科学家水稻研究成果引关注
由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》，日前在线发表在《自然—遗传学》（Nature Genetics）杂志上。 该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱，并对籼稻
Secure－Federated－GWAS：打破数据壁垒，开启基因组研究新篇
在生命科学的广袤领域中，基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）宛如一座灯塔，照亮了探索遗传变异与健康、疾病关系的道路。想象一下，若能整合全球各机构的基因数据进行研究，那将为攻克疑难病症、揭示生命奥秘带来多大的助力！然而，现实却如同一堵高墙，横亘在理
植物表型研究文章TOP10（三）
TOP 4● 高通量表型和全基因组关联分析：研究揭示水稻的自然遗传变异(Nat Commun,2014)通过使用高通量测序技术对植物基因组学的研究迅速发展，传统的植物表型测试已远远落后。此文的作者开发了一个高通量水稻表型测定设施（HRPF），用于监测水稻生育期的13个传统农艺性状和2个新定义的性状。
水稻和白叶枯病菌相互适应的遗传机制被揭开
宿主植物与其病原体之间的共同进化可以最好地定义为一个动态过程，该过程涉及相互作用物种的互惠和适应性遗传变化。在现代农业系统中，作物与其许多病原体之间的关系通常以更极端的军备竞赛案例为代表，这些案例由经典的基因对基因理论遗传控制，并由基准“之字形模型”很好地解释植物免疫系统（PLOS PATHOG
华中农大张启发院士PNAS发布水稻研究重要成果
来自华中农业大学的研究人员报告称，他们通过分析1479个水稻品种绘制出基因组变异图谱，揭示出了水稻改良的育种标签。这一重要的研究成果发布在9月10日的《美国国家科学院》（PNAS）杂志上。 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室主任张启发(Qifa Zhang)院士及练兴明(Xingming
烟草和水稻叶绿体cpDNA基因组成特点
1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.IRA和IRB长各10-24Kb，编码相同，方向相反。3.cpDNA启动子和原核生物的相
烟草和水稻cpDNA基因组成及特点
烟草和水稻（Oryza sativa）叶绿体全序列分析表明cpDNA基因组成有以下特点：1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.
动植物基因变异表型关联知识库(GWAS－Atlas)正式上线发表
近日，由中国科学院北京基因组研究所开发的国际上首个动植物基因组变异-表型关联知识库(GWAS Atlas)正式上线发表，该项研究成果以GWAS Atlas: a curated resource of genome-wide variant-trait associations in plant
华中农大张启发院士PNAS发布水稻研究重要成果
来自华中农业大学的研究人员报告称，他们通过分析1479个水稻品种绘制出基因组变异图谱，揭示出了水稻改良的育种印迹。这一重要的研究成果发布在9月10日的《美国国家科学院》（PNAS）杂志上。 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室主任张启发(Qifa Zhang)院士及练兴明(Xingming
研究揭示水稻基因组－“垃圾－DNA”－的真相
对于动植物的 DNA 来说，仅有不到 5% 能够翻译成蛋白质，进行生命活动。而大部分 DNA 转录成 RNA 之后，便不再继续翻译，这些非编码 RNA 一度被认为是转录中的 “噪音”“暗物质”， 甚至有人认为这是 “垃圾 DNA”。 近十年来，随着探索未知的技术的进步，这些所谓 “垃圾 DNA
研究揭示水稻基因组“垃圾DNA”的真相
对于动植物的DNA来说，仅有不到5%能够翻译成蛋白质，进行生命活动。而大部分DNA转录成RNA之后，便不再继续翻译，这些非编码RNA一度被认为是转录中的“噪音”“暗物质”， 甚至有人认为这是“垃圾DNA”。 近十年来，随着探索未知的技术的进步，这些所谓“垃圾DNA”的重要性才开始为人们所了解。
水稻LEA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验鉴定了OsLEA基因，将基因定位到水稻染色上，进行了序列对比和基因转变分析，LEA基因的表达分析及启动子基序分析。实验材料基因组及蛋白质序列的来源：分别从TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice
水稻RGA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP，获得所有粳稻的RGA序列，对RGA进行分类，分别统计了各类RGA在不同染色体上的分布情况，对两个亚种间RGA多态性进行了鉴定和开发。实验步骤1. 水稻RGA的搜索搜集已报道的45个R基因，然后用它们对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP (参数取E
我国科研团队发布水稻完整参考基因组
水稻是重要的粮食作物，其基因组组装对水稻育种意义重大。23日，记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉，该所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要
无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
基因组研究让水稻育种走向精准设计
