流形学习在单细胞组学数据分析中的运用
以10x Genomics为代表的单细胞组学检测技术的发展，为我们从细胞层面去理解生命体的发育过程，疾病发生和发展过程提供了重要的手段。以单细胞转录组(scRNA-Seq)为例，我们可以发现，单细胞组学数据具有横向细胞数量巨大，纵向数据分布稀疏的特点。因此，针对单细胞数据，从分析的角度提出了巨大的挑战。在这个过程中，流形学习的发展，为单细胞数据的降维和可视化提供一种解决方案。以下，我们通过Q&A形式来分享流形学习在单细胞数据分析中的运用。1.什么是流形学习？流形学习是机器学习的一种，2000年以后被认为属于非线性降维的一个分支。流形学习的本质是用低维度数据分布去解释高维度数据，也可以把它理解成寻找一个高维数据空间到低维数据空间的映射。非线性降维技术（广义上“非线性降维技术”≈“流形学习”，狭义上后者是前者子集）。流形学习在单细胞数据中的作用就是为了解决使高维的数据进行合理降维的过程。2.流形学习的分类有哪些？流形学习......阅读全文
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
【JOAT刘虎威编者按】专题：代谢组学和脂质组学
刘虎威教授担任《Journal of Analysis and Testing》第三期特刊的客座主编。 近日，刘虎威教授担任《Journal of Analysis and Testing》第三期特刊的客座主编进行了约稿审稿工作，并撰写了题为“专题：代谢组学和脂质组学”的编者按。 代谢
2025蛋白质组学大会之蛋白质组学新技术
2025年10月13日上午，蛋白质组学新技术（Emerging proteomics technologies）专题分论坛顺利召开。本场会议由本领域学者陆豪杰教授、王初教授、谭敏佳教授、秦伟捷教授和Yasushi Ishihama教授共同召集和组织。来自海内外的多位知名学者围绕该领域的前沿进展，分享
代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱
代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
质谱组学，引领精准
8月，上海。炎炎夏日，骄阳似火，正值生机盎然的季节，一场造福行业发展的合作协议今日于上海签订。赛默飞世尔科技（中国）有限公司和上海中科新生命生物科技有限公司在多组学及精准医疗领域，建立战略合作伙伴关系。出席本次签订协议的嘉宾有赛默飞世尔科技（中国）有限公司商务运营副总裁冯时瀚先生、上海中科新生命
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学（一级学科），总论（二级学科）
代谢组学新工具：METLIN
METLIN是由美国Scripps研究院Gary J Patti和Gary Siuzdak开发出的新型数据库，将能用于解决代谢组学等领域研究中关于数据处理这个大问题。 超过上万个代谢物 目前METLIN包括有超过10,000个代谢产物中带有详细，高分辨率串联质谱信息的六万化合物，
单细胞分析技术在肿瘤学中的应用
肿瘤异质性研究：通过分析肿瘤组织中的单个癌细胞，揭示不同癌细胞之间的基因表达、突变和蛋白水平的差异，为理解肿瘤的发生、发展和耐药机制提供关键信息。例如，在乳腺癌中，发现某些肿瘤细胞具有特定的基因突变，导致对特定治疗药物产生抗性。肿瘤微环境分析：了解肿瘤细胞与免疫细胞、基质细胞等微环境成分之间的相互作
Nature最新特刊：关于单细胞生物学
细胞理论是细胞作为生命基本单位的概念，是生物学的基石。但是，尽管在生物学家的显微镜下观察了近180年，细胞仍然是谜一般的。7月5日的Nature推出了一期关于单细胞生物学的特刊：通过观察细胞，研究人员如何试图了解它们的性质——有多少种不同的存在，它们做什么，以及它们如何随着时间的推移改变。
单细胞多组学整合技术有了新突破
近日，军事科学院军事医学研究院应晓敏团队在国际著名学术期刊《自然·生物技术》以Article类长文形式在线发表重大原创研究成果。该团队自主研发的用于单细胞多组学数据马赛克整合的人工智能算法取得新突破。细胞是生物体内发挥功能的基本结构单元。单细胞测序技术是近年来生命科学领域的突破性技术，能够检测单个细
单细胞多组学整合技术有了新突破
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516674.shtm近日，军事科学院军事医学研究院应晓敏团队在国际著名学术期刊《自然·生物技术》以Article类长文形式在线发表重大原创研究成果。该团队自主研发的用于单细胞多组学数据马赛克整合的人工智能
Nature－Genetics：单细胞全基因组DNA甲基化组新发现
北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心，北大生命科学学院与第三医院等处的研究人员发表了题为“Single-cell DNA Methylome Sequencing of Human Preimplantation Embryos”的文章，利用单细胞DNA甲基化组高通量测序方法，首次在单细胞分辨
杨树次生木质部单细胞转录组图谱建立
近日，北京林业大学教授张德强团队在《植物生物技术杂志》发表研究论文。该研究以杨树为研究模式，利用单细胞测序技术、基因组分析、RNA原位杂交、愈伤组织遗传转化等技术建立了杨树次生木质部的单细胞转录组图谱，重构了完整的杨树次生木质部细胞类群，鉴定了调控木质部发育过程的关键转录因子，系统解答了次生木质
单细胞转录组测序研究热点和发文锦囊
