PacBio技术助力两种水生生物的基因组组装
对于吃货而言，水生动物是餐桌上的美味。对于科学家而言，它们则具有重要的研究价值。了解它们如何适应不同的环境条件，对水产养殖业而言具有重大意义。为此，科学家们近日对两种水生动物进行了基因组组装。 章鱼一向给人一种聪明的感觉。凭借其复杂的大脑、感觉器官和神经系统，章鱼可以带给我们一些关于学习、记忆和适应性的知识。不过，尽管它们具有进化和经济意义，但它们的基因组信息仍局限于少数物种。 为了填补这一空白，韩国多个机构的研究人员利用PacBio技术对长臂章鱼（Octopus minor）的DNA和RNA进行测序，组装了这个新兴模式物种的基因组，并将结果发表在《GigaScience》杂志上。 长臂章鱼出现在韩国、日本和中国的海滩上，已经成为年产量最高的渔业产品。它们通常处于恶劣的环境条件中，面临温度变化、盐度变化、不同的氧气供应和潮汐变化。如何适应不同的环境条件，这成为研究人员感兴趣的课题。 于是，韩国海洋生物多样性研究所的H......阅读全文
PacBio助力100K基因组计划最新进展
今年1月我们报道了Pacific Biosciences公司加入100K基因组计划，该计划将对10万种食源性病原微生物基因组进行测序。最近，该项目研究者宣布，利用PacBio单分子实时(SMRT)测序技术，他们已经完成了20种食源性病原微生物的基因组，并且已经将序列和完整的表观遗传学信息发布
百迈客测序阵营再添强援—PacBio－RS－II测序仪正式投产
日前，百迈客公司引进的三代单分子实时测序PacBio RS II已正式投入生产。在三代测序平台上，实现了数据产量和读长的双重提升，一个SMRT Cell芯片可产出高达1.3Gb数据，reads平均长度达到14KB，N50超过20KB，最长reads超过45KB，为基因组测序、全长转录组测序、碱基
新一代测序十年记：后起之秀PacBio
在新一代测序技术崛起的早期，市场主要被Illumina、Life Tech和Roche这三家公司占领。偶尔也有一些新的测序平台出现，但大多是雷声大雨点小，不久便没了下文。面对这些强大、成熟的系统，新平台要想站稳脚跟，的确不是件容易的事。 在2010年的AGBT年会上，Pacific Biosc
Nature子刊：“五谷”之一重要作物糜子的高质量基因组组装
糜子是起源于中国的古老作物，相关文献报道糜子在中国已经有超过1万年的栽培历史，是少数最古老的农作物之一。糜子是中国传统“五谷”中的一种。古代文献中出现的黍和稷分别为糥性和非糯性的糜子，在中华农耕文化中具有重要地位。同时，糜子具有较短的生长周期以及极强的非生物胁迫抗性，也是典型C4高光效作物。然而
Nature子刊：单分子测序揭示鹦鹉模仿能力
研究团队通过单分子测序揭示了鹦鹉基因组的特殊区域，并采用第二代测序技术对单分子测序数据进行了修正。文章发表在7月1日Nature Biotechnology杂志网站上。 如今单分子测序技术炙手可热，这一新技术能生成超长的测序读段，“能更容易拼装基因组的复杂部分，”文章的共同作者Duke
第三代测序可实现大规模的人类基因测序！
第二代测序是当今应用最为广泛的技术，但读长短是它的软肋，并且它无法解决高度杂合的基因组、高度重复序列、高GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点，近年来渐渐被应用于各大研究中。以前谈到第三代测序，也许你想到的是病毒基因组或细菌基因组测序，而如今随着技术的升
PacBio全新Sequel－II系统助力入侵物种的鉴定
对于美国葡萄园和苹果园的园主来说，斑衣蜡蝉（spotted lanternfly）简直是噩梦一般的存在。这种贪婪的食客吸食葡萄、苹果等70多种植物的汁液。若任其蔓延，将会造成数百亿美元的损失。 不过好消息是，美国农业部的科学家近日已利用PacBio新推出的Sequel II测序系统，对一只田间
PacBio三代单分子测序获表观遗传研究新发现
来自福建农林大学海峡联合研究院林学中心等处的研究人员发表了题为“Comprehensive profiling of rhizome-associated alternative splicing and alternative polyadenylation in moso bamboo (P
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
第三代测序重大突破！首次完成人类基因组测序
第二代测序是当今应用最为广泛的技术，但读长短是它的软肋，并且它无法解决高度杂合的基因组、高度重复序列、高GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点，近年来渐渐被应用于各大研究中。以前谈到第三代测序，也许你想到的是病毒基因组或细菌基因组测序，而如今随着技
首个草莓完整基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494423.shtm草莓是蔷薇科植物，在世界范围内被广泛栽植。其约有25个种，倍性十分丰富，从二倍体到十倍体均有。森林草莓作为草莓二倍体模式种，有很大的研究价值。2018年GigaScience发表了利用
斯坦福大学借助PacBio首次临床全基因组测序
在Ricky Ramon 7岁时进行一次例行检查中，犹豫不决的儿科医生送他去拍一张胸部X光片，结果显示在他心脏左上腔里有一个良性肿瘤。对于Ramon来说，这是长达二十年的痛苦而漫长的就医史的开始——伴随他20年的，是没完没了的预约、诊断、和手术。 在此期间，非恶性肿瘤不断重新出现在Ramon的
多种测序技术成就高质量的蚊子基因组
