肽质量检索实验_其他方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤用肽质量数据鉴定蛋白质所控制的实验参数中,最具决定性的参数是肽质量测量的精确度 。质量精确度越高,结果判定越可信。另一决定性参数是所用酶(或化学试剂)的专一性。酶越纯,专一性胞高,检索结果可信。常用的酶是胰蛋内酶。但是要注意的是,即便是高纯度的胰蛋白酶也会在非 Lys, 或 Arg 的氨基酸残基 C 端酶切(其后不是 Pro) 。所有蛋白酶都存在的问题是,如果蛋白序列中有 2个或更多个连续氨基酸残基是酶的切点,蛋白酶会对底物酶切小完全,留下漏切的位点和不完全的未端,许多检索程序把酶切的位点数目作为输入的一个检索参数。内切酶 LysC 是另一个具高度专一性的酶,此酶产生的自切产物比胰蛋白酶少,但同样也会有漏切位点,也会在非 Lys位点酶切(其后不是 Pro), 同样也要注意,不是所有的蛋白质,不论是否经凝胶分离,都适用于胰蛋白酶或其他专一性蛋白酶切,但是,凝胶分离的蛋白质。由于其处丁变性状态......阅读全文
肽质量检索实验_其他方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤用肽质量数据鉴定蛋白质所控制的实验参数中,最具决定性的参数是肽质量测量的精确度 。质量精确度越高,结果判定越可信。另一决定性参数是所用酶(或化学试剂)的专一性。酶越纯,专一性胞高,检索结果可信。常用的酶是胰蛋内酶。但是要注意的是,即便是高纯度的胰蛋白酶也会在非
肽质量检索实验_基本方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念:(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的,通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被实验中所用水解试剂水
肽质量检索实验
实验方法原理 实验材料 蛋白样品仪器、耗材 质谱仪实验步骤 鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念:(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的,通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被
肽质量检索实验
基本方案 其他方案 实验方法原理 实验材料 蛋白样品
未解析碎片离子的检索实验——方案优化
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤除了人工解析碎片离子谱外,还有两种基本检索手段用于匹配数据库中序列产生的碎片离子谱。第一种方法依靠人工解析部分谱图来鉴别某一特定系列 (b 或v) 离子的连续离子元素(例如鉴别出相互之间相差一个氨基酸残基质量的碎片离子),解析出部分序列信息,再结合以下参数:①
未解析碎片离子的检索实验——基本方案
实验材料蛋白样品仪器、耗材质谱仪实验步骤数据库同样可以检索一个单个肽段及其碎片离子的质量。肽段质量同它的碎片离子质量一起提供了非常具有鉴别力的判断标准,可用于在序列数据库中检索,包括由表达序列标签翻译的序列数据库(图 5.3) 。这一手段已被广泛用于凝胶分离蛋白质酶水斛后产生的肽段鉴定。肽段通常用上
方案13-利用化学印刷法进行肽质量指纹图谱分析实验
实验材料细胞或所研究的蛋白质试剂、试剂盒ACTH 肽段样品变性缓冲液直接蓝-71等电聚焦平衡缓冲液碘乙酰胺基质缓冲液辛基-吡喃葡萄糖修饰的猪胰蛋白酶三丁基膦仪器、耗材离心机化学打印仪导电胶带湿盒固定化pH梯度胶条MALDI 板质谱仪NuPAGE离线扫描仪PVDF 膜实验步骤一、样品的 2DPAGE
核酸序列的检索实验
