引物合成常见问题解析
Q1.引物是如何合成的？ 目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种,无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。 (1) 去保护：加入Deblocking脱去碱基上5'- OH的保护基团DMT，获得游离的5'- OH； (2) 耦合：同时加入活化剂和新的碱基，新的碱基5'-OH仍然被DMT保护，3'端被活化与溶液中游离的5'-OH发生耦合反应； (3) 封闭：耦合反应中极少数5'- OH没有参加反应，用封闭试剂终止其后继续发生反应； (4) 氧化：加入氧化剂使其由核苷亚磷酸酯形成更稳定的核苷磷酸酯。 Q2.引物合成后如何处理？ 切割与脱保护基：将合成好的寡核苷酸链从支持物上化学切割下来。常用新鲜的......阅读全文
怎样设计引物
一般是通过设计软件，例如oligo6，primer5等，你可以在网上搜一下引物设计软件下载和使用说明，是比较容易的。至于设计引物的一般原则如下：* 序列选取应在基因的保守区段* 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对，避免引物自身形成环状发卡结构* 典型的引物18到24个核苷长。引物需要
如何保存引物？
引物合成后，经过一系列处理和纯化步骤，旋转干燥而成无色或白色絮状干粉。干 粉：运输时常温运输，-20℃可以保存一年。储存液：配好后分装成几管，避免反复冻融，-20℃可以保存半年。工作液：常规使用，4℃保存，也可-20℃保存，但应避免反复冻融。修饰荧光引物：需要避光保存，尽快使用为宜。
怎样溶解引物？
生工的合成报告单给出了每OD引物稀释为100 μmoL/L（即100 pmol/ul）浓度的加水量，您可以根椐您的实验需要加入适量的无核酸酶的双蒸水（PH>6.0）或TE缓冲液（PH7.5~8.0），开启瓶盖溶解之前最好在3000~4000转/分钟的转速下离心1分钟，防止开盖时引物散失。
引物如何保存？
拿到手的引物一般已分装为两管。我们建议先溶解其中一管用于实验，另一管干粉保存备用，以备不时之需。干粉状态的引物非常稳定。-20℃可保存2年以上。常见的做法是将引物溶解至10倍的存储度，-20℃长期保存。使用时取出稀释至1倍的工作液。工作液保存于4℃即可。在4℃下引物溶液是比较稳定的，保存一周以上仍可
如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物？1
IMSA，全称为isothermal multiple-self-matching-initiated amplification，中文名为等温多自配引发扩增。该技术的详细介绍可见本公众号历史文章：“分子诊断万花筒” 开篇——等温多自配引发扩增技术简介。在这里隆地熊为大家介绍一种如何利用LAMP引物
如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物？2
6. 更改ParameterCondition中默认的Normal至AT rich。默认显示Normal说明我们所上传VP1 gene的序列中GC含量位于40%-65%的正常范围内。高于65%属于GC rich；低于40%属于AT rich。7. 再次点击Generate时平台显示有1000或高于1
如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物？3
（3）找到该文档，邮件选择打开方式为记事本，可得引物信息。再次点击文档，另存为Up-LF或Down-LB.txt文件。这里的第16套引物，我们需要它的下游环引物即LB，故名为Down-LB。这样命名的目的是为了防止混淆； （4）同样打开LAMP引物设计平台（http://primerexp
通用引物和随机引物是一个意思吗
不是一回事。随机引物：我们在不知道研究目标任何信息情况下，利用合成好了的任意序列的引物（可以买得到），可能扩增出来的产物条带数目不定;随机引物可能会在全基因组范围内有结合位点。通用引物：一般是指某基因外围保守序列。虽然这个基因可能是序列多变的，（如同功酶），但两侧翼序列则是保守的。利用俩侧翼保守序列
引物需要合成多少OD数？如何计算引物的浓度？
根据实验目的确定。一般PCR扩增，2 OD引物，可以做500-1000次50ul标准PCR反应。如果是做基因拼接或退火后做连接，1 OD就足够了。引物保存在高浓度的状况下比较稳定。一般情况下，我们建议将引物的浓度配制成100pmol/ul，称为保存浓度，而引物的工作浓度一般配制成10-50pmol/
如何设计引物（二）
Nucleotides:Stocks of nucleotides for PCR (or other procedure) are NEARLY ALWAYS dNTPs (deoxynucleotides), and concentrations is almost always given i
PCR引物设计原则
实验概要PCR是目前研究DNA、RNA等核酸的非常有效和最主要的方法之一。本Protocol对于PCR引物设计中的一些基本原则给予阐述，希望能对广大研究人员的研究工作带来方便。实验步骤首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配) ，再次引物与引物之间避
如何设计引物（一）
Primers:i) Oligonucleotide primers are generally supplied as "so many OD units/ml" - but what does this mean, in terms of mg/ml, or mmol/ml, etc?Given
反向引物的概念
反向引物（下游引物）是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。
引物合成的过程
