华中科大连发五文：发布lncRNA、泛素修饰等重要数据库
近年来，随着“精准医学”计划的发布，如何有效整合海量的高异质性、高复杂性生物医学大数据成为生命科学和医学领域的重大命题和挑战。 近日，华中科技大学生命科学与技术学院的“健康大数据”团队陆续发表了5篇论文，公布了多个重要的数据库，这些成果同期刊发在1月4日的Nucleic Acids Research杂志上。《Nucleic Acids Research》上发表的5篇论文中所构建的数据库界面 大数据时代特点是数据无处不在，我们身边处处都有大数据。健康大数据是随着近几年数字浪潮和信息现代化而出现的新名词，是指无法在可承受的时间范围内用常规软件工具进行捕捉、管理和处理的健康数据的集合。 在最新研究中，围绕哺乳动物长非编码RNA（lncRNA）与遗传变异的关系，郭安源教授研究组在已有研究基础上开发了lncRNASNP2数据库，包括25万多条人类和小鼠lncRNA的约1100万个单核苷酸多态性数据，并整合了功能注释、癌症突变、转......阅读全文
又一国产高分数据库，堪称lncRNA神器
之前我们介绍了好用的CRN数据库，可以在线分析差异表达lncRNA并绘制与差异mRNA联系的网络图。那么有没有能直接出lncRNA与预后相关的生存曲线图的工具呢？答案当然是有的！这次我们就一起来看一下这个数据库！ lnCAR数据库（https://lncar.renlab.org/）是由中山大
华中科大连发五文：发布lncRNA、泛素修饰等重要数据库
近年来，随着“精准医学”计划的发布，如何有效整合海量的高异质性、高复杂性生物医学大数据成为生命科学和医学领域的重大命题和挑战。 近日，华中科技大学生命科学与技术学院的“健康大数据”团队陆续发表了5篇论文，公布了多个重要的数据库，这些成果同期刊发在1月4日的Nucleic Acids Resea
lncRNA在农业领域的研究成果（三）
【结论】①通过lncRNA测序，在上万条白菜中候选的lncRNA中挑出了1,300余条与花粉授粉相关的lncRNAs。分析结果显示一部分lncRNA在花蕾到授粉受精整个发育过程中持续表达，其余的部分为阶段、部位特异性表达。lncRNA在白菜不同发育阶段花蕾种的表达呈现出较明显的差异，在V级花蕾中特异
调控免疫的lncRNA
当过度活化或脱靶时，免疫系统中正常对抗感染的一些细胞会转而攻击个体自身的组织。这一过程会推动作为自身免疫性疾病组成部分的炎症。现在，来自纽约大学Langone医学中心的一项新研究揭示出了抑制这些机制的一种新方法，有可能会影响未来的药物设计。相关论文 发布在12月16日的《自然》（Natur
lncRNA在农业领域的研究成果
miRNA的好Homie，非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦 你没看错！不是标题党。说到miRNA的好Homie，非编码RNA界的NewStar，想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题
生物物理所等发布最新的非编码RNA整合资源NONCODEV6
长非编码RNA（long non-coding RNAs）是一类长度大于200 nt的非编码RNA。已有研究表明，长非编码RNA具有重要的调控功能，在植物和动物的生物学过程中发挥重要作用。此外，lncRNA还与人类一些疾病的发生发展密切相关。因此，对lncRNA的注释、探索lncRNA的功能具有
lncRNA功能机制研究（一）
文章导读LncRNA是长度大于200nt的长链非编码RNA，在调控不同的分子过程中发挥着重要作用。其主要功能不仅可以与功能蛋白结合，并在转录或转录后水平调控基因表达，而且lncRNA也可以作为诱饵，吸附miRNA，调节miRNA调控的靶基因表达。但是，目前关于lncRNA在胃癌中的表达谱和生物学功能
lncRNA功能机制研究（二）
实验路线（1）LINC00346调控胃癌发展的上游机制结果：转录因子KLF5和MYC可与LINC00346启动子结合，并增强其表达a. 转录因子MYC、KLF5和 LINC00346的Oncoprint分析；b. 在含有或未含有胃癌KLF5/ MYC / LINC00346 SCNAs的转录因子
lncRNA研究策略与技术
研究背景：长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子，长度在200 bp以上，起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能；近期的研究表明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控
lncRNA在农业领域的研究成果（一）
miRNA的好Homie，非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦 你没看错！不是标题党。说到miRNA的好Homie，非编码RNA界的NewStar，想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题，大阅哥呕心沥
北京大学最新学术论文介绍LncRNADisease
来自北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库(lncRNA and disease database, LncRNADisease)，这一数据库收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病，并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。这一研究
如何揭开长非编码RNA的神秘面纱
长非编码RNA(lncRNA)长达两百个核苷酸以上的转录本，但并不编码任何蛋白质。尽管如此，长非编码RNA在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，说明lncRNA的调控具有重要的生物学意义。细胞中绝大多数lncRNA(也称lincRNA)位于细胞核，它们对应的DNA区域有的与蛋白编码基因重叠，
eLife：lncRNA调控癌症关键基因
Salk研究所的科学家们发现，一种长非编码RNA(lncRNA)是癌症发展过程中的一个关键基因开关。这项研究于四月二十九日发表在eLife杂志上，为相关癌症的治疗提供了一条新的途径。 研究人员将这种lncRNA命名为PACER(p50-associated COX-2 extragenic