实验方法原理掌握核酸序列检索的操作方法;熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义;了解EMBL数据库序列格式及其主要字段的含义;熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存;实验材料电脑仪器、耗材笔记本笔实验步骤1. 使用Entrez信息查询系统检索核酸序列BC0608
未解析碎片离子的检索实验
基本方案 方案优化 实验方法原理 实验材料 蛋白样品
未解析碎片离子的检索实验
实验方法原理 实验材料 蛋白样品仪器、耗材 质谱仪实验步骤 数据库同样可以检索一个单个肽段及其碎片离子的质量。肽段质量同它的碎片离子质量一起提供了非常具有鉴别力的判断标准,可用于在序列数据库中检索,包括由表达序列标签翻译的序列数据库(图 5.3) 。这一手段已被广泛用于凝胶分离蛋白质酶水斛后产生
方案15标准条件下肽段的反相-HPLC实验
实验材料通过蛋白质消化得到的肽段混合物试剂、试剂盒乙腈去离子水蛋白质标准品三氟乙酸(TFAHPLC级)仪器、耗材HPLC 层析系统带帽的聚丙烯试管反相层析柱实验步骤展开
肽质量指纹图谱—MALDITOF-法鉴定蛋白质实验
实验材料测序级猪胰蛋白酶 试剂、试剂盒碳酸氢铵 碳酸氢铵
肽质量指纹图谱—MALDITOF-法鉴定蛋白质实验
实验材料测序级猪胰蛋白酶试剂、试剂盒碳酸氢铵碳酸氢铵缓冲液乙腈 碳酸氢铵缓冲液消化缓冲液仪器、耗材真空离心机烤箱实验步骤许多凝胶染色方法适用于后续的 MALDI-TOF 肽质量指纹图谱(PMF ) 分析。在第 14 章已经比较讨论了一些染色方法的性能和兼容性。3.1 胶内消化凝胶消化方法改编自 Je
方案13-胶内蛋白质的酶解和肽段提取实验
实验材料在二维凝胶电泳中分离的蛋白质试剂、试剂盒胶内胰酶消化缓冲液三氟乙酸(TFA)仪器、耗材冷冻干燥离心机小离心管水浴锅实验步骤1.切下凝胶上的蛋白质点,放人小离心管中。2.以 0.lmol/L NH4HCO3、50% 乙腈(用于胰酶)或 0.05mol/L Tris-HCl(PH9.3)、50%
用质谱数据对肽段从头测序实验
方案一 方案二 方案三 实验方法原理 单级质谱测序是分析肽段的阶梯序列,即相邻肽段间相差一个氨基酸残基,用质谱分析肽阶梯,通常用 MALD
肽质量指纹图谱—MALDITOF-法鉴定蛋白质实验(一)
实验材料 测序级猪胰蛋白酶试剂、试剂盒 碳酸氢铵碳酸氢铵缓冲液乙腈 碳酸氢铵缓冲液消化缓冲液仪器、耗材 真空离心机烤箱实验步骤 许多凝胶染色方法适用于后续的 MALDI-TOF 肽质量指纹图谱(PMF ) 分析。在第 14 章已经比较讨论了一些染色方法的性能和兼容性。3.1 胶内消化凝胶消化方法改编
肽质量指纹图谱—MALDITOF-法鉴定蛋白质实验(二)
1. 目标样本沉积 1 ) 经典干燥液滴法( 1 ) 半饱和氰基-4-羟基肉桂酸(约 5 mg/ml) 的配制:将 α-氰基-4-羟基苯甲酸溶解在 300 μl 1 : 1 乙腈/ TFA 溶 液(超声 10 min) 。离心几秒钟得到上清液。取 200 μl 上清液加到微量离心管中,并加入相同
单一同位素肽段质量和平均同位素肽段质量有什么不同?
单一同位素肽段质量(monoisotopic peptide mass)和平均同位素肽段质量(average peptide mass)有什么不同?组成蛋白质的原子在自然界中存在着不同比例的同位素(见下表)。所以含有这些同位素原子的肽段的质量比不含任何同位素的肽段的质量要大。不含任何同位素的肽段的质
实验室光学仪器X射线衍射仪检索样品分类
视情况样品可以分成三大类:第一类是天然矿物,第二类是人工合成,第三类就是合金。按经验来说,天然矿物是最好分析的,因为种类不多且天然矿物的数据库特别地全,所有已知矿物都能找到相应的卡片,不存在“新相”的问题。数据库中的数据最成熟。 但是,天然矿物也是最容易出现“错判”的样品,特别是粘土类样品,更是这样
从Internet检索色谱科学信息
