中国学者发表NatureMethods综述:表观转录组分析新技术

12月29日的Nature Methods杂志公布了2016年度技术:Epitranscriptome analysis(表观转录组分析),来自北京大学生命科学学院的伊成器研究员受邀发表了题为“Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications”的综述,介绍了真核生物mRNA上已知的几种主要修饰的检测技术,并对目前表观转录组分析技术存在的挑战及未来的发展方向进行了展望。 伊成器早年毕业于中国科学技术大学化学系,2012年入选“青年千人计划”,今年荣获了国家自然科学基金委优秀青年科学基金项目。其研究组主要致力于DNA/RNA修饰及去修饰的生物学通路、功能和机制研究。去年这一研究组也在Nature Methods发文,报道了一种通过化学标记和富集手段,首次实现了免亚硫酸氢盐处理(bisulfite-free)的5-醛基胞嘧啶(5fC)单碱基分......阅读全文

中国学者发表Nature-Methods综述:表观转录组分析新技术

  12月29日的Nature Methods杂志公布了2016年度技术:Epitranscriptome analysis(表观转录组分析),来自北京大学生命科学学院的伊成器研究员受邀发表了题为“Epitranscriptome sequencing technologies: decoding

中国学者Nature-Biotechnology发表蛋白质组学分析新技术

  来自中科院计算技术研究所的研究人员发表了题为“Comprehensive identification of peptides in tandem mass spectra using an efficient open search engine”的文章,公布了新一代开放式搜索算法Open-p

华人学者Nature-Methods发表超强测序分析工具

  拷贝数变异在癌症中起到了重要的作用,但要把它们一一找出来并不是一件容易的事。St. Jude儿童研究医院的科学家们在五月四日的Nature Methods杂志上介绍了一种强大的测序分析工具,CONSERTING。该软件能在二代全基因组测序时非常准确的鉴定拷贝数变异,而且已经免费对全世界的研究者们

华人学者Nature-Methods发表CRISPR新工具

  基因网络指导着细胞的正常功能,这个网络受到干扰就可能引发疾病。动态操纵转录组的能力对于研究基因网络的作用机制非常重要。斯坦福大学的研究人员在CRISPR–dCas9的基础上实现了可诱导的复杂转录调节,这项研究发表在十月二十四日的Nature Methods杂志上,文章通讯作者是斯坦福大学的华人学

中科院学者Nature-Protocols:空间转录组测序新技术

  在真核细胞中,转录组的空间组织已经成为调节RNA转录后命运的一种有力手段,但是一般研究采用的是原位杂交或者原位的荧光染色,这项技术操作困难且通量低。近期来自中科院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室等处的研究人员作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法:G

中科院学者发表Nature免疫学综述

  细胞膜又称细胞质膜,是细胞表面不可或缺的一层半透膜。这种结构将细胞内部与外环境隔离开,同时允许必要的信号和物质交换。质膜主要由蛋白质(占60%-80%)、类脂(占20%-40%)和碳水化合物(5%)组成,碳水化合物分布在类脂和蛋白质之间。  人们在很久以前就已经认识到了质膜的脂质复杂性。脂质组学

突破性单细胞表观基因组与转录组分析新技术

  由英国及比利时的研究人员开发出的一种新方法,使得在单细胞中同时研究表观基因组及转录组成为可能。发布在《自然方法》(Nature Methods)上的实验方案,可帮助科学家们精确描绘出DNA甲基化改变与基因表达之间的关系。  近年来单细胞测序技术发展迅速,被广泛用于研究细胞间的基因表达谱(转录组)

北京大学Nature子刊发布表观遗传新成果

  来自北京大学的研究人员报告称,他们通过全转录组绘图揭示出了可逆及动态的N1甲基腺苷(N1 methyladenosine,m1A)甲基化组。这一重要的研究成果发布在2月10日的《自然化学生物学》(Nature Chemical Biology)杂志上。  北京大学生命科学学院伊成器(Chengq