从Top50期刊2000余篇文献统计： 在刚刚发布的“十四五”规划中，“基因与生物技术”作为前沿科技攻关领域之一。而在这个领域，近年来最具里程碑的技术突破必然不能忽略“单细胞转录组测序”。本文通过对PubMed数据库中Top50期刊的共计2357篇单细胞转录组测序的引文进行数据分析，帮助读者了
Nature：用单细胞基因组探索多样性
宏基因组研究极大地提高了我们对于细菌以及古细菌多样性的理解。然而，环境宏基因组数据往往不容许个别物种的基因组组装，因此，大多数完整的基因组序列来自于培养的微生物。如今，两个新的大规模研究利用单细胞基因组，直接从未培养的环境样本中恢复了细菌和古细菌基因组。 Rinke等人利用荧光活化性细胞分
Nature－Methods－|－朝思暮想：单细胞蛋白质组测序之梦
近期，Nature Methods 杂志技术编辑Vivien Marx发表文章 A dream of single-cell proteomics，探讨了单细胞蛋白组学的发展，提出了该技术有可能会面对的问题和潜在解决方案。单细胞蛋白质组测序的梦想并不遥远（Credit: S. Larochell
单细胞测序推进了基因组的发展领域
单细胞测序能够帮助我们了解那些难以培养的微生物的基因组功能、了解遗传镶嵌功能在普通生物学功能或是疾病发生中的作用、肿瘤内在异质性对肿瘤发展以及耐药性的影响、重新定义细胞亚型等等。 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新的细胞类型，测序技术可谓是科技发展的一大创举，它推进了基因
单细胞全基因组扩增技术大比武
2013年，权威技术期刊《Nature Methods》将年度技术授予了单细胞测序。正如社论中所说，每个细胞都是独一无二的--它占据了独特的空间位置，它的复制基因组中携带了独特的错误。然而，过去以细胞群体为对象的研究只获得了平均值，而忽略了异质性。目前多种新型分析技术，如NGS，都是为细胞群
2025蛋白质组学大会之微生物蛋白质组学
2025年10月14日下午，聚焦于微生物蛋白质组学领域的专题分会场在广州白云国际会议中心107会议室正式拉开帷幕。会议由王恒樑、马庆伟、刘小云、李乐园四位教授召集，现场由刘小云、Paola Roncada教授主持。来自意大利卡坦扎罗“大希腊”大学、比利时根特大学、复旦大学、西湖大学、国家蛋白质科学中
GCMS－HRAM－代谢组学数据库－探索代谢组学的奥秘
盐城4公分厚外墙岩棉板报价 岩棉制品是以精选的优质玄武岩为主要原料、经冲天炉熔化后，采用的四辊离心制棉工序，将玄武岩高温熔体甩扭成4-7μm的非连续性纤维，再在岩棉纤维中加入一定量的粘结剂、防尘油、憎水剂，经过沉降、固化、切割等工艺，根据不同用途制成棉毡、半硬板、保温带、管壳等系列产品。
【网络研讨会】蛋白质组学/脂质组学研究进展
自从精准医学概念提出以来，组学研究一直都是全球最热的研究领域，其技术在临床医学、生物医药和食品安全等领域都占据十分重要的作用。2016年初，中国发起了精准医学研究专项课题，目标在2017年至2019年构建重大疾病的预防诊断和治疗大数据平台，推动一批精准治疗药物和分子检测产品进入国家医保目录。同时
4D组学新时代！更精确的磷酸化修饰组学
离子淌度分离概念的引入使得蛋白质组学进入了4D新时代。4D蛋白质组学是在3D分离即保留时间（retention time）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度的基础之上增加了第四个维度，离子淌度（mobility）的分离（图1），进而大幅度的提高扫描速度和检测灵敏度，带来蛋白
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
中国医科大学附属第一医院采购单细胞蛋白组学质谱
中国医科大学附属第一医院单细胞蛋白组学质谱（国家医学检验临床医学研究中心）采购招标项目的潜在供应商应在线上获取招标文件,并于2022年12月23日 09时00分（北京时间）前递交投标文件。 一、项目基本情况 项目编号：JH22-210000-64371 项目名称：中国医科大学附属第一医院单
组学发展的机遇与挑战，－－高通量成为组学研究关键因素
近年来随着新技术的不断涌现，加快了组学研究飞速发展。特别是生命科学领域，随着基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学以及脂质组学技术的不断完善与进化，组学向分子水平的各个分支领域不断进化和完善，研究者更是利用组学研究思路和手段，不断推进衍生出了食品组学，金属组学等新型组学研究方向，从而引领大组学研究不
2025蛋白质组学大会之跨物种蛋白质组学研究
2025年10月14日下午，第12届AOHUPO大会、第8届AOAPO大会、π-HuB国际大科学计划第三届全球峰会暨第13届CNHUPO大会“Cross-species Proteomics（跨物种蛋白质组学）”分会场于广州白云国际会议中心国际会堂顺利举行。会议由中国科学院北京基因组研究所 （国
2025蛋白质组学大会之非质谱蛋白质组学专场
2025年10月14日上午10点10分，第12届AOHUPO大会暨第8届AOAPO大会暨π-HuB国际大科学计划第三届全球峰会暨第13届CNHUPO大会“非质谱蛋白质组学” (Proteomics Beyond Mass Spectrometry) 分会场于广州白云国际会议中心岭南B厅拉开序幕。
基因组学与蛋白质组学两大巨头建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日联手推出OneOmics™ 计划，其目的是在云计算环境中结合新一代蛋白质组学（NGP）和新一代测序（NGS）的工具。作为此计划的一部分，Illumina的应用商店BaseSpace将托管AB Sciex的SWATH™ 蛋白质组学云工具，这使得BaseSp