美国最大生物银行初具规模发布初始研究成果
在近期举行的美国人类遗传协会(ASHG)年会上，研究人员整合了他们收藏的加利福尼亚州北部10万人的基因和医学数据，并发布了初始研究成果。这将帮助建成美国规模最大的“生物银行”。 《科学》杂志相关报道称，科学家的这些努力工作已经揭示了死亡数和染色体终端的有趣联系，并发现了遗传性变型和疾病特性的新关联。“这只是开始。”来自凯萨医疗机构――KP，一个大型保健组织――的“银行”管理者们指出。 生物银行计划是以收集大范围人群的医学和DNA数据，寻找疾病、生活方式、性格和基因之间的联系为目标的诸多计划之一。十多年前，冰岛DeCODE Genetics公司开创了生物银行的先河，目前，它已经拥有14万年冰岛人的相关数据。并且，英国生物银行已经登记了约50万人的数据，虽然还没有检测他们的DNA，但是，这将有望成为世界上最大的生物银行。 目前，美国几个较大的生物银行正在建设中，例如，KP的研究部门和来自加州大学旧金山分校(......阅读全文
研究人员建立衰老生物学多组学数据库
随着人口老龄化程度加剧，实现健康老龄化是亟待解决的社会问题和科学问题。近年来，随着衰老相关研究成果的不断增多和高通量测序技术的日益发展，衰老相关多组学数据层出叠见。然而，目前尚缺乏综合性的整合衰老生物学多组学数据的数据资源库。 中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组，与北京基因组研究所（
科学家构建出中国种子性状数据库
植物性状是表征环境适应策略与资源分配模式的关键指标，为理解物种分布、群落构建及生态系统功能提供了重要基础。近年来，全球及区域尺度的植物性状数据库不断完善，推动了宏观生态学、功能生态学及生物多样性保护等领域的发展。然而，现有数据库主要聚焦于叶片等生长器官，种子、果实等繁殖器官的记录相对不足，形成显著的
科学家构建首个油菜基因转录数据库
近日，中国农业科学院油料作物研究所油料作物基因组学与抗病性改良创新团队破译了油菜基因组的全转录信息密码，构建了油菜十万余个基因的转录全景图，使得油菜基因功能研究第一次有了标准的可参考的基因转录数据库，将有力支撑油菜功能基因的相关研究。该项研究成果在线发表在《植物学报（The Plant Jour
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
科学家打造“食物周期表”数据库
人类摄入的植物和动物超过3万种。但在大多数情况下，人们对它们的成分知之甚少。研究人员只彻底分析了几百种最常见食物的分子成分，这让人们的营养知识留有巨大空白。中国种植的红藜麦。图片来源：STR/AFP VIA GETTY IMAGES据《科学》报道，上周，食品科学家和活动人士启动了一个旨在缩小这一知识
研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库
10月22日，国际学术期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
科学家倡议共建全球人类表型组数据库
北京时间12月13日，国际人类表型组研究协作组（IHPC）第四次理事会在线召开。来自14个国家30余位协作组理事和多位表型组学领域的一流科学家出席了此次会议，就下一步加快推进人类表型组国际大科学的重要事项展开国际协商和深入探讨。人类表型组国际大科学计划持续推进 当天的理事会上，美国医学科学院院士
科学家开发出细胞外囊泡数据库
近日，中国科学院动物研究所、城市环境研究所开展多学科数据交叉合作，共建细胞外囊泡数据库。相关成果以EV-COMM: A database of interspecies and intercellular interactions mediated by extracellular vesicl
科学家倡议共建全球人类表型组数据库
北京时间12月13日，国际人类表型组研究协作组（IHPC）第四次理事会在线召开。来自14个国家30余位协作组理事和多位表型组学领域的一流科学家出席了此次会议，就下一步加快推进人类表型组国际大科学的重要事项展开国际协商和深入探讨。 人类表型组国际大科学计划持续推进 当天的理事会上，美国医学科学
科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因 2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅狄格大学的遗传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库中的大约1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因
科学家建立了全球最大的地震诱发滑坡数据库
近日，成都理工大学教授范宣梅团队在全球地震诱发地质灾害智能预测方面取得重要进展，相关成果于5月9日发表在《国家科学评论》。 这项研究基于过去50年来38次强震诱发的40余万处滑坡，建立了目前全球最大的地震诱发滑坡数据库，结合深度学习算法研发了智能预测模型，能够实现一分钟内预测全球任何地震诱发滑
中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的
中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的全球首个青藏高原冰川微生物
科学家合作构建再生生物学多组学数据库
随着细胞重编程、基因编辑、合成生物学、高通量测序等技术的快速发展，再生生物学进入前所未有的蓬勃发展时期，助力解决组织替代、功能修复、衰老干预、疾病治疗等一系列生命医学领域的重要科学难题。面对科学数据的爆炸式增长，亟需建立以再生生物学为核心的开放数据库，以存储世界范围内的组学研究数据为基础，推动再