华裔牛人Nature-Methods发布基因组编辑优化新技术

  来自哈佛大学、麻省总医院的研究人员开发出了一项能推动基因组工程领域的新技术。这一技术可显著提高科学家们靶向特定缺陷基因,然后“编辑”它们,用健康DNA替代这一受损遗传密码的能力。这一重要的研究成果发布在《自然方法》(Nature Methods)。  论文的通讯作者是哈佛大学化学及化学生物学教授

知名学者鲁白发表Nature综述解析关键因子

  早年毕业于华东师范大学的鲁白教授是著名华裔神经生物学家,他的主要研究兴趣涵盖了神经科学与神经,精神疾病、模式动物、发育生物学、遗传学与人类基因组研究等方面,鲁白教授在这些方面有多项重要发现。   近期鲁白研究组发表了题为“BDNF-based synaptic repair as a dise

华人学者Nature子刊:人类转录组跨平台靶向分析

  来自普林斯顿大学等处的研究人员发表了题为“Targeted exploration and analysis of large cross-platform human transcriptomic compendia”的文章,公布了一种新研发的针对转录组数据的搜索引擎,利用这一平台,研究人员可

Nature-Methods发表论文报道5醛基胞嘧啶测序新技术

  2015年9月7日,北京大学生命科学学院伊成器研究组在《Nature Methods》杂志在线发表题为“Bisulfite-free, base-resolution analysis of 5-formylcytosine at the genome scale”的研究论文(DOI: 10.1

Nature-Aging:揭示调控灵长类器官衰老的表观转录组机制

m6A是目前已知的真核细胞mRNA上最常见的一类化学修饰,其建立、读取和擦除分别受到相应甲基化酶(writer)、结合蛋白(reader)以及去甲基化酶(eraser)的动态可逆调控。研究表明,m6A能够通过调节mRNA的剪接、出核、稳定性以及翻译等生命周期活动,参与调控机体的诸多生理或病理进程,包

施扬、何川教授发表Nature综述:新表观遗传学标记

  N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenine,6mA)是一种广泛存在于原核生物的甲基化修饰碱基,主要在宿主防御系统中起作用。最近科学家们发现,6mA在真核生物中也比较普遍,而且承担着重要的生物学功能。  哈佛大学的施扬(Yang Shi)教授和芝加哥大学的何川(Chuan He)教授日前在

华人学者Nature-Methods揭示RNA甲基化的复杂性

  在分子生物学的中心法则中,遗传信息从DNA、RNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰,这些修饰可以调控基因的表达,并由此决定细胞的状态,影响细胞的分化和发育。近年来人们发现,mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。  N6-methyladenosine(m6A)是真

香港学者Nature综述:探讨大规模基因组研究

  近年来经常有人说我们进入了大数据时代,确实,2005年整个人类(据不完全统计)创造了150EB的数据,而在2010年,就达到了1200EB,在生命科学研究领域,随着新一代基因组测序技术的发展,近十年来大规模基因组测序研究越来越多,由此也积累出了庞大的数据群。   数据爆炸使科学的研究方法都落伍

Nature-Methods发布肿瘤综合检测新技术

  癌症是瑞士的第二大常见死亡原因。许多原因导致了在尖端医学时代仍然难以治愈这一疾病。例如,肿瘤有可能是由不同的肿瘤细胞亚群所构成,每个细胞亚群具有自身的特性,对治疗产生差异性的反应。并且,体内的癌细胞和健康细胞彼此通讯及互作。而随后肿瘤如何形成以及是否形成转移灶则取决于肿瘤细胞从环境中接收到的信号

Nature-methods发布单细胞测序新技术

  来自瑞典Ludwig癌症研究所及Karolinska研究所的研究人员,在最新一期(9月22日)的《自然方法》(Nature Methods)杂志上报告了一项获得重大改良的新技术,可以利用它来分析单细胞中的基因表达——这一性能与从基础研究到未来癌症诊断的一切事物均存在关联。   资深作者Ri

单细胞测序新技术:同时分析单个细胞的转录组和甲基...

