肽质量检索实验_基本方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念：(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的，通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被实验中所用水解试剂水解后产生的理论肽段的质量。(4) 用试验得到的肽质量与数据库中的肽质量计算值相匹配，计算得分或排序值。这种检索途径有一个明显的限制，就是被鉴定的蛋白质必须已经存在于序列数据库（翻译的核酸序列或蛋白序列数据库）。这一手段非常适用那些基因特性非常清楚的物种，特别是全基因组已知的物种（例如见 TIGR 数据库， http,//www. tigr. org/tdb), 亦用于那些已经建立详尽的蛋白质或 cDNA 序列数据库的物种。肽质量检索鉴定蛋白质方法的依据是实验中获得的蛋白质的多个肽段的质量数据与同蛋白质肽段质量计算值之间的相关性。因此，......阅读全文
肽质量检索实验_基本方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念：(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的，通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被实验中所用水解试剂水
肽质量检索实验_其他方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤用肽质量数据鉴定蛋白质所控制的实验参数中，最具决定性的参数是肽质量测量的精确度 。质量精确度越高，结果判定越可信。另一决定性参数是所用酶（或化学试剂）的专一性。酶越纯，专一性胞高，检索结果可信。常用的酶是胰蛋内酶。但是要注意的是，即便是高纯度的胰蛋白酶也会在非
肽质量检索实验
基本方案 其他方案 实验方法原理 实验材料 蛋白样品
肽质量检索实验
实验方法原理 实验材料 蛋白样品仪器、耗材 质谱仪实验步骤 鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念：(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的，通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被
未解析碎片离子的检索实验——基本方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤数据库同样可以检索一个单个肽段及其碎片离子的质量。肽段质量同它的碎片离子质量一起提供了非常具有鉴别力的判断标准，可用于在序列数据库中检索，包括由表达序列标签翻译的序列数据库（图 5.3) 。这一手段已被广泛用于凝胶分离蛋白质酶水斛后产生的肽段鉴定。肽段通常用上
未解析碎片离子的检索实验——方案优化
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤除了人工解析碎片离子谱外，还有两种基本检索手段用于匹配数据库中序列产生的碎片离子谱。第一种方法依靠人工解析部分谱图来鉴别某一特定系列 (b 或v) 离子的连续离子元素（例如鉴别出相互之间相差一个氨基酸残基质量的碎片离子），解析出部分序列信息，再结合以下参数：①
方案13－利用化学印刷法进行肽质量指纹图谱分析实验
实验材料细胞或所研究的蛋白质试剂、试剂盒ACTH 肽段样品变性缓冲液直接蓝-71等电聚焦平衡缓冲液碘乙酰胺基质缓冲液辛基-吡喃葡萄糖修饰的猪胰蛋白酶三丁基膦仪器、耗材离心机化学打印仪导电胶带湿盒固定化pH梯度胶条MALDI 板质谱仪NuPAGE离线扫描仪PVDF 膜实验步骤一、样品的 2DPAGE
核酸序列的检索实验