目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种,无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。 (1) 去保护：加入Deblocking脱去碱基上5'- OH的保护基团DMT，获得游离的5'- OH；
简并引物的概念
简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。简并度越低，产物特异性越强，设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸，并避免引物3’末端简并。
PCR引物设计技巧
自从1985年美国PE—Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP0 以来，PCR已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技术手段之-[ I。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物，使其有效地扩增模板DNA序列，无疑决定着PCR的成败。现在动物遗传育
PCR技术要素引物
引物: 引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。
PCR引物设计原则
PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在
引物延伸的概念
中文名称引物延伸英文名称primer extension定 义从与模板(RNA或DNA)结合的引物3′-OH端开始，在核酸聚合酶的作用下，按照碱基配对的原则，逐个连上核苷酸，由5′→3′方向合成与模板互补链的过程。该反应可用于聚合酶链反应、单核苷酸多态性检测等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学
PCR引物设计技巧
自从1985年美国PE—Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应（PCP0 以来，PCR已经成为了分子生物学领域zui基本也是zui重要的技术手段之-[ I。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物，使其有效地扩增模板DNA序列，无疑决定着PCR的成败。现在动
PCR引物设计原则
PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可
PCR引物设计技巧
自从1985年美国PE-Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应（PCP） 以来，PCR已经成为了分子生物学领域最基本也是最重要的技术手段之一 。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物，使其有效地扩增模板DNA序列，无疑决定着PCR的成败。现在动物遗
引物的设计原则
引物设计原则1、长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度)，从而降低产物的特异性。2、G十C含量：应在40%一60%之间，PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm值引物的Tm值减去5—10度。引物长度小
引物合成介绍（5）
25.用软件设计的引物为什么不管用？答：引物是否好用，能否扩增出您需要的引物，与是否用软件设计没有太多的关系。引物设计有一定的指导意见，软件就是根据这些要求设计而成。不要迷信软件给您设计的引物，软件中一些参数您可能不明白，弄错了反而麻烦。其实，PCR扩增的成败最关键的是反应模板的制备和反应条件的控制
引物修补的概念
中文名称引物修补英文名称primer repair定 义当DNA模板受损时，可根据其损伤情况，以一套或几套引物借助核酸聚合酶的作用合成新的互补核酸链，以修复损伤形成的错误序列的方法。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
正向引物的概念
中文名称正向引物英文名称forward primer定 义处于DNA双链上游的引物。如用于测序，则从5′向3′方向读出DNA正链的序列。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
引物设计的原则
首先引物要跟模板紧密结合，其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在，再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应（即错配）。围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length）、产物长度（product length）、序列Tm值（melting tem
引物溶解稀释方法
在实验室进行分子克隆实验时，经常需要合成大量的引物，而这些合成的引物首先要进行适当的稀释才能使用。如果不稀释就使用引物，往往造成引物的浪费和过早的活性丧失，更有一些被污染而不能使用。因此，建议对合成的引物先进行稀释，然后使用。稀释的引物利于保存和应用。现将方法简单叙述如下：1. Oligo DNA是
引物修补的定义
中文名称引物修补英文名称primer repair定 义当DNA模板受损时，可根据其损伤情况，以一套或几套引物借助核酸聚合酶的作用合成新的互补核酸链，以修复损伤形成的错误序列的方法。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
引物的主要类型
存在有自然中生物的DNA复制引物（RNA引物）和聚合酶链式反应(PCR)中人工合成的引物（通常为DNA引物）。一般所说引物，指DNA引物，以下简称引物。