新算法提升基因融合检测效率

近日,华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明,该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略,从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》(Genome Biology)杂志上在线发表。 基因融合是指染色体上两个异位的基因嵌合在一起,形成一个嵌合基因的现象。这种现象一般是由于染色体发生易位、缺失或者倒置造成的,它们在癌症的发生上扮演着重要角色,并且可以作为诊断和治疗癌症的靶标。随着对基因融合的深入研究,科研人员发现,除血液系统肿瘤外,在实体瘤中也存在着基因融合现象。 传统基因融合研究方法存在通量低、操作复杂、不便于大规模样品筛查的缺点。而高通量RNA测序技术具有通量高、成本低、检测精度高和检测范围广的优点,其与全基因组测序相比,不仅能找到由于重排导致的基因融合,还能找到更多......阅读全文

细胞电融合

            实验方法原理 将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,造成细胞之间相互连接,如果施加的高频交流电压(即正弦波的p-p值)过高或作用时间过长,则细胞连接成串珠状,应适当控制以上条件,尽量使两细

细胞融合

一、原理    细胞融合(Cell fusion),即在自然条件下或用人工方法(生物的、物理的、化学的)使两个或两个以上的细胞合并形成一个细胞的过程。人工诱导的细胞融合,在六十年代作为一门新兴技术而发展起来。由于它不仅能产生同种细胞融合,也能产生种间细胞的融合,因此细胞融合技术目前被广泛应用于细胞生

细胞电融合

            实验方法原理 将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,造成细胞之间相互连接,如果施加的高频交流电压(即正弦波的p-p值)过高或作用时间过长,则细胞连接成串珠状,应适当控制以上条件,尽量使两细

体细胞融合实验——单层培养细胞的融合

实验材料细胞试剂、试剂盒PEG-1000仪器、耗材培养基实验步骤1. 以适当的培养基培养细胞至接近汇合成片的密度(80% 汇合率)。2. 吸干 60 mm 规格平皿或 T-25 培养瓶中的培养基,加 2 ml 50% PEG-1000,轻轻转动 1 分钟让该粘稠液体覆盖所有细胞。3. 往培养皿或瓶中

细胞融合技术仙台病毒法融合法

①两种细胞在一起培养,加入病毒,在4℃条件下病毒附着在细胞膜上。并使两细胞相互凝聚;②在37℃中,病毒与细胞膜发生反应,细胞膜受到破环,此时需要Ca2+和Mg2+,最适PH为8.0一8.2;③细胞膜连接部穿通,周边连接部修复,此时需Ca2+和ATP;④融合成巨大细胞,仍需ATP。

细胞融合的融合过程及研究进展

  融合过程  细胞膜有内外两层,细胞融合首先发生在外层,然后再到内层,由此就出现了两种融合通道,细胞体内物质通过这两种通道转移。病毒膜与目标细胞融合时,只出现一种融合通道,即导致融合的基因只能在病毒中找到,而在目标细胞中却找不到。但是,通过EFF-1发生的细胞融合则是一个双向融合过程,需要EFF-

生物与信息融合(BT与IT融合)重点专项启动

近日,由暨南大学附属第一医院教授张水兴牵头承担的国家重点研发计划“生物与信息融合(BT与IT融合)”重点专项——“基于多尺度跨时空异构数据构建肿瘤乏氧数字孪生系统”项目启动仪式暨实施工作方案论证会在广州召开。中国工程院院士、暨南大学校长邢锋在致辞时表示,学校对项目的开展予以高度重视,将在人才团队构建

体细胞融合实验——悬浮培养细胞的融合

实验材料细胞试剂、试剂盒PEG1000仪器、耗材离心管实验步骤1. 从无血清培养基中沉淀杂交前体细胞。2. 倒尽上清。3. 用手指弹拨管底或双手搓转离心管,使细胞重新悬浮。4. 加入 1 ml PEG1000,待 2 分钟。5. 加入 5 ml 含 10% FBS 的培养基稀释 PEG。于室温,20