Internet是一个国际性的计算机网络系统,利用Internet可在全球范围内迅速方便地实现信息数据共享、数据传输、信息管理和查寻等。1 Internet资源指南Internet上可提供的色谱资料极为丰富,要进行检索,首先要了解其上有哪些主题及服务形式以及它们的网址,这些内容可由网上的搜索引擎(s
植物分类检索表的应用
植物分类检索表是鉴定植物的工具。检索表的编制是根据法国人拉马克(Lamardk)的二歧分类原则,把原来的一群植物选用明显而相关的形态特征分成相对应的两个分支,再把每个分支中的分类群再用相对的性状分成相对应的两个分支,依次下去,直到将所有分类群分开为止。为了便于使用,各分支按其出现的先后顺序,前边加上
CAS号检索注意事项
在搜索框中,可以看到支持CAS号、名称、化学式三种查询方式,当输入什么类型的字符窜为判定输入的是CAS号,并按照字符CAS好方式进行检索!可以参看如下例子。第一、什么也不输入或者只输入空格:将会随机按照CAS号中的头三位数字作为关键词进行检索。第二、输入一个错误的CAS号,如:0000050-0、
核酶实验——其他类型的核酶
实验方法原理除锤头型核酶与发夹型核酶以外,还有肝炎 δ 核酶和 Neurospara VS 核酶等小分子核酶。此外,自然界中还存在着大分子核酶,包括 Ⅰ 型内含子、Ⅱ 型内含子和 RNaseP 的 RNA 亚基。实验材料RNase T1RNase U2试剂、试剂盒上样缓冲液终止缓冲液仪器、耗材聚丙烯
抗肽抗体的制备实验
提高免疫原性肽的抗血清,是最简单的方法,获得非隔离的蛋白质的抗体,例如,对来自DNA序列信息的推定蛋白质序列。 这种方法也是有用的,当隔离的抗原是困难或费时,或当抗原是一个大的蛋白家族的成员。实验步骤: 将10 mg BSA溶于0.5 ml 0.1 mol/l pH6.8的磷酸钠
戴安公司BPA及其他酚类的检测方案
双酚A,也称BPA,学名2,2-二(4-羟基苯基)丙烷,是重要的有机化工原料,苯酚和丙酮的重要衍生物,主要用于生产聚碳酸酯、环氧树脂、聚砜树脂、聚苯醚树脂、不饱和聚酯树脂等多种高分子材料。也可用于生产增塑剂、阻燃剂、抗氧剂、热稳定剂、橡胶防老剂、农药、涂料等精细化工产品。通俗讲,就是用
物理显影液配制实验——其他
实验步骤漂白液在 10 ml 蒸馏水中加入 10 g 铁氰化钾和 5 g 溴化钾。定影液铁氰化钾 5 g、溴化钾 2.5 g、硫代硫酸钠 3 g 依次加入到 95 ml 蒸馏水中,最终加水至 100 ml。缓冲液缓冲液 I:0.02 mol/L(pH 7.4)TBS(内含 0~1% Triton X
一文了解肽质量指纹图谱原理
肽质量指纹谱分析也称肽指纹图谱,是目前蛋白质组研究中鉴定蛋白较为常用的方法。 由于每种蛋白质的氨基酸序列(一级结构)都不同,蛋白质被酶水解后,产生的肽片段序列也各不相同,其肽混合物质量数亦具特征性,所以称为指纹谱,可用于蛋白质的鉴定,即用实验测得的蛋白质酶解肽段质量数在蛋白质数据库中检索,寻找
方案16-SDSPAGE-肽谱作图方法(Cleveland法)
实验材料纯化后的蛋白质样品试剂、试剂盒进行 SDS-PAGE所必需的缓冲液和聚丙烯酰胺使蛋白质显现的固定液 染色液 脱色液β-巯基乙醇SDS样品缓冲液中已知分子量的蛋白质标准品选定的蛋白酶SDSSDS-PAGE样品缓冲液仪器、耗材聚丙烯小管平板凝胶电泳仪沸水浴实验步骤展开
国际参考实验室临床酶学室间质量评价(RELA)技术方案
作者:陈宝荣,邵燕,陈琦,孙慧颖,胡滨 作者单位:北京航天总医院,北京 100076【摘要】 目的:建立并评价国际参考实验室室间质量评价(RELA)技术方案,使之符合国际参考实验室质量要求。方法:以GGT为例,按IFCC要求建立本室的RELA技术方案,对影响检测质量的关键技术环节建立相应
实验动物免疫方案
实验动物免疫方案1、抗原: 蛋白质、多肽、细胞器、细胞、组织等。2、免疫方式:皮下注射、腹腔注射、静脉注射、肌肉注射等。3、不同动物免疫所需抗原量(以蛋白免疫为例)>18-20kDa