一个样本两种结果微生物组分析靠谱吗？
微生物组的研究正在如火如荼地进行中。微生物组与各种各样的疾病状态相关联，甚至被分为各种类型（enterotype）。然而，哈佛医学院的一名博士后Tami Lieberman最近在博客中质疑了微生物组分型的想法。她怀疑偶然一次的微生物组分析究竟能获得什么。 Lieberman在攻读博士阶段研究的是细菌在感染过程中如何进化。她想更好地了解它们如何获得抗生素耐药性，以及它们在人体内生存时还需要适应什么。一想到人体内有这种看不见的进化过程，她觉得很有意思。几年前，她在23andme分析了基因组，而这一次，她打算了解微生物组。 于是，Lieberman购买了两个试剂盒，一个是来自American Gut，另一个是来自uBiome。她利用它们来收集肠道微生物组的样本，想看看两个供应商的结果有何不同，以及单个粪便样本有何差异。她利用拭子采集了同一个粪便样本，并寄给两家公司（Sample 1）；同时她又采集了这个样本的另一部分，将第二个......阅读全文
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体（exosome）是活细胞分泌的30-200nm的囊泡，在电镜下具有非常明显单层膜结构，通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体，经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体，
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究，所以在样本冻存前至少10分钟，将异戊烷和液氮浴准备好（之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻，是因为液氮沸点比较低，直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴，导致不同区域降温不同步而改变内部形态，甚至组织碎裂）。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
代谢组学样本收集答疑解惑
样本收集是代谢组学研究的第一步，是保障代谢组学研究结果可靠性的最重要的环节之一。根据不同的研究目的该选取何种生物样本？不同种类的生物样本的规范收集流程是什么？有哪些注意事项（抗凝剂、冻融、抑菌剂等使用细节）？如何保存生物样本？可保存多久等等？这些都是代谢组学实验中小伙伴经常咨询的问题，本文将针对
病原微生物样本的采集
传染病实验室诊断、传染源调查、自然疫源地监测、流行病学调查研究，都以检出特定的病原微生物或其相关物质为目的。这类样本来源主要是人和宿主动物、媒介昆虫，也包括水、土壤、食品等样本供调查传染源。1、病原微生物样本采集的一般注意事项1）针对性：不要求样品代表性，强调针对性，尽可能采集病原微生物含量最多的部
卫生指标微生物样本的采集
1、卫生指标微生物样本采集的一般注意事项1）代表性：采样量、采样部位应依据检样归属类别的标准要求执行，注意采用随机抽样法，并按批号抽样。2）均匀性：固体粉末样品应边取边混合；液体样品应振荡混匀；涂抹取样的棉拭子应将棉拭子尾部剪断，投入稀释液内充分振荡后，作为原液检样。3）及时性：为避免样品变质和样品
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
“豹纹”岩芯样本或为火星远古微生物新证据
美国航天局官网日前发布消息说，美国“毅力”号火星车近日在火星耶泽罗陨石坑附近采集到一块带有“豹纹”的独特红色岩芯样本。科学团队初步分析认为，这种“豹纹”可能表明火星远古时期曾存在微生物。本月21日，“毅力”号火星车在探索火星内雷特瓦河谷北部边缘时采集到这块箭头形状的岩芯。它是“毅力”号采集到的第22
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。 人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等
Nature：揭秘地球微生物组计划
地球微生物组计划（Earth Microbiome Project）的目标是尽可能多地对地球微生物群落进行取样，以便促进人们对微生物及其与包括植物、动物和人类在内的环境之间的关系的理解。这一任务需要来自世界各地的科学家的帮助。到目前为止，这一计划已覆盖了从北极到南极的七大洲和43个国家，而且有超
国际人类微生物组联盟启动
经过近3年的酝酿和筹备，以解析人类共生微生物与健康关系为目标的国际人类微生物组联盟(IHMC)近日在德国海德堡宣布成立。来自美国国立卫生研究院(NIH)、欧盟委员会，以及中国、日本等9个国家的科学家出席成立大会并交流了各自的计划和进展。 基因与环境相互作用决定人体健康，目前大量的研究都集中在分析人
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起
Nature聚焦微生物组的家
人体内充满了微小的微生物，这些成百上千的细菌物种被统称为微生物组(microbiome)，人们认为它们有助于人体的健康与生存。胃肠道，尤其是结肠是最高密度和最高多样性细菌物种的家园。然而由于食物和流体的通过，这一系统不断发生变化，这些生物体是如何能够存留于其中并旺盛生长的呢? 由加州理工大
后微生物组时代－首次发现人体特有的病毒组