中国科学家构建首个创伤后应激障碍遗传学数据库
创伤后应激障碍(Posttraumatic stress disorder，PTSD)发生在创伤事件暴露后，是具有复杂病因的综合征。美国2013年公布的第五版《精神障碍诊断与统计手册》中，PTSD已从“焦虑障碍”组移到新的分组“创伤和应激相关障碍”中。经历创伤事件是罹患PTSD的必要条件之一，关
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表的文章数量，
科学家开发完成水稻多组学数据整合和信息共享数据库
水稻不仅是世界近一半人口的主要粮食作物，同时也是一种重要的模式生物。高通量测序技术的迅速发展促进了水稻组学数据的广泛积累，使深入研究控制水稻重要农艺性状、种质资源多样性以及水稻驯化过程的机制成为可能。为此，研究人员构建了相关的水稻数据库，主要包括RAP-DB（日本农业生物资源研究所构建的水稻注释
英、中等国科学家将建耐药结核杆菌基因数据库
英国牛津大学２４日发布消息说，该校将与中国等国的研究人员合作，对来自世界多个地区的结核杆菌样本展开全基因组测序，建立耐药结核杆菌的基因数据库，以便提高对耐多药结核病的诊断和用药效率。 病菌的耐药性问题近年来日渐严峻，耐药结核病更呈迅猛上升趋势。据世界卫生组织介绍，耐多药结核病是耐药结
科学家得到详细的恶性胶质细胞瘤细胞基因组数据库
科学家启动了肿瘤基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas，TCGA)，打算分析所有组织的肿瘤细胞的基因组。脑组织肿瘤是科学家的第一个目标，因为其挑战性大回报也最大。 TCGA收集了多形性成胶质细胞瘤(glioblastoma multiforme，GBM)的组
科学家构建迄今最大规模开放式核磁共振数据库
中国科学院上海药物研究所研究员郑明月团队开发了一种由大型语言模型驱动的NMR数据提取工具NMRExtractor，能够从海量开放获取的文献中自动提取实验性核磁共振（NMR）数据，并构建出了迄今为止规模最大的开放式NMR数据库NMRBank。5月28日，相关研究发表于《化学科学》。NMR光谱是化学研究
科学家发表非编码RNA相互作用数据库NPInter－v4.0
非编码RNA对生物分子的调控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非编码RNA被发现可以和蛋白质、RNA以及基因组相互作用，调控复杂生物过程。比如经典的长非编码RNA Xist可以和X染色体相互作用并影响剂量补偿效应。理解非编码RNA和生物分子的相互作用对于研究非编码RNA的功能以及
核酸数据库的概念
中文名称核酸数据库英文名称nucleic acid data bank定 义DNA、RNA序列的资料库，主要包括已知序列名称、DNA或RNA全序列及其特性，如启动区、起始和终止密码的位置、编码区、限制酶切位点以及推导的翻译产物蛋白质序列等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级
GenBank数据库概述（一）
1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图
GenBank数据库概述（四）
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍：1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 ：把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序：小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由
GenBank数据库概述（三）
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
GenBank数据库概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 2. ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载
科学家开发出集合人类血液中化合物的可视化数据库！
日前，一项刊登在国际杂志Nucleic Acids Research上的研究报告中，来自日本东北大学的研究人员通过收集5000名志愿者的血液样本，开发出了集合血液代谢物的数据库，目前该数据库将免费提供给全世界的研究人员。 代谢产物和蛋白质能够控制机体内部多个生理学过程，同时还能阐明细胞和其周围
中外科学家合作建立全球最大海洋微生物组数据库
9月4日，国际顶级期刊《自然》（Nature）在线发表中外科学家的合作成果“ Global marine microbial diversity and its potential in bioprospecting ”。该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库，从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具
中外科学家合作建立全球最大海洋微生物组数据库
9月4日，国际顶级期刊《自然》（Nature）在线发表中外科学家的合作成果“ Global marine microbial diversity and its potential in bioprospecting ”。该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库，从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具、抗