我国学者在痕量低频融合基因检测方面取得进展

图 ARRP-seq用于融合基因、点突变等痕量低频核酸变异检测的示意  在国家自然科学基金项目(批准号:22174094)等资助下,上海交通大学宋萍和国际和平妇幼保健院王玉东团队在融合基因检测领域取得进展,研究成果以“用于新型基因融合定量检测的锚定随机反向引物测序(Anchored random r

探究细胞融合时间对融合率的影响

  在自发或人工诱导下,两个细胞或原生质体融合,使得一个杂种细胞形成,即是细胞融合(cell fusion)。细胞融合使得异核体(heterokaryon)形成、通过细胞有丝分裂异核体进行核融合、Z终使得单核的杂种细胞形成为细胞融合的基本过程。作为一种实验方法,在单克隆抗体的制备,膜蛋白的研究方面,

数字PCR在-药物基因组检测的应用

  能够通过PCR技术实现药物基因组的检测,提高合理用药水平,具有通量较高,操作简单,仪器设备易普及等优点。    数字PCR冷知识:胎儿性别不是只有B超可以看出来,一只精通数字PCR的科研狗,也可以测出来。

数字PCR技术精确检测癌症基因组扩增

  来自斯坦福大学以及Bio-Rad的研究人员证实,数字PCR系统能够精确测定长期存放的癌组织样本中的癌症基因组扩增。该研究成果发表在《Translational Medicine》杂志上。   某些拷贝数变异(如基因组扩增)可能导致特定癌基因的过表达,推动癌症发展。靶定扩增的癌基因有望实现癌

全基因组测序助力食源性疾病检测

CDC研究人员检查用于全基因组测序的电脑芯片。  李斯特菌暴发致3人死亡并且迫使美国得克萨斯州蓝铃冰淇淋公司在上个月底召回其全部产品,这是遗传流行病学如何正在改变食源性疾病检测的最新例子。两年前,位于亚特兰大的美国疾病控制和预防中心(CDC)启动一项试点计划,测序与某种疾病相关联的每个李斯特菌样品的

叶绿体和线粒体基因组变异检测获突破

  近日,《公共科学图书馆―综合》发表了中国农业科学院油料作物研究所博士后曾长立与合作导师伍晓明研究建立的能高通量检测叶绿体和线粒体基因组遗传变异的新方法。   据曾长立介绍,叶绿体和线粒体基因组作为植物细胞质基因组,对光合作用、呼吸作用等重要生命过程具有重要意义。   研究叶绿体和线粒体基因组

如何精准检测评估基因组组装质量?

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510594.shtm

推进医疗健康融合转化,‘5HT检测新法’项目顺利对接

近期,备受瞩目的首届医疗健康融合转化发展论坛在上海国际会议中心盛大举行。本次论坛汇集了来自世界各地的医疗健康领域的专家学者、企业家以及投资人,共同探讨医疗健康领域的最新科研成果、技术创新以及市场趋势。在论坛的签约环节,中心检验科林萍主任的“5-HT检测方法”项目成功与上海何霖生物科技有限公司达成合作

最新研究可检测癌症组织中的基因融合和碱基突变

   靶向治疗和免疫检查点抑制剂治疗目前已显著改善了肿瘤患者的生存率,而新型疗法的有效运用往往需要依赖于对基因变异的准确检测。当前的研究表明,诸如NTRK(神经营养因子受体酪氨酸激酶)等罕见的融合变异事件能有效地驱动肿瘤发生,并成为多种肿瘤中靶向治疗的靶标。基于DNA检测的大Panel可以覆盖几百个

​创新推动测试装备发展,建立与检验检测产业间融合

 ——中国检验检测学会测试装备分会第一届会员大会暨第一届理事会在京召开  2022年6月21日,中国检验检测学会测试装备分会第一届会员大会暨第一届理事会第一次会议在线上线下同时举行,学会常务副会长生飞主持了会议,分会会员116人参加了大会。会议选举中国工程院院士金国藩为分会会长,沈正生等9人为分会副