实验方法原理掌握核酸序列检索的操作方法；熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义；了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义；熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；实验材料电脑仪器、耗材笔记本笔实验步骤1. 使用Entrez信息查询系统检索核酸序列BC0608
未解析碎片离子的检索实验
实验方法原理 实验材料 蛋白样品仪器、耗材 质谱仪实验步骤 数据库同样可以检索一个单个肽段及其碎片离子的质量。肽段质量同它的碎片离子质量一起提供了非常具有鉴别力的判断标准，可用于在序列数据库中检索，包括由表达序列标签翻译的序列数据库（图 5.3) 。这一手段已被广泛用于凝胶分离蛋白质酶水斛后产生
未解析碎片离子的检索实验
基本方案 方案优化 实验方法原理 实验材料 蛋白样品
方案15标准条件下肽段的反相－HPLC实验
实验材料通过蛋白质消化得到的肽段混合物试剂、试剂盒乙腈去离子水蛋白质标准品三氟乙酸（TFAHPLC级）仪器、耗材HPLC 层析系统带帽的聚丙烯试管反相层析柱实验步骤展开
免疫沉淀实验——基本方案
经典的免疫沉淀是可溶性抗原与其抗体产生可见沉淀反应的血清学试验。后来发展为抗原抗体结合后，用固相化的蛋白A或蛋白G小珠等来吸附分离抗原抗体复合体，达到检测微量抗原或抗体的目的。实验材料蛋白质试剂、试剂盒裂解缓冲液稀释缓冲液SDSTrisTSA仪器、耗材转子离心机实验步骤1. 表面标记或生物合成标记
定点诱变实验——基本方案
定点突变是指通过聚合酶链式反应（PCR）等方法向目的DNA片段（可以是基因组，也可以是质粒）中引入所需变化（通常是表征有利方向的变化），包括碱基的添加、删除、点突变等。定点突变能迅速、高效的提高DNA所表达的目的蛋白的性状及表征，是基因研究工作中一种非常有用的手段。实验材料DNA试剂、试剂盒TE寡核
MALDlMS实验_基本方案
实验方法原理线性 MALDI-MS：MALDI-MS质谱仪恐怕是概念上和设计上都最简单的质谱仪，分子（分析物）经 MALDI 方式离子化，离子的质荷比 (m/z）由飞行时间质分析器检测（见图 5,1) 。 测量的质量精确度与m/z有关， 25ku 以下可达到约 0.01%-0.05% 的精确度，到
离子交换层析实验——基本方案
离子交换层析（Ion Exchange Chromatography简称为IEC）是以离子交换剂为固定相，依据流动相中的组分离子与交换剂上的平衡离子进行可逆交换时的结合力大小的差别而进行分离的一种层析方法。实验材料蛋白质试剂、试剂盒离子交换缓冲液仪器、耗材离子交换层析柱梯度混合器电导表实验步骤1.
荧光原位杂交实验——基本方案
实验材料样品试剂、试剂盒DNA探针非同位素甲酰胺杂交混合液甲酰胺Triton X-100SSC仪器、耗材相差显微镜盖玻片水浴锅加湿盒滤光片荧光显微镜实验步骤1a. 石蜡切片或细胞的杂交：按石蜡切片或细胞的原位杂交实验的基本方案步骤1~7，对载玻片进行脱蜡、水化、 封闭和脱水处理。将标本晾干（或在干
YAC克隆的分析实验——基本方案
YAC带有天然染色体所有的功能元件，包括一个着丝粒，一个DNA复制起点，两个端粒。YAC能够容纳长达几百kb的外源DNA，这是质粒和黏粒办不到的。大片段的插入更有可能包含完整的基因，在染色体步移中每次允许更大的步移距离，同时能够减少完整基因组文库所需的克隆数目。实验材料酵母菌试剂、试剂盒AHCYPD
肽质量指纹图谱—MALDITOF－法鉴定蛋白质实验
实验材料测序级猪胰蛋白酶试剂、试剂盒碳酸氢铵碳酸氢铵缓冲液乙腈 碳酸氢铵缓冲液消化缓冲液仪器、耗材真空离心机烤箱实验步骤许多凝胶染色方法适用于后续的 MALDI-TOF 肽质量指纹图谱（PMF ) 分析。在第 14 章已经比较讨论了一些染色方法的性能和兼容性。3.1 胶内消化凝胶消化方法改编自 Je
肽质量指纹图谱—MALDITOF－法鉴定蛋白质实验
实验材料测序级猪胰蛋白酶 试剂、试剂盒碳酸氢铵 碳酸氢铵
氨基酸序列测定实验——基本方案