提起蚊子，相信大家没有爱只有恨吧。这种恼人的生物不仅会吵得你睡不好觉，还会传播多种疾病。每年全球大约有4亿人感染由埃及伊蚊（Aedes aegypti）传播的病毒，包括登革热、黄热病、寨卡和基孔肯雅病毒。 为了更好地了解蚊子背后的生物学，并开发消灭蚊子的工具，由洛克菲勒大学领导的国际研究团队本
PacBio－HiFi助力破译高度复杂的LPA串联重复序列的变异
背景介绍Lp (a)脂蛋白是冠状动脉疾病风险的重要因素，其表达与LPA基因的长度有关。不同种族/民族之间血浆中 LP (a)的水平存在显著差异性。个体之间在LP (a)水平上的差异也是巨大的，其变化范围能达到平均水平的3倍。例如，非洲人后裔的血浆LP (a)水平是欧洲或亚洲人的2-3倍。之前的研究证
5000bp！单分子测序读长再次升级
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日
科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
基因检测，一台测序仪并不够
如今，基因组测序的新闻已变得司空见惯，不像几年前，基因组草图甚至能登上杂志的封面。随着测序仪的价格不断下探，你也考虑购入一台。挑来选去，不知哪一台更好。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告诉你，一台也许并不够。 新一代测序仪在上市之初，价格高昂，仅限“土豪
测序仪：一台也许并不够
如今，基因组测序的新闻已变得司空见惯，不像几年前，基因组草图甚至能登上杂志的封面。随着测序仪的价格不断下探，你也考虑购入一台。挑来选去，不知哪一台更好。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告诉你，一台也许并不够。 新一代测序仪在上市之初，价格高昂，仅限“土豪
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
PacBio推出小而强大的测序系统
之前，人们一直在猜测Pacific Biosciences可能会推出小型的单分子测序仪，但PacBio从未给出肯定的答复。而在2015年9月的最后一天，PacBio给了人们一个惊喜，突然宣布推出Sequel测序系统。Sequel系统保留了SMRT技术的优点，与现有的PacBio RS II系统相
Nature－Methods：纳米孔测序仪潜力无限
来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时，也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，称新开发的工具让纳米孔测
Nature：借助第三代测序韩国发表最连续人类基因组
国立首尔大学医学院的研究人员和美国被誉为“测序黑马”的公司——10x Genomics联合运用去年新发售的GemCodeTM测序平台以及第三代测序PacBio单分子实时测序平台在本期的Nature上发表了一项新的研究，对一名韩国人的基因组（AK1）进行从头组装和单倍体型定相信息分析。这是迄今为止
牛油果无间隙参考基因组组装助力脂肪酸生物合成和抗病性相关基因鉴定
牛油果属樟科鳄梨属常绿乔木，原产于中美洲。为阐释牛油果的遗传信息，中国科学院西双版纳热带植物园植物基因组演化与次生代谢研究组利用NGS、PacBio HiFi、ONT、Pore-C等测序技术对西印度品种的牛油果进行了全基因组测序，并组装了841.6Mb无间隙的牛油果基因组序列。 研究显示西印度
科学家改良基因组组装工艺流程－提高成本效益
近日，美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)、太平洋生物科学公司(PacBio)与华盛顿大学合作，开发出一种改良的基因组组装工艺流程，生成的读取片段达到数万个核苷酸长度，最终的组装序列准确率大于99.999%。以往的桑格技术(Dideoxy termination method)只
加拿大团队利用PacBio技术破译“筑坝高手”海狸的基因组
生物通报道 在建筑学方面，海狸筑坝的高超能力给了人类不少启示。在生物学方面，人类又能从海狸基因组中获得哪些启示呢？近日，加拿大的团队测序并分析了加拿大海狸（Castor canadensis）的基因组。他们在《G3: Genes, Genomes, Genetics》杂志上报道了这项研究的成果。
加拿大团队利用PacBio技术破译“筑坝高手”海狸的基因组
在建筑学方面，海狸筑坝的高超能力给了人类不少启示。在生物学方面，人类又能从海狸基因组中获得哪些启示呢？近日，加拿大的团队测序并分析了加拿大海狸（Castor canadensis）的基因组。他们在《G3: Genes, Genomes, Genetics》杂志上报道了这项研究的成果。 多伦多大
2018年基因组测序盘点——各种有趣的动物
2018年，各国科学家继续卯足了劲，对本国的珍（qi）稀（pa）动物进行基因组测序。他们的目标是保护濒危动物（如考拉、金枪鱼），对付入侵物种（如小龙虾、海蟾蜍），抑或是从中发现长寿的秘密（如乌龟、鹦鹉）。 与之前采用单一技术的研究不同，如今的基因组测序研究大多结合Illumina短读长和Pac
Nature－Methods：De－Novo基因组序列组装的新方法
对于de novo人类基因组序列组装而言，短读长简直意味着不可能的任务。不过，加州大学旧金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人员近日开发出一种新的组装方法，它将short-read测序与10X的linked-read测序相结合。这项成果于近日发表在《Natu