首张肿瘤细胞蛋白质图谱绘就
日前绘制的首张癌症蛋白质相互作用图谱涵盖了以前被忽视的突变，而这些突变可能成为治疗的目标。 美国加州大学圣地亚哥分校的Trey Ideker和同事完成的这幅图谱，研究了几十种常见癌症蛋白质在乳腺癌和头颈癌中的相互作用。“癌症基因并不是单独起作用的。”Ideker说，“就像任何机器的部件一样，它们相互影响。” 该图谱对生物系统中蛋白质相互作用的所有不同方式进行了分类。在这种情况下，研究小组选择了两种癌症中61种常见的突变蛋白质，并确定了它们如何相互作用，及其与癌症肿瘤中数百种其他蛋白质的相互作用。 “我们正在寻找在癌症发生过程中面临变异压力的蛋白质群体。”Ideker说。 对于头颈部癌，研究小组发现了771种蛋白质相互作用，涉及大约650种蛋白质，其中84%的相互作用以前从未被报道过。如果这些相互作用对肿瘤生长至关重要，那么未来靶向和破坏它们的肿瘤药物可能会减缓癌症生长。 与此同时，从整体数据看，该团队发现了之......阅读全文
首张肿瘤细胞蛋白质图谱绘就
日前绘制的首张癌症蛋白质相互作用图谱涵盖了以前被忽视的突变，而这些突变可能成为治疗的目标。 美国加州大学圣地亚哥分校的Trey Ideker和同事完成的这幅图谱，研究了几十种常见癌症蛋白质在乳腺癌和头颈癌中的相互作用。“癌症基因并不是单独起作用的。”Ideker说，“就像任何机器的部件一样，它们
蛋白质组学牛人利用新技术分析蛋白质图谱
蛋白质组(proteomics)分析是针对不同条件下细胞中蛋白的功能和特性进行研究的统称，这一领域的研究一直以来都落后于基因组研究，后者在技术创新方面取得了不少成果，一些令人眼花缭乱的快速基因组图谱绘制技术，还有无需借助核心实验室设备就能完成实验的技术，都令我们印象深刻。 但是与基因组研究
DeepDEP：深度学习构建肿瘤依赖性图谱
大家好呀！今天给大家介绍一篇2021年发表在Science Advances上的文章。全基因组功能缺失筛查揭示了对癌细胞增殖十分重要的基因，称为肿瘤依赖性。然而将肿瘤依赖性关系与癌细胞的分子组成联系起来并进一步与肿瘤联系起来还是一个巨大的挑战。本研究，作者提出了DeepDEP，基于深度学习模型和
－科学家绘制世界最大蛋白质图谱
科学家已经发现了上万种新的蛋白联结，约占蛋白联结总量的四分之一。为了揭示蛋白质是如何构建细胞与机体，来自多个国家的科学家组成的研究团队筛选了不同生物的细胞，这些细胞从变形虫到蠕虫到老鼠到人类，来源十分广泛。 这项蛋白质科学的壮举，是来自七个国家的三个研究小组合作的结果，由多伦多大学唐纳利中心的
Cell重要成果：绘制凋亡蛋白质组图谱
斯克里普斯研究所的科学家们同时绘制出了细胞中两种最重要的蛋白质修饰类型的图谱，揭示了在凋亡这一重要细胞过程中它们之间广泛的协同作用。相关论文发表在7月20日的《细胞》(Cell)杂志上。 磷酸化(Phosphorylation)和蛋白质水解(proteolysis)几乎总是被独立开展研究。
人类胸腺单细胞图谱助力肿瘤免疫治疗
胸腺是T细胞的分化、发育和成熟的场所，是组成免疫系统的重要器官。到目前为止，还不清楚在整个生命过程中，人体胸腺中的早期免疫前体细胞如何发育为T细胞。尽管已通过各种动物模型对胸腺进行了广泛的研究，但是还未有详细的人类胸腺细胞图谱得以报道。 由来自VIB炎症研究中心（VIB Center for
蛋白质修饰与肿瘤研究
蛋白质的修饰这一领域已成为全球生物医学界关注的焦点。除了一些传统的磷酸化和泛素化，硝基化、乙酰化、SUMO化引发关注外，还有一些修饰策略，如PEG化修饰、脂质体化、糖基化，这些复杂的调控作用在众多慢性疾病（退行性疾病、代谢性疾病、肿瘤、心血管、内分泌等）以及一些炎症等中都起到关键调控作用。通过对
