上海科技大学研制出新一代DNA编码化合物库
近日，上海科技大学免疫化学研究所Richard Lerner教授和杨光教授研究团队合作，研制出富含天然产物的新一代DNA编码化合物库（DNA-Encoded Library, DEL），以Functionality-Independent DNA Encoding of Complex Natural Products为题发表在国际顶级化学期刊Angewandte Chemie International Edition。 DNA编码化合物库的设计及筛选是当前新药发现领域最前沿的技术之一，这种筛选是将目标靶点蛋白和整个DNA编码化合物库(亿级)进行筛选。筛选体系中，数量巨大的化合物对同一靶标蛋白的竞争性结合，而非传统的单个化合物逐一筛选，因此这样的筛选方式具有显著的速度和成本优势；其次，DNA编码化合物库具有非常大的库容量（百万到数百亿数量级），可以涵盖更为广泛的化学空间，对于一些用传统方法难以筛选的靶点，如蛋白-蛋白相互......阅读全文
“垃圾DNA”或是编码DNA的“卫士”
“垃圾DNA”的概念是在上世纪70年代提出来的，用来形容那些基因组中不是编码蛋白质的DNA序列，而在学术上被称为非编码DNA序列。 由于当时的科学家普遍认为有生物学意义的蛋白质才是决定生物性状的关键，而且也没有一种好的理论和技术手段来解释这些“垃圾”存在的原因，于是“垃圾DNA”这一观念便形
“垃圾DNA”或是编码DNA的“保镖”
"垃圾DNA"的概念源自上世纪70年代，用来形容基因组中不是编码蛋白质的DNA序列，在学术上被称为非编码DNA序列。 非编码DNA"开关说"究竟是个啥？ 科学家们发现，人类基因组中包含多达400万个基因开关和功能调节因子，它们的载体便是"垃圾DNA"。这强烈地冲击了"DNA序列=生物性
DNA编码分子库为药物发明提供便利
随着DNA编码分子库持续扩大以及新的筛选方法不断开拓未知生物学领域，DNA编码分子库将成为制药行业研发新药的支柱之一。 在美国马萨诸塞州沃尔瑟姆市一座混凝土建筑的二楼，一台普通实验室冰箱的塑料盒子里放着一根透明试管，里面则含有天文数字尺度的混合物。这个分子库里冷冻的是由总部位于英国伦敦的制药公
DNA编码化学库新技术助推药物研发
科技日报讯 （记者张梦然）近年来，科研人员虽然在分子疗法开发方面取得了重要进展，但新发现的活性物质数量依然不足。现在，美国哈佛大学和瑞士苏黎世联邦理工学院共同开发的DNA编码化学库（DEL）技术提供了新的解决方案。该技术能在几周内自动化合成并测试数十亿种化合物，还能用于生产更大的药物分子，这类药物将
Nature：复杂生命难道不需要非编码DNA？
非编码DNA仅占据丝叶狸藻基因组3%的组成成分，这是否证明了对于复杂生命来说，非编码DNA并不需要呢? 自从科学家们首次发现超过95%的人类基因组是由非编码元件组成以来(非编码元件是指不会编码任何特殊蛋白质的 DNA 片段)，他们就一直致力于了解这种所谓的“垃圾” DNA 的作用。在过
Science：宏基因组研究挑战DNA编码规则
人们一直认为DNA编码的指令是所有生命通用的，例外情况极少。但本期Science杂志上的一项新研究显示，自然界中的生物又一次打破了既定的规则。 美国能源部联合基因组研究所的Edward Rubin领导研究团队，获得来自1776种环境（包括17个人体区域）的微生物宏基因组数据，以便在其中寻找重编
利用DNA编码化合物库实现新药研发
2016年12月9日Robert A. 等研究者发表在《Nature Reviews Drug Discovery》上的一篇标题为《DNA-encoded chemistry： enabling the deeper sampling of chemical space》的论文引起了世界范围新药
Nature：用二维码构建“DNA编码库”
麻省沃尔瑟姆市（Waltham, Massachusetts）的一座钢筋混泥土建筑的二楼，一个实验室冰箱里的塑料盒中，包含着无数种化学分子。这些分子是葛兰素史克制药公司（GlaxoSmithKline，GSK）合成的带DNA标签的分子，数目达到万亿种——这是银河系恒星数目的10倍。 各大制药公
非编码DNA可用于开发癌症特异性疫苗
