中国洞穴鱼类金线鲃全基因组成功解译
2016年1月4日，BMC Biology 在线发表了该杂志新年开篇的第一篇论文——来自中国的洞穴鱼类金线鲃全基因组研究。该研究主要由中国科学院昆明动物研究所研究员杨君兴团队和深圳华大基因研究院教授石琼团队合作完成。 洞穴生物是地球上最为神秘的生物类群之一，它们长期生活于黑暗无光的洞穴深处，由于难于接近而不被人类熟知，但洞穴生物却是研究生物在极端环境下生存适应的绝佳素材。中国西南是世界著名的喀斯特地区之一，这里既有风光旖旎的地面风光，更有神秘莫测的地下景致。在这片平静的土地上蕴含着上下交错的复杂水网，孕育出十分丰富的洞穴鱼类资源。一些典型的洞穴鱼类通常具有十分独特的形态特征，如全身透明、眼睛退化、触须伸长，使得其如外星生物一般神秘而可爱。以往的调查表明，中国是世界上典型洞穴鱼类分布最多的国家，而且还有大量的新物种未被发现，中国西南喀斯特地区是一个全新的生物多样性热点地区。但是，与传统的洞穴模式生物墨西哥丽脂鲤（Astyan......阅读全文
中国洞穴鱼类金线鲃全基因组成功解译
2016年1月4日，BMC Biology 在线发表了该杂志新年开篇的第一篇论文——来自中国的洞穴鱼类金线鲃全基因组研究。该研究主要由中国科学院昆明动物研究所研究员杨君兴团队和深圳华大基因研究院教授石琼团队合作完成。 洞穴生物是地球上最为神秘的生物类群之一，它们长期生活于黑暗无光的洞穴深处，由
动物所等关于洞穴金线鲃眼睛转录组进化研究获进展
洞穴鱼类在黑暗条件下长期生存，演化出许多独特的适应性特征，如眼睛和色素缺失。近年来，科学家利用洞穴鱼类墨西哥丽脂鲤(Astyanax mexicanus)作为模式物种，开展了大量的针对洞穴动物特征进化发育的实验研究。相对于地表生活的丽脂鲤，洞穴丽脂鲤的Shh基因及其信号通路其他成员在胚胎发育
昆明动物所放流牛栏江滇池金线鲃2.3万尾
9月28日下午，中国科学院昆明动物所杨君兴研究员课题组研究繁育的2.3万尾滇池金线鲃苗种在云南省沾益县德泽乡德泽水库库区放归牛栏江。 牛栏江—滇池补水工程是一项水资源综合利用工程，作为滇池流域水环境综合治理6大工程措施的关键性工程。根据国家环境保护部《关于牛栏江-滇池补水工程环境影响报告书
一洞一新种：救救喀斯特洞穴生物
拥有典型喀斯特地貌的桂林，山水闻名于天下。当人们游览那些天然喀斯特洞穴时，可曾想到伸手不见五指的岩洞中，竟然也拥有着丰富、多样而独特的生物群落。 然而，我国西南地区喀斯特洞穴的生物多样性正受到严重威胁。 近日，《科学》杂志在线发表题为“保护中国喀斯特洞穴生境”的评述文章，呼吁重视喀斯特洞穴的
深藏黑暗1100万年，洞穴鱼类何时开始失去眼睛？
身形细小的盲眼洞穴鱼栖息于美国东部各处的地下水域。在一项新研究中，耶鲁大学研究人员揭示了这些独特穴居生物的进化奥秘，并开创了一种测定其栖息地下生态系统年代的特殊方法。通过对所有已知盲眼洞穴鱼物种的基因组分析，研究人员发现不同物种独立定居洞穴系统，并在适应黑暗洞穴环境时演化出相似特征，包括眼睛和色素的
昆明动物所在Science上发表干旱对洞穴生物影响的文章
在4月19日的Science杂志上，中国科学院昆明动物研究所杨君兴研究团队与野生动植物保护国际 (Fauna & Flora International) Tony Whitten博士一起，发表了题为Drought and China’s cave species的Letter文章，指出
全基因组测序可作为一线诊断工具
近日，一项涉及54个国家1000个家庭的研究表明，全基因组测序对未确诊疾病的诊断率比经典遗传诊断方法还高。科学家们呼吁将全基因组测序作为未确诊疾病的一线诊断工具，以给患者带来更好的医疗护理。相关结果以《Clinical exome sequencing: results from 2819 sa
真骨鱼类全基因组加倍后重复基因进化研究引起关注
基因和基因组加倍在进化过程中起了重要作用。1970年，Ohno提出脊椎动物进化早期的两次基因组加倍导致了脊椎动物基因组大小和复杂性的增加，同时也为脊椎动物的进化多样性提供了基础。大量的比较基因组学研究显示，真骨鱼类还经历了第三次基因组加倍，这一加倍被称为鱼类特有的基因组加倍。然而，在物种形成过程