单细胞测序新技术:同时分析单个细胞的转录组和甲基化组 单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而,由于细胞之间存在较大的差异,又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组,在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。 近日,加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授

中国学者Nature综述解析新追踪技术

  来自香港大学玛丽医院的研究人员发表了题为“The role of 3D wall motion tracking in heart failure”的综述文章,概况了一种新颖的影像学检查方法:3D室臂运动追踪技术在心脏衰竭疾病中的应用,指出这种新方法未来将在这一领域发挥越来越重要的作用,相关

中国学者Nature综述解析新追踪技术

  来自香港大学玛丽医院的研究人员发表了题为“The role of 3D wall motion tracking in heart failure”的综述文章,概况了一种新颖的影像学检查方法:3D室臂运动追踪技术在心脏衰竭疾病中的应用,指出这种新方法未来将在这一领域发挥越来越重要的作用,相关

Nature发表细胞代谢最新综述

  癌细胞一直处于细胞代谢研究的中心。尽管基质细胞和免疫细胞能对癌症、炎症和代谢疾病产生重要影响,但这些细胞并没有得到应有的重视。  鲁汶大学的科学家们在本期Nature杂志上发表了一篇综述,系统论述了基质细胞和免疫细胞在健康/疾病状态下的代谢变化,以及代谢对细胞分化和功能的决定机制。文章呼吁研究者

单细胞基因组,一个新时代的到来

  单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究最终一飞冲天。  2012年7月,Nature Biote

单细胞研究指南:细胞分离

  多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过,近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们,每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制,即使是同类型细胞,基因表达也会出现差异。  那么,细胞之间的哪些差异有生物学意义,哪些差异来自于技术偏好呢?要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢?这

研究开发表观组关联分析数据库

  近日,由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心开发的人类表观组关联分析数据库EWAS Data Hub正式上线。该项研究成果以EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata 为题在国际学术期刊《核

表观生物获Nature级RICseq技术成果转化授权!

    近日,表观生物与中科院生物物理研究所签订RIC-seq技术转让(ZL实施许可)协议,获得全球范围内实施RIC-seq技术成果转化的授权,为生命科学研究提供RIC-seq技术服务和RIC-seq建库试剂盒销售。  什么是RIC-seq?  RIC-seq是一项全球领先的原始创新技术,由中科院生

著名华裔学者发表最新癌症综述

  加州大学旧金山分校、Howard Hughes医学院(HHMI)的著名华裔科学家叶公杼(Lily Yeh Jan),在本期的《细胞生物学杂志》上发表了综述文章,探讨了癌症中的钾离子通道。  詹裕农(Yuh-Nung Jan) 叶公杼是著名的华裔科学家伉俪,1996年二人同时当选为美国科学院院士,

Nature-Methods发布CRISPR/Cas9新技术

  麻州大学医学院的科学家们开发出了一种新的CRISPR/Cas9技术,其可以精确地在几乎所有的基因组位点如外科手术般编辑DNA,同时避免标准CRISPR基因编辑技术中看见的一些潜在的有害脱靶改变。通过配对CRISPR/Cas9系统与一个可编程的DNA结合结构域(CRISPR/Cas9-pDBD),

Nature-Methods发布CRISPR新技术:CRISPRX

  斯坦福大学遗传学系,药理学系的几位学者合作,开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ,这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库,分析完善蛋白质工程。  这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上,文章的通讯作者是斯坦福大学Mi

中国学者Nature-Medicine发表新突破

  骨质疏松是一种系统性骨病,其特征是骨量下降和骨的微细结构破坏。骨质疏松患者的骨骼很脆,面临着更大的骨折危险,轻微创伤甚至无外伤都有可能引发骨折。骨质疏松症是一种多因素导致的慢性疾病。在骨折发生之前,通常没有特殊的临床表现。女性骨质疏松患者多于男性,常见于绝经后妇女和老年人。近年来,我国的骨质疏松