癌症疫苗，是科学家们五十多年来一直潜心研究的疑难课题，但直到最近的一项研究才得以证明这种疫苗是有效的。 近日，加拿大蒙特利尔大学免疫和癌症研究所(IRIC)的一个研究团队证明了癌症疫苗可以起作用。不仅如此，它还可以成为一种非常有效、非侵入性以及低成本的抗癌工具。这项研究刚发表在《Science
DNA编码化合物库，新药筛选划时代的变革
在药物发现过程中面对的主要挑战是在成本可控范围内，如何快速并且高质量地找到尽可能多的能够与靶点蛋白相结合的活性化合物。为了解决这个问题，我们不断完善并创新着筛选方法。例如在一些项目中我们通过使用高通量筛选来高效地发现Hits。但是由于化合物的容量、多样性及质量的限制，只有极少数的公司能够承受得起
Nature子刊：长非编码RNA可模拟DNA起作用
长期以来，人们一直认为基因组的大部分区域属于“禁飞区”。这些区域不编码任何蛋白，因此细胞的基因读取机器很少接近。然而近年来科学家们发现，许多非编码序列其实能够转录成RNA，Gas5就是其中之一。 GAS5是一段基因间的长非编码RNA（lincRNA），它来自于非编码的“垃圾DNA”或“基因组的
重庆大学DNA编码分子库技术获新进展
本报讯 癌症、心血管疾病、慢性肠炎、流感……这些疾病都是人类健康的敌人。如何高效地研制出相关治疗药物，是科学家们一直在探索的问题。3月24日，重庆日报记者从重庆大学获悉，该校药学院和瑞士苏黎世联邦理工学院合作采用的DNA编码分子库技术，将有望快速找到针对这些疾病靶点的活性化合物，从而提升相关药品
用－PCR－来制备编码随机肽的双链－DNA－文库实验
使用合成的寡核苷酸构建文库时，PCR 有两个重要的作用。第一，用与特定侧翼序列退火的引物来扩增文库，仅用少量的不同模板，就可以得到大量的 PCR 产物。第二，若要产生文库 DNA 的复杂互补链，PCR 合成法是有效的方法。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。试剂、试剂盒限制
用－PCR－来制备编码随机肽的双链－DNA－文库实验
试剂、试剂盒 限制性内切酶和缓冲液灭菌双蒸水Tris-HCl生物素标记的 PCR 引物仪器、耗材 链霉抗生物素蛋白磁性珠琼脂糖凝胶电泳所需的试剂和设备实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂灭菌双蒸水（ddH20)10 mmol/LTris-HCl，pH8.02. 酶和酶缓冲液限制性内切酶和缓冲液
编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定实验
用盐酸胍进行干燥膜的变性/复性循环试剂、试剂盒HEPES结合缓冲液实验步骤1) 按基本方案步骤1〜15进行。2) 将平皿在4℃冷却10 min。用针扎孔标记各膜的位置。小心地揭起膜，室温下在空气中瞭干15 min。3) 将膜浸于HEPES结合缓冲液/6 mol/L盐酸狐中，4℃轻轻摇动温育10 mi
DNA编码化合物库技术的学习和追踪“神器”——DELFinder
实际应用案例 近日，Scott E. Wolkenberg博士团队利用药明康德HitS事业部自主开发并运维的DELFinder搜索引擎和DELopen平台，顺利完成DEL相关领域论文的检索工作，并成功在《ACS Medicinal Chemistry Letters》杂志上发表论文。 近年来
用－PCR－来制备编码随机肽的双链－DNA－文库实验
试剂、试剂盒 限制性内切酶和缓冲液 灭菌双蒸水 Tris-HCl 生物素标记的 PCR 引物 仪器、耗材
编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定实验
用位点识别DNA筛选λgtll表达文库 用盐酸胍进行干燥膜的变性/复性循环 从重组溶源菌中制备粗提物鉴定DNA结合蛋白的活性 实验方法原理
编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定实验
从重组溶源菌中制备粗提物鉴定DNA结合蛋白的活性实验材料大肠杆菌 Y1089试剂、试剂盒含有或不含10 mmol L MgCl2的LB培养液1010pfu mLλgtU重组噬菌体液1 mol L IPTG抽提缓冲液5 mg mL溶于抽提缓冲液中的溶菌酶（保存于-20℃)仪器、耗材4 mol L Na
DNA编码分子库技术让“个性化”药物成为可能