“基于全基因组信息的鱼类遗传选育”课题取得丰硕成果
我国拥有300多万平方千米的蓝色国土，海洋空间资源、水体资源和生物资源蕴藏量巨大，具有广阔的开发潜力。“十二五”期间，863计划现代农业技术领域设置了“海水养殖种子工程”重大项目以支持我国海水养殖业科研和产业发展。为适应迅猛发展的基因组学发展趋势，抢占基因组选择育种战略制高点，项目设置了“基于全
昆明动物所在李仙江流域回放土著鱼类1.7万尾
：昆明动物研究所发布时间：2012-07-18【字号： 小 中 大 】 7月17日下午，中国科学院昆明动物研究所杨君兴课题组研究繁育的1.1万尾软鳍新光唇鱼和0.6万尾暗色唇鱼苗种在云南墨江居甫渡电站库区放归李仙江流域。 此次放流活动是昆明动物所继大头鲤、滇池金线鲃成功回放后，成功实
刘少军教授团队揭示了人工异源四倍体鱼基因组
9月14日，中国工程院院士、湖南师范大学省部共建淡水鱼类发育生物学国家重点实验室主任刘少军教授团队在《BMC生物学》（BMC Biology）上在线发表论文，揭示了人工异源四倍体鱼的基因组。刘少军为通讯作者，湖南师范大学副教授任力、高鑫博士、崔佳琳博士、张纯教授和北京百迈客生物科技有限公司戴鹤为该文
解析真骨鱼类基因组解析鱼类恒温起源之谜
在脊椎动物的进化过程中，温度对生命体的生理活动具有重要的调节作用。陆地上的鸟类和哺乳类能够适应各种生境，其恒温能力功不可没。相比陆生环境，水生环境的生物获得恒温能力更为艰难，它们必须面对水体高比热，热量易丢失的挑战。然而，根据观测，至少有40种鱼类克服了这些困难，具备类似于哺乳动物和鸟类的恒温能
我国完成首个鱼类基因组测序项目
记者8月5日从深圳华大基因研究院获悉，中国水产科学研究院黄海水产研究所和深圳华大基因研究院已联合完成半滑舌鳎全基因组测序和组装，绘制了半滑舌鳎全基因组序列图谱。这是我国完成的第一个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱，使半滑舌鳎成为世界上第一个测定了全基因组序列的鲽形目鱼类。 据了解
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
高原鱼类进化与功能基因组学科组
青海湖裸鲤（Gymnocypris przewalskii），隶属于鲤科裂腹鱼亚科，是国家二级保护动物，仅分布于典型高原咸水湖泊—青海湖中，是维持青海湖“水-鸟-鱼”生态链稳定的核心物种。青海湖裸鲤是鲤科鱼类中唯一一种适应青海湖高盐碱水环境的自然群体，是研究高原鱼类适应进化的良好素材。青海湖裸鲤
“活化石”鱼类基因组演化研究获进展
“活化石”鱼类，指在漫长的地质历史中，保持着极为古老且形态特征稳定的物种，如矛尾鱼、肺鱼、雀鳝等。这些谱系通常经历了数亿年的演化，但其形态、生态甚至基因组结构却变化缓慢，展现出远低于大多数现代鱼类的演化速率。因此，它们保留了大量来自地质历史深处的生物学信息，是探索鱼类多样化进程、脊椎动物关键演化创新
珀金埃尔默超推出快速全基因组测序，5天内出结果
珀金埃尔默推出了超快速的全基因组测序服务，该服务可在五天内为医生提供结果，以帮助他们管理和改善新生儿和儿科重症监护病房患者的预后。 这家总部位于马萨诸塞州沃尔瑟姆的公司表示，这项服务通过 PerkinElmer Genomics 提供，使用干血样本进行表型驱动分析，平均覆盖患者基因组的 40 倍
这一新物种，在广西被发现
近日，我国科研人员在广西壮族自治区崇左市龙州县地下溶洞采集鱼类样本时，发现了一种白色盲鱼，基于形态学和分子系统生物学研究结果，确认该鱼类为新物种，并将其命名为“龙州中华喀鳅”。相关研究成果发表在国际学术期刊《动物系统学与演化》上。 “根据目前采集到的样本，龙州中华喀鳅眼睛已彻底消失或仅残存一个
虎尾海马全基因组破译
中科院南海海洋研究所、德国康斯坦茨大学、华大基因和新加坡A*STAR研究院联合破译了虎尾海马的全基因组。有关研究成果日前以封面文章的形式发表在《自然》杂志上。 海马隶属于海龙科。与其他硬骨鱼不同，海马呈现高度特殊的形态，例如头部前方具有管状长嘴，无腹鳍和尾鳍，尾端卷曲，全身覆盖硬骨骼，没有鳞片