由中国主导的国际间科研大协作项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当日凌晨1时，国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》。该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传
遗传发育所等在亚洲稻群体结构和演化研究中取得进展
亚洲栽培稻是世界上最重要也是最古老的粮食作物之一，在亚洲文明和日常生活中扮演着举足轻重的角色。水稻起源问题也引起了广泛的研究兴趣。经过一个多世纪不同学科研究者的不断探索，已经积累了大量水稻驯化起源知识。但水稻驯化是单次起源还是多次起源尚没有统一结论。 美国农业部（USDA）种质资源库在过去10
PNAS：下一代测序助力张启发研究“转基因水稻”
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，与玉米、小麦、土豆被称为“世界四大主粮”。在过去的50年里水稻尤其是籼稻（indica ）的改良取得了一些里程碑式的成果。其中一项重大的突破是在上世纪的五六十年代中国及国际水稻研究所（IRRI）开发出了一系列半矮杆水稻品种，促成了水稻的“绿色革命”。 此后，半
首个万份水稻群体变异图谱发布
近日，中国农业科学院基因组研究所联合海南三亚崖州湾实验室、中国水稻研究所和河南大学等单位在《核酸研究》上在线发表了全球首个万份水稻群体变异图谱。 水稻是世界上最重要的粮食作物之一，其自然变异是基因改良和现代育种的重要遗传基础，因此广泛挖掘水稻种质群体中的丰富变异具有重要意义。近年来，稀有变异对
粤籼稻种质资源遗传多样性和育种选择基因获鉴定
近日，广东省农业科学院水稻研究所遗传资源研究团队利用广东籼稻核心种质开展基因组多样性和基因发掘工作，在鉴定广东籼稻种质资源遗传多样性和育种选择基因方面取得新进展。相关研究论文发表于Rice。该研究分析了广东籼稻农家品种和育成品种改良历程中的遗传多样性并鉴定了潜在受育种人工选择的产量、抽穗期、品质等性
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
据中国农科院最新消息，该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
近日，中国农业科学院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。相关研究成果在线发表于《分子植物》（
构建水稻基因组倒位变异图谱
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合国内多家单位发布了迄今为止最大的水稻群体水平倒位变异图谱，并挖掘获得了新的水稻耐热优异等位基因，该研究对水稻育种改良具有重要意义。相关研究成果发表在《科学通报（Science Bulletin）》上。 水稻中的基因组倒位变异是指染色体上的DNA序列发
揭示水稻与白叶枯病菌相互适应的潜在原理
寄主植物与其病原物之间的协同进化是一个动态过程，涉及相互作用物种间的互惠和适应性变化（Woolhouse et al., 2002）。在现代农业系统中，作物与其许多病原物之间的关系通常表现为极端的“军备竞赛”，经典的基因对基因理论和“Z字形模型”为理解植物抗病基因（R基因）和病原毒力效应蛋白之间
华中农大连发两项水稻重要成果
近期，华中农业大学水稻研究团队在水稻基因组研究中接连取得重要进展，相关研究结果接连发表在国际著名学术期刊《PNAS》、《Genome Biology》。 九月十日，张启发教授和练兴明教授作为共同通讯作者，在《PNAS》发表题为“Breeding signatures of rice impro
玉米和水稻基因组引导编辑效率提高3倍
科技日报北京12月29日电 （记者马爱平）近日，北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室基因组编辑团队与北京大学等单位合作，发现了新策略协同效应，在植物引导编辑技术研发方面取得了新突破，实现了玉米和水稻引导编辑效率平均可提高3倍以上，在多个低效靶点上甚至可提高10倍以上，并在人细胞中
水稻泛基因组研究方面取得突破性进展
近日，广东省农业科学院水稻研究所分子育种团队在水稻泛基因组研究方面取得突破性进展。相关研究发表于基因组学研究知名杂志Genome Biology。该论文第一单位为广东省农业科学院水稻研究所，王健博士为第一作者，杨武副研究员为共同第一作者，胡海飞博士和赵均良副研究员为通讯作者，澳大利亚莫道克大学教
张启发院士Nature子刊发表水稻基因组成果
9月13日，在Nature旗下的开放获取杂志《Scientific Data》发表的一项研究中，来自华中农业大学和美国亚利桑那州大学的研究人员，用PacBio的long read测序数据和Illumina双末端测序数据，构建了两个籼稻参考基因组。 我国著名的植物遗传和分子生物学家，华中农业大学
中国诞生全球首张水稻全基因组育种芯片
中国中化集团公司下属中国种子集团有限公司联合华中农业大学、北京大学近日共同研制出全球首张水稻全基因组育种芯片，将大幅提高种子真实性检测准确性，有助提高育种效率，杜绝假种子危害。 中种公司生命科技中心喻辉辉博士表示，目前业内判断水稻种子真实性通常采用国标推荐的24个SSR标记检测结果，
NEJM：血管炎的GWAS研究
一项发表在《新英格兰医学杂志》上的研究突出了两种综合征背后的不同遗传特征。这两种综合征分别为：肉芽肿性血管炎和显微镜下多血管炎。它们都属于抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎，特征为与炎症相关的小血管损伤。其病因不明，且是否为单病种以及ANCA在发病机理中扮演了什么样的角色，一直都有争论