电子鼻/舌融合技术的信阳毛尖茶品质检测

样品:茶叶样品为2017年4月河南信阳浉河所摘采的信阳毛尖明前茶,由专业生产茶叶的厂家按摊放、杀青、揉捻、解块、理条、初烘、摊凉、复烘工艺流程进行加工。品质由高到低分别为特级、一级和二级(T1、T2、T3),实验前各等级茶叶用锡纸袋密封包装,置于-4 ℃贮藏。仪器:PEN 3型便携式电子鼻由德国Ai

融合基因的分类

根据构成融合基因的种类,可以将融合基因分为四大类:(1)由报告基因和功能基因构成的融合基因。常用的报告基因有:GFP(绿色荧光蛋白)基因、GUS基因、LacZ基因和Luciferasese(虫荧光素酶)基因等,主要目的是对功能基因进行示踪,研究其功能及特性。 (2)由信号肽或单体蛋白的序列与功能基因

融合蛋白技术简介

在基因操作中,对一些分子数小的多肽基因常采用融合的方法与某一基因(如lac)相连,二者之间接上某一酶(如凝血酶)的切口,以增加在体内表达后产物的稳定性,也有的故意使两个分子串连融合以提高疗效,如IL-3与GM-CSF。也有与分泌性蛋白的信号肽基因组成融合基因,以使表达产物分泌到膜外或胞外。融合蛋白技

融合基因的概念

融合基因是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等)控制之下,构成的嵌合基因。

何谓融合成像

医学图像的配准和融合是医学图像处理的一个新的领域,其目的是为医生提供更多的诊断信息。本文介绍了五种融合显示的方法,有插入像素式融合显示算法、独立通道融合显示算法、图层融合显示算法、边缘融合显示算法以及基于小波变换的融合显示算法。

融合蛋白的概念

融合蛋白(fusion protein)有两种不同的含义,一种是通过DNA重组技术得到的两个基因重组后的表达产物,另一种是介导两个细胞质膜融合的一组蛋白,如在仙台病毒脂双层外侧小叶中含有的两种糖蛋白之一,介导病毒被膜与宿主细胞质膜的融合作用。另一种糖蛋白是血细胞凝集素神经酰胺酶。 两个不同的蛋白质既

融合蛋白的定义

融合蛋白(fusion protein)有两种不同的含义,一种是通过DNA重组技术得到的两个基因重组后的表达产物,另一种是介导两个细胞质膜融合的一组蛋白,如在仙台病毒脂双层外侧小叶中含有的两种糖蛋白之一,介导病毒被膜与宿主细胞质膜的融合作用。另一种糖蛋白是血细胞凝集素神经酰胺酶。 两个不同的蛋白质既

什么是融合基因?

所谓融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连.置于同一套调控序列(包括启动子、增 强子、核糖体结合序列、终止子等)控制之下,构成的嵌合基因。

融合蛋白的定义

融合蛋白(fusion protein)有两种不同的含义,一种是通过DNA重组技术得到的两个基因重组后的表达产物,另一种是介导两个细胞质膜融合的一组蛋白,如在仙台病毒脂双层外侧小叶中含有的两种糖蛋白之一,介导病毒被膜与宿主细胞质膜的融合作用。另一种糖蛋白是血细胞凝集素神经酰胺酶。 两个不同的蛋白质既

同型融合的定义

中文名称同型融合英文名称homotypic fusion定  义来源于相同细胞器的小泡互相融合的现象。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞生理(二级学科)

融合生殖的定义

中文名称融合生殖英文名称syngamy定  义两个单倍体配子融合成二倍体合子的生殖方式。应用学科细胞生物学(一级学科),细胞分化与发育(二级学科)

融合基因的定义

所谓融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连.置于同一套调控序列(包括启动子、增 强子、核糖体结合序列、终止子等)控制之下,构成的嵌合基因。