走进重庆大学药学院的实验室，研究员李亦舟打开冰箱，从里面拿出了一只放满小试管的盒子。他举起其中一支管说：“这里面装了三千五百万个不同化合物。”这就是近日，李亦舟实验室和瑞士苏黎世联邦理工学院Dario Neri教授实验室合作，通过DNA编码分子库技术获得的研究成果。这项成果将推动新药研发的进程，
编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定实验
实验方法原理 实验材料 含有多个串联拷贝识别位点的、缺乏识别位点的（或含识别位点突变的）pUC重组质粒DNA试剂、试剂盒 限制性内切核酸酶EcoRI及HhdIII1 mol L Tris • Cl pH 7. 55 mmol L dCTPdGTPdTTPdATP5000 Ci mmol [α32P]
单链DNA编码金纳米粒子法实现动态“纳米”分子反应
近日，中国科学院上海高等研究院光源科学中心物理生物学研究室、中国科学院上海应用物理研究所和上海交通大学合作发展了一种用单链DNA编码金纳米粒子的方法，并实现了动态“纳米”分子反应。该方法通过设计一条多嵌段的单链DNA序列，可以赋予金纳米粒子类似原子的离散价态和正交价键。这些“纳米”原子则可通过D
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 image.png 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有9
编码DNA结合蛋白的cDNA克隆的检测、纯化和鉴定实验1
一个DNA位点识别探针被用来从表达文库中检测合适的重组克隆，并对 之进行纯化，证明其中编码了具有一定序列特异性的DNA结合域。这种策略排除了为 分离其基因而对序列特异性DNA结合蛋白进行纯化的过程；只需要一个合适的构建于 λgtll载体中的cDNA文库和一个DNA识别位点的探针。用位点识别DNA筛选
蒋华良院士，人工智能结合DNA编码开发创新药
阿尔脉生物牵手再鼎医药 2021年3月12日，再鼎医药与阿尔脉生物科技有限公司（以下简称”阿尔脉生物”）签订新药发现合作协议。根据协议，阿尔脉生物将利用其人工智能（AI）技术、大数据和其独特的Intelligence DNA编码化合物库（iDEL）平台，以及相关设计、合成和筛选技术，与再鼎医药
新发现！非编码DNA突变也可引发癌症－|－Nature子刊
基因与癌症的关系远比人类已了解的更加复杂。近日，美国科学家在一项新研究中鉴定出了近200个在不同的癌症中发挥作用的非编码DNA突变。 图片来源：Nature Genetics（doi:10.1038/s41588-018-0091-2） 在人类基因组中，有98%的信息是看似无用的“垃
首个DNA编码的单克隆抗体疗法有望进入临床试验
近日，来自威斯达研究所和Inovio制药公司共同宣布，FDA已经批准了他们首个人类临床试验，调查新型合成型DNA编码的单克隆抗体（DMAb）疗法在预防寨卡病毒感染上的安全性和耐受性。图片来源：wistar.org DMAb并不像所有已知的常规治疗性抗体，其是在人体内制造出而并非由工厂制造出来的
研究揭示DNA编码环肽库中不同环化方法对筛选结果的影响
环肽因独特的空间结构和生物活性，在口服药物、多肽偶联药物、诊断试剂等领域展现出应用潜力。然而，如何高效筛选并发现具有优异性质的新型环肽分子一直是药物研发领域的重要挑战。DNA编码化合物库技术（DELT）通过将特定的核酸标签与多肽分子连接，实现大规模化合物库的快速构建和筛选。因此，DELT在引入各类非
DNA编码化合物库技术在化合物筛选上的作用
伴随着组合化学技术的发展，出现了成千上万的化合物，为大规模的药物筛选创造了物质基础。为了进行高效、高速、低成本的化合物筛选，最大限度地发现药物，高通量筛选技术应运而生并快速发展起来。在药物发现领域，DNA编码化合物库是一项可以在上亿化合物中进行化合物筛选，发现先导化合物以支持新药发现的前沿技术。
DNA编码化合物库技术在化合物筛选上的作用
伴随着组合化学技术的发展，出现了成千上万的化合物，为大规模的药物筛选创造了物质基础。为了进行高效、高速、低成本的化合物筛选，最大限度地发现药物，高通量筛选技术应运而生并快速发展起来。在药物发现领域，DNA编码化合物库是一项可以在上亿化合物中进行化合物筛选，发现先导化合物以支持新药发现的前沿技术。