我国建成全球第四个综合基因组权威数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队题为“The BIG Data Center： from deposition to integration to translation”（北京基因组研究所生命与健康大数据中心：从存储到整合、再到转化）的研究论文被国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表。这是我国首次以数据中心为模式整体发布我国生命组学数据资源建设情况，标志着我国建设综合性基因组数据资源获得国际同行认可。 北京基因组研究所有关人员表示，此前，国际上被认可的生物组学数据中心主要有美国的NCBI、欧洲的EBI及日本的DDBJ，要想在国际期刊发表论文，需要先将自己的原始数据提交到这三个官方指定的数据库中。“中国的生物组学数据产量约占全球的40%，是数据产出大国，却没有能够被国际认可的数据库系统，不得不将自己宝贵的数据资源交给他人代管。” 该数据库成为国际上第四个被......阅读全文
首次公布！河南仰韶村遗址古人基因组数据发表
近日，河南省文物考古研究院、厦门大学等单位在国际学术期刊《科学通报》发表研究成果。研究发现，仰韶村遗址仰韶文化与龙山文化相关人群之间具有高度的遗传连续性，并对中华民族的形成有着重要的遗传贡献。 河南省文物考古研究院和厦门大学的研究人员取样提取和测序了仰韶村遗址的古人DNA，并于论文《古代基因组
分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
Secure－Federated－GWAS：打破数据壁垒，开启基因组研究新篇
在生命科学的广袤领域中，基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）宛如一座灯塔，照亮了探索遗传变异与健康、疾病关系的道路。想象一下，若能整合全球各机构的基因数据进行研究，那将为攻克疑难病症、揭示生命奥秘带来多大的助力！然而，现实却如同一堵高墙，横亘在理
土壤墒情速测仪的测数据资源共享和远程监控功能
土壤墒情速测仪测试原理：采用国际上流行的现场测试土壤水分原理：时域反射原理（TDR），即传感器发射一定频率的电磁波，电磁波沿探针传输，到达底部后返回，检测探头输出的电压，由于土壤介电常数的变化通常取决于土壤的含水量，由输出电压和水分的关系则可计算出土壤的含水量。水分是决定土壤介电常数的主要因素。测量
樊代明院士：生物医学大数据是重要战略资源
随着高通量测序技术的快速发展以及医疗信息化水平的不断提高，生物医学领域产生了大量数据。生物医学大数据蕴含了极其丰富的信息和知识，是关乎国家持续发展、国人生存健康的重要战略资源。生物医学大数据涉及与人类健康相关的各个领域，具有明显的多维、海量以及多源异构的特点，对生物医学大数据的分析与应用已成为当
新疆植物种质资源数据库表结构设计
新疆土地辽阔,光热资源丰富,境内拥有巨大的山体和广阔的平原谷地。多样而特殊的环境类型孕育了丰富而独具特色的植物资源。建立新疆植物种质资源数 据库系统，对于实现新疆及周边国家包括农作物、林木、药用植物及野生植物等植物种质资源的数字化整理、存储和查询，更加方便快捷。种子储藏库是种质资源完好保存的一大措施
北京市科委主任：大数据时代的创新资源共享
大数据的价值，不仅是大数据技术本身，更是应用创新产生的经济社会价值。就拿电商平台来说，要能够帮助众多小企业实现市场份额和生产效率价值;而智能交通、远程医疗，要给人民生活带来更多便利。 立足于互联网大数据时代服务业重构和社会管理现代化水平提升的要求，下一步北京将以应用为牵引，持续支持相关关键
科学家组建大数据平台解决科研资源共享难题
英国敦提大学日前发布消息说，该校科学家领衔的团队构建了一个科研用大型图像数据库，利用这个平台全球科学家可方便地共享各类与科研相关的图像数据，从而提升科研效率。 来自敦提大学、剑桥大学、布里斯托尔大学以及欧洲生物信息学研究所的科学家合作开展了这个名为“图像数据资源”的项目。这个大型数据库广泛收集
通过IRENA的Global－Atlas免费获取全球太阳能资源数据
3TIER与国际可再生能源署(IRENA)日前合作提供风能和太阳能数据集，其比任何其他公开可用的数据源分辨率高出三至三十倍。 可再生能源评估和预测专家3TIER日前向国际可再生能源署提供信息，该机构将在其Global Renewable Energy Atlas网站上公布该信息。
首个DNA损伤修复测序数据资源库被开发
10月13日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心吴薇研究组与广州国家实验室完成的最新合作研究成果（DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair）。该研究整合开发了首个D
农科院棉花所开放棉花资源和基因数据共享
12月31日，由中国农业科学院棉花研究所生物信息与分子设计中心构建的棉花资源和网络数据库网站正式上线。用户可在该网站上进行数据挖掘和分析、可视化展示等，操作简单快捷，结果准确易懂。 该数据库网站（Gossypium Resource And Network Database，GRAND）目前主
一步一步教你使用NCBI数据库资源
相关专题随着ncbi 数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。那么NCBI数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。一 综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology
提供一些单细胞测序基准数据集的资源链接