我们人体中的病毒会影响微生物群体的结构和行为，但是关于身体许多区域的噬菌体，也就是感染细菌的病毒，科学家们所知甚少。近期一组研究人员发现，在膀胱中整合进细菌基因组的是噬菌体要比细菌本身多得多，这项出乎人意料的研究发现公布在1月29日的the Journal of Bacteriology杂志上。
美推出国家微生物组计划
美国政府日前发起一项新的努力，研究在人体和整个生态系统中茁壮成长的数量巨大且大部分不可见的微生物组，旨在推进对微生物世界的认知，从而在卫生保健、食品生产和环境恢复等领域有所应用。 白宫发表的一份声明指出，多年来，美国政府一直在微生物组领域投资，且近年来力度不断增加。2014财年的联邦投资是20
中国微生物组研究期待新突破
在这个广袤的世界上，存在无数各种各样的微生物，但我们对微生物了解很少，甚至不知道在我们周围有什么样的微生物。世界上所有的哺乳动物和鸟类，几乎已经全部被认知，而我们认知的微生物还不到1%。要知道，我们每个人体内都有大量微生物，一个100斤重的人，体内大约有1.5斤的微生物，它们在我们体内发挥着什么作用
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
人类微生物组影响健康机制揭秘
英国《自然》杂志8月31日发表的一篇生物学论文称，美国科学家发现，肠道菌群会产生名为N-酰基酰胺的小型有机复合物，它们与受体相互作用，参与人体生理的包括免疫等各方面活动，而这正是人类微生物组影响生理健康的背后机制。 科学家已经意识到，人类基因组并不能完全解释人类疾病与健康的关键问题，因为人类对
Nature：皮肤微生物组与免疫应答
皮肤是机体和环境接触的主要界面，也是无数微生物的家园，这些微生物组成的复杂生态系统被称为皮肤微生物组。 美国国立过敏与传染病研究所（NIAID）领衔的研究团队，在一月五日的Nature杂志上发表文章指出，皮肤微生物组能够显著影响机体的免疫力。 皮肤上共生的微生物群体有着很高的多样性，这个群体
中国微生物组计划：机遇与挑战
微生物组是指一个特定环境或者生态系统中全部微生物及其遗传信息，包括其细胞群体和数量、全部遗传物质（基因组），它界定了涵盖微生物群及其全部遗传与生理功能，其内涵包括了微生物与其环境和宿主的相互作用。微生物组学是一个崭新的学科，微生物组研究取得的成果，必将为国家经济社会发展、人类生活质量改善提供源源
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
用于微生物组研究的人造肠道
微生物存在于人体、植物、土壤、海洋等各种环境中，这些微生物群落的集合被称为微生物组。近年来，微生物组研究成为一个热门，去年10月份，Science和Nature两大期刊同时发文，倡议开展浩大的微生物组研究，以理解和利用微生物组——栖息在多种多样生态系统（如人类肠道和海洋）的微生物群落，来改善人类
Nat－Commun：微生物组的可靠“时钟”
尽管人类微生物组在过去几年中受到了人们的广泛关注，但一直以来难以观察其在各种刺激下随时间变化的情况。最常见的分析方法是从粪便样本中提取细菌，然后对它们的基因组进行测序，但是这种方法会丢失肠道中细菌的位置和时间等关键信息。 如今，来自哈佛大学的研究人员创建的一种新工具提供了解决此问题的方法，他们
肠道微生物组进展一览
本期为大家带来的是肠道微生物相关领域的研究进展，希望读者朋友们能够喜欢。 1. Nutrition Reviews：饮食对肠道菌群的影响 DOI: 10.1093/nutrit/nuz106 根据乔治华盛顿大学（GW）和美国国家标准研究院（National Institute of Sta
肠道细胞利用microRNAs控制微生物组
生物学前沿之一就是谈论操纵我们的肠道微生物组（microbiome）。这听起来像一个大胆的想法，但它看起来像是我们可能一直就在修改我们的微生物组，甚至都没有意识到这一点。一篇新的来自美国哈佛大学医学院的Howard Weiner、Shirong Liu及其研究团队的论文提示着
做代谢组学检测的血液样本怎么采集与前处理
采集：由于生物样本通常采用组内平行样本，不可避免的会由于时间、环境等因素产生“个体差异”，所以在采集动物血液时需要使用麻醉剂以减少采血过程中动物的疼痛感、不适感、创伤性，以减小应激反应造成的代谢物的变化、尽量缩短采集时间、保持一致的采集部位等细节问题；另外也考虑到样本采集或制备的原则和易实现性，操作
从鼠尾或其他小样本中制备基因组DNA
这一简单的实验方案在成百上千的实验室被广泛应用于转基因或基因剔除小鼠的基因型鉴定以及从小量培养的细胞或组织块中提取 DNA。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方法原理这一简单的实验方案在成百上千的实验室被广泛应用于转基因或基因剔除小鼠的基因型鉴定以及从小量培养的细胞或组织块中提取
从鼠尾或其他小样本中制备基因组DNA
实验方法原理 这一简单的实验方案在成百上千的实验室被广泛应用于转基因或基因剔除小鼠的基因型鉴定以及从小量培养的细胞或组织块中提取 DNA。 实验材料 蛋白
从鼠尾或其他小样本中制备基因组DNA
实验方法原理 这一简单的实验方案在成百上千的实验室被广泛应用于转基因或基因剔除小鼠的基因型鉴定以及从小量培养的细胞或组织块中提取 DNA。实验材料 蛋白酶 K培养的细胞鼠尾或小鼠组织试剂、试剂盒 乙醇异丙醇酚氯仿异戊醇磷酸盐缓冲溶液SNETTE仪器、耗材 Sorvall 离心机及 H1000B、SH
质谱技术在临床微生物样本直接检测中的应用
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)是20世纪80年代发展起来的一种新型软电离有机质谱, 作为一种新兴的蛋白