测定通过 SDS-PAGE 转移到 PVDF 膜上样品的氨基酸序列实验材料分离胶和积层胶溶液还原型谷胱甘肽干粉试剂、试剂盒4 × 凝胶缓冲液10 × 下槽缓冲液10 × 上槽缓冲液甲醇转移缓冲液0.1%（V／V）考马斯亮蓝的 50％甲醇溶液10％（V／V）乙酸的 50％甲醇溶液仪器、耗材微量注射器或
DNA片段的亚克隆实验——基本方案
所谓亚克隆就是对已经获得的目的DNA片段进行重新克隆，其目的在于对目的DNA进行进一步分析，或者进行重组改造等。亚克隆的基本过程包括：(1)目的DNA片段和载体的制备；(2)目的DNA片段和载体的连接；(3)连接产物的转化；(4)重组子筛选。实验材料DNA试剂、试剂盒CIPdNTPDNA聚合酶T4聚
方案13－胶内蛋白质的酶解和肽段提取实验
实验材料在二维凝胶电泳中分离的蛋白质试剂、试剂盒胶内胰酶消化缓冲液三氟乙酸（TFA)仪器、耗材冷冻干燥离心机小离心管水浴锅实验步骤1.切下凝胶上的蛋白质点，放人小离心管中。2.以 0.lmol/L NH4HCO3、50% 乙腈（用于胰酶）或 0.05mol/L Tris-HCl(PH9.3)、50%
肽的基本信息
一个氨基酸的氨基与另一个氨基酸的羧基可以缩合成肽，形成的酰胺基在蛋白质化学中称为肽键。氨基酸的分子最小，蛋白质最大，两个或以上的氨基酸脱水缩合形成若干个肽键从而组成一个肽链，多个肽链进行多级折叠就组成一个蛋白质分子。蛋白质有时也被称为“多肽”。二胜肽（简称二肽），就是由二个氨基酸组成的蛋白质片段。
用质谱数据对肽段从头测序实验
方案一 方案二 方案三 实验方法原理 单级质谱测序是分析肽段的阶梯序列，即相邻肽段间相差一个氨基酸残基，用质谱分析肽阶梯，通常用 MALD
肽质量指纹图谱—MALDITOF－法鉴定蛋白质实验（一）
实验材料 测序级猪胰蛋白酶试剂、试剂盒 碳酸氢铵碳酸氢铵缓冲液乙腈 碳酸氢铵缓冲液消化缓冲液仪器、耗材 真空离心机烤箱实验步骤 许多凝胶染色方法适用于后续的 MALDI-TOF 肽质量指纹图谱（PMF ) 分析。在第 14 章已经比较讨论了一些染色方法的性能和兼容性。3.1 胶内消化凝胶消化方法改编
肽质量指纹图谱—MALDITOF－法鉴定蛋白质实验（二）
1. 目标样本沉积 1 ) 经典干燥液滴法( 1 ) 半饱和氰基-4-羟基肉桂酸（约 5 mg/ml) 的配制：将 α-氰基-4-羟基苯甲酸溶解在 300 μl 1 : 1 乙腈/ TFA 溶 液（超声 10 min) 。离心几秒钟得到上清液。取 200 μl 上清液加到微量离心管中，并加入相同
单一同位素肽段质量和平均同位素肽段质量有什么不同？
单一同位素肽段质量（monoisotopic peptide mass）和平均同位素肽段质量（average peptide mass）有什么不同？组成蛋白质的原子在自然界中存在着不同比例的同位素（见下表）。所以含有这些同位素原子的肽段的质量比不含任何同位素的肽段的质量要大。不含任何同位素的肽段的质
酶切片断的脱磷实验基本方案
在对DNA片段的修饰中，脱磷酸化反应是一个重要内容,该反应有碱性磷酸化酶催化，该酶可使线状DNA上去除5'磷酸基团。实验材料DNA片段试剂、试剂盒碱性磷酸酶酚氯仿EDTASDSTE缓冲液电泳缓冲液NH4AC仪器、耗材离心机恒温设备真空干燥机取液器实验步骤1. 在实验四所得DNA限制性内切酶
变性凝胶电泳实验——基本方案
DNA序列测定的准确性很大程度取决于测序产物在变性聚丙烯酰胺凝胶上的分离度。一般说来，用于DNA测序的凝胶需要长40 cm，厚度均匀，含有4%~8%丙烯酰胺和7 mol/l 尿素。实验材料DNA试剂、试剂盒乙醇异丙醇二甲基二氯硅烷TEMED变性丙烯酰胺溶液SDS仪器、耗材电泳仪注射器巴斯德吸管干胶
哺乳动物组织的匀浆实验_基本方案
实验方法原理对于细胞内蛋白的纯化和特性分析，重要的是选择一种有效的方法来破碎细胞或组织，使蛋白迅速地从胞内相对隔离的空间中释放到缓冲液中，而该缓冲液应对所研究的蛋白的生物活性没有影响。广泛使用的破碎软组织的方法之一是匀浆。蛋白酶从其他的细胞区隔中释放出来的风险很小。可以通过在匀浆缓冲液中加人蛋白酶抑