全基因组扩增技术介绍
研究人员通常会在下游分析中遭遇DNA样本量有限或不足的问题。QIAGEN的全基因组扩增技术通过以包括单细胞在内的小量样本或珍贵样本扩增获得基因组DNA，解决此类难题。REPLI-g Kit能够准确地复制原始DNA样本，不会造成偏差，扩增后的DNA可以直接应用于广泛的遗传学分析。什么是全基因组扩增(w
人类全基因组测序计划
全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人类基因组测序的科学家之一。他认为如果能够知道所有人类基因的序列，对癌症的研究将会很有帮助。美国能源部（DOE）与美国国家卫生研究院（NIH），分别在1986年与1987年加入人类基
武汉植物园等在金豆的叶绿体全基因组解析研究中获进展
金豆【Fortunella venosa（Champ. ex Benth.） C.C.Huang】是芸香科中一种多年生常绿灌木。此物种为我国特有，分布区域与金柑【《中国植物志》 Fortunella hindsii （Champ. ex Hook.） Swingle】略有重叠，且范围狭窄，主要分
金线莲林下仿生栽培大有可为
金线莲属兰科开唇兰属植物，是我国传统的珍贵药材，民间常用其治疗乙型肝炎、糖尿病、高血压、风湿、肾炎等疾病，素有“药王”、“金草”、“神药”等美称。随着营养成分、药用价值不断被大众所熟知，市场需求不断增加，野生金线莲遭到人为的大量掠夺性采摘，接近灭绝。由于金线莲自然繁殖低、生长缓慢，单纯依靠野生资
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
水生所模式鱼类基因组大小的演化研究取得进展
基因组大小，是指一个基因组中所拥有的DNA含量，是生物进化中最基本的、同时也是最复杂的遗传特征之一。例如，生物的复杂度并不与基因组大小有显著相关，即C值悖论。作为模式物种的红旗东方鲀和斑点绿河鲀是目前已知的具有最小基因组大小的脊椎动物（
全基因组研究解码口吃根源
口吃跨越不同语言和血统，影响着全球约7000万人。过去，许多人认为口吃能够通过自主控制来改善。但数十年来的研究表明，口吃实际上是一种高度遗传的不可控疾病，其原因复杂且模糊。而一项7月28日发表于《自然-遗传学》上的研究让口吃的部分原因变得清晰。 研究人员利用基因检测服务公司23andMe的庞大
昆虫全基因组DNA的提取
实验概要利用改进的CTAB 法提取昆虫全基因组DNA。主要试剂1. 蛋白酶K[美国Merck公司]2. 三羟甲基氨基甲烷(Tris)[美国Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 琼脂糖及溴化乙锭(EB)[美国Amresco公司生产]5. 乙二胺四乙酸钠(Na2ED
全基因组测序的诊断价值
根据《Nature Genetics》上发表的一项新成果，全基因组测序有望用于临床上的遗传病诊断。这项研究评估了影响全基因组测序在临床诊断中取得成功的因素。 这个国际研究小组由英国的研究人员领导，对156个病例或家庭开展了临床基因组测序。这些病例有着遗传疾病的特征，但无法通过之前的筛查检测来解
全基因组测序各步骤工具
全基因组测序（WGS）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。基因组的深度测序对于临床研究的意义重大，解读WGS数据并了解基因组突变在健康和疾病中的重要性是精准医疗的基石。WGS分析流程能分为三大块，数据处理、检测变异和综合分析，具体如下图所示：由于WGS现在已经非常成熟了，
全血基因组提取操作步骤
操作步骤（（２００ul全血））* 第一次使用前请先在15ml漂洗液WB中加入60ml无水乙醇! 1. 取200ul新鲜、冷冻或加入各种抗凝剂的血液，放入1.5ml离心管。对如果全血起始量小于200μl，则用缓冲液BB补足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之间，则后续操作需要按照比例增