以下是一些可以获取单细胞测序基准数据集的资源链接：The Human Cell Atlas (HCA)：https://www.humancellatlas.org/10x Genomics：https://www.10xgenomics.com/resources/datasets/ ，这里提供了
超级泛基因组助水稻种质资源遗传变异挖掘利用
水稻泛NLRs家族基因的共线性位点（左）；基于全基因组SNPs的水稻系统发生树（右）。中国农科院供图 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国内多家高校、科研单位合作，组装了251份高质量的水稻基因组，构建了目前植物中群体规模最大、基因组充分注释、稻属中最为系统的超级泛基因组。该图谱
北京基因组所实现对大样本全基因组数据的群体遗传学分析
计算基因组学旨在发展理论和方法学，对基因组数据进行数据挖掘、提取信息。其中对遗传多态性，如基因频谱、单倍型结构等进行建模，利用群体基因组水平的遗传变异数据来推断群体的历史和变迁是群体遗传学的核心内容。传统的群体遗传学分析方法通常基于小样本数据，所推断的多为相对古老的历史事件，例如，被广泛应用的L
“万岁婴儿”基因组数据讲述人类迁徙秘辛
英国《自然》杂志3日报告了一项基因组学最新研究成果：一名约生活在11500年前阿拉斯加的人类婴儿基因组序列被测定。这同时也是迄今首个直接基因组证据，证明所有美洲原住民祖先都可追溯至晚更新世一次单一迁徙事件中的同一个源种群。 虽然一般认为，人类最先于更新世（地质时代第四纪的早期）通过白令大陆桥进
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea。catas。cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到预期效果。
北京基因组所生命与健康大数据研究获进展
与健康大数据研究成果，包括生命组学数据资源建设成果（D14-20）、实时定量PCR内参基因知识库——ICG（Internal Control Genes；D121-126），甲基化数据库Methbank升级版（D288-295）以及基因组序列变异库——GVM（Genome Variation M
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
本报讯 日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea.catas.cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到
美大规模评估癌症病人临床和基因组数据
英国《自然·遗传学》杂志1月15日在线发表的一项大型研究称，美国癌症中心展开了大规模癌症晚期患者临床数据和基因组数据评估，结果显示癌细胞的突变水平与患者接受检查点抑制剂治疗后的存活率相关。该研究意味着这一现象普遍存在于众多类型的癌症中，或有助于预测哪些患者将对这种免疫疗法应答良好。 人们一直致
科学家获取首个中国地区古人基因组数据
记者从中国科学院古脊椎动物与古人类研究所获悉，由该所研究员付巧妹、高星、同号文及博士后Melinda Yang领衔的古人类研究团队，与德国马普进化人类研究所等团队合作，于前不久获取了第一个中国地区古人的基因组数据。这也是截至目前东亚地区最为古老的人类基因组数据。 10月12日，这项成果以“4万
科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因 2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅狄格大学的遗传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库中的大约1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因
世界最大的自闭症基因组数据库公布
自闭症，或称为自闭症谱系障碍，是指包括了社会技能、重复行为、语言和非语言交流、以及与众不同的优势或差异等多表征型障碍。我们现在得知，自闭症分好多亚型，大多数由遗传和环境共同作用造成。据估计，每68名儿童中就有一人患有自闭症。虽然，目前自闭症的干预方法很多。但是大多数缺乏循证医学的证据。尚无最优治
我国超级稻基因组数据从“云端”向全球共享
“我们的3000份绿色超级稻基因组原始测序数据，覆盖了全球25万份种质基因全部遗传变异的95％。这份核心数据，将正式通过阿里云平台，向全球免费开放。”9月15日，中国农业科学院、阿里云计算有限公司、华智水稻生物技术有限公司、北京聚道科技有限公司在长沙共同启动“云之稻项目”，中国农科院农作物基因资
基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popul
海拉家族30年基因组数据之争尘埃落定
Henrietta Lacks和她的丈夫。 海拉家族并未细想过钱的事情。海拉的儿子常说，知道自己母亲正为全世界做着什么，就让他感到补偿了。 Deborah Lacks想知道答案。1974年，她向一位医学遗传专家询问有关海拉细胞的问题。海拉细胞是一种实验用增殖表皮癌细胞，源自她的母亲H
武汉科研团队破译并公布莲基因组数据库
近日，武汉市园林科学研究院和中科院武汉植物园携手研发出破译荷花遗传密码的莲基因组数据库。日前，该数据库在国际知名学术期刊公布，供各国荷花研究人员免费共享。 据介绍，水生植物莲是地球上最早出现的开花植物之一。研究发现，早在约1.4亿年前蕨类植物和恐龙称霸地球的时代，在北半球许多水域已有莲的分布。
人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观