lncRNA甲基化如何研究？
lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能，这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能轻松的变废为宝，竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章，你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。RNA甲基化，作为最新的国自然热点受到
lncRNA助力叶酸研究新成果
LncRNA研究发表的成果五花八门，然而借助于lncRNA芯片，挖掘其中的高通量数据，发表5分影响因子的文章，还是可行的。本研究是以叶酸处理肥胖模型为基础，让我们来看看到底怎么样就可以在《Cellular Physiology and Biochemistry》（IF=5.104）上发表。研究背
如何快速查找LncRNA序列？
查找LncRNA序列的网站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC数据库等。今天，小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。一．根据LncRNA来源数据库，进入相应链接。 Genebank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
lncRNA表达与RNA的延伸
LncRNA的火热研究已经有几年的时间了，关于lncRNA总归是有说不完的话题。目前对lncRNA的基础分析都已形成了一定的模式。然后，今年来lncRNA的相关文章依然如雨后春笋。 长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RN
如何快速查找LncRNA序列
查找LncRNA序列的网站有很多，包括Genebank，Ensembl，RefSeq，UCSC数据库等。今天，小编就给大家讲讲如何通过LncRNA ID号查找LncRNA的序列。 一．根据LncRNA来源数据库，进入相应链接。 1. Genebank：https://www.ncb
lncRNA的概念及形成过程
lncRNA，即Long non-coding RNA，你可以把它理解为不表达蛋白的mRNA。它的很多特征与mRNA很类似。比如，它与mRNA一样有启动子、有polyA尾巴、有不同剪接、有动态表达水平。除了不表达蛋白这一点以外，仅从核苷酸水平上来看，可以说它与mRNA并无实质分别。所以对于设计PC
为什么荧光素酶互补实验结果阴性也有
三大类的非编码RNA（ncRNA），miRNA/lncRNA/circRNA仍然是医学基础研究领域最为火热的研究热点，大部分的研究人员在立项之初，通过查阅文献或二代测序+生物信息学分析，获得了合适的研究对象，但在实验推进的过程中却遇到了重重困难。主要有以下几个原因：1. 找错了转录本；2. ncRN
Nature重要发现：调控免疫的lncRNA
当过度活化或脱靶时，免疫系统中正常对抗感染的一些细胞会转而攻击个体自身的组织。这一过 程会推动作为自身免疫性疾病组成部分的炎症。现在，来自纽约大学Langone医学中心的一项新研究揭示出了抑制这些机制的一种新方法，有可能会影响未来 的药物设计。相关论文发布在12月16日的《自然》（Nature）
LncRNA芯片应用于胃癌研究
研究背景 在全世界分范围内，每年因肝癌死亡的病例超过50万人，是主要的致死恶性肿瘤之一。在过去的十年中，随着影像学的进步以及健康体检的普及，越来越多的肝癌病人在患病早期被发现。但由于肝脏捐赠者的短缺，外科肝脏切除术仍然是治疗早期肝癌病人的最主要方法。目前对于术后患者缺乏准确
国际知名学者综述：LncRNA分类
美国St. Laurent Institute的Philipp Kapranov教授，是基因组学与系统生物学领域具有重要国际影响的专家，长期从事系统生物学和基因组功能方面的研究，其发现人类基因组能够产生大量的有功能作用的非编码RNA，在概念层次上重新定义了“基因”，这一发现被Science选为最
LncRNA芯片应用于胃癌研究
上海交通大学附属仁济医院房静远教授主要从事消化系统肿瘤发生的分子机制、早期诊断和分子治疗等相关研究。近期，该课题组应用美国Arraystar公司的lncRNA芯片分析了胃癌组织的lncRNAs表达情况，筛选到可预测胃癌发生的分子标志物GClnc1，并且阐明了GClnc1在胃癌的发生和发展中是如何发挥
Cell重要发现：调控免疫的lncRNA
由麻省大学医学院Katherine A. Fitzgerald领导的研究小组证实，一种长链非编码RNA lincRNA-EPS发挥转录刹车作用限制了炎症。这一重要的研究发现发布在6月16日的《细胞》（Cell）杂志上。 细胞类型特异性的调控回路以复杂、动态和短暂调节的方式控制着基因表达。了解这
如何研究lncRNA？三位科学家现身说法
人生如戏，相信长链非编码RNA（lncRNA）也体会到了。之前一直遭冷遇，如今却是万人迷。其实，人类及其他哺乳动物的基因组转录了数万条lncRNA。根据GenCode数据库中最新版本的数据，人类基因组中包含16,000条lncRNA，产生了近28,000条转录本。再加上其他数据库的数据，目前已知
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表的文章数量，
上海交大LncRNA研究刊登国际期刊
长非编码RNA（lncRNA）不编码蛋白质，最初被认为是基因组“暗物质”的一部分。最近，有研究表明，lncRNAs在染色质修饰复合物的招募过程中发挥作用，并能影响基因的表达。然而，是否lncRNAs以类似的方式在癌症中发挥作用，尚不明确。延伸阅读：中美学者JBC解析lncRNA在EMT中的作用。
新机制：lncRNA可调控小麦开花
冬小麦开花需要长时间低温环境的诱导，该过程称之为春化作用。这一过程受到外部环境因子和植物内在发育状态的双重复杂精准的调控。冬小麦不同品种的春化特性与其产量直接相关。在六倍体小麦中，TaVRN1是受低温诱导、可加速开花转换的关键调控因子。然而，目前对于在春化过程中TaVRN1逐步激活的分子机制尚不