Nature:科学家再构建蛋白质－“遗传图谱”
《自然》杂志发表了一项由剑桥大学和默沙东的科学家领导完成的重要成果：他们成功创建出人类蛋白质的第一个详细遗传图谱。这一突破性研究有望增进我们对各种疾病的了解，并有助于新药的开发。 DOI: 10.1038/s41586-018-0175-2 这项研究描述了人类血浆“蛋白质组”（pro
Nature:科学家再构建蛋白质－“遗传图谱”
6月6日，《自然》杂志发表了一项由剑桥大学和默沙东的科学家领导完成的重要成果：他们成功创建出人类蛋白质的第一个详细遗传图谱。这一突破性研究有望增进我们对各种疾病的了解，并有助于新药的开发。 DOI: 10.1038/s41586-018-0175-2 这项研究描述了人类血浆“蛋
图谱研究揭示蛋白质间交互作用链
图谱揭示上万种蛋白质之间存在相互作用 一国际研究团队通过大规模蛋白图谱研究发现，有机生物细胞内的不同蛋白质间具有较深联系，正是它们间的相互作用促进了细胞和生物体的构建。而蛋白图谱的绘制，或可帮助科学家探寻导致人类错综复杂的各种疾病的根源。 这项研究由加拿大多伦多大学的安德鲁·艾米莉教授和美国
Nature:科学家再构建蛋白质－“遗传图谱”
6月6日，《自然》杂志发表了一项由剑桥大学和默沙东的科学家领导完成的重要成果：他们成功创建出人类蛋白质的第一个详细遗传图谱。这一突破性研究有望增进我们对各种疾病的了解，并有助于新药的开发。 DOI: 10.1038/s41586-018-0175-2 这项研究描述了人类血浆“蛋白质组
肿瘤检测蛋白质类肿瘤标志物检测介绍
蛋白质类肿瘤标志物检测介绍： 大多数实体瘤是由上皮细胞衍生而来，当肿瘤细胞快速分化、增值时，一些在正常组织中不表现的细胞类型或组分大量出现，如作为细胞支架的角蛋白，成为肿瘤标志。化学本质属于蛋白质类的肿瘤标志包括：①酶;②蛋白类或肽类激素;③不属于前两者的其他蛋白质。蛋白质类肿瘤标志物检测正常值：
PNAS：脑膜瘤分子图谱帮助预测肿瘤的复发
最近，来自贝勒医学院和德克萨斯儿童医院神经科学研究所的研究人员在《PNAS》杂志上发表文章称，通过使用分子谱，能够更好地预测脑膜瘤复发。 第一作者Akash J. Patel博士解释说：“目前的脑膜瘤分类是根据世界卫生组织（WHO）提出的标准。它将脑膜瘤分为三类：I级（良性），II级（非典型）
《Cell》：如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤
时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。 生物通报道：2005年美国国立
科学家揭示不同肿瘤类型的免疫特征图谱
肿瘤由于其组织来源、驱动突变和周围组织特性的不同而表现出显著的异质性。不同的肿瘤之间可能会享有共同的免疫原型，事实上，在特定肿瘤类型中已经鉴定到不同的免疫细胞亚群和免疫治疗响应性之间强大的原型关系。然而，如何从不同的肿瘤中去找到主要的免疫原型仍不清晰。 近日，发表在《Cell》上的一项题为“D
水生所完成模式硅藻的蛋白质组精细图谱
硅藻是一类重要的单细胞光合真核生物，分布广泛，提供了地球上约20%的初级生产力，对整个地球生物圈意义重大。三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)是海洋硅藻的模式生物，其基因组序列于2008年公布，但目前基因组的注释仍很不完善。蛋白基因组学(Proteogenomics)
第一张人类器官蛋白质组图谱
在广州南方医科大学举行的第五届中国蛋白质组学大会暨首届粤港蛋白质组学学术交流会上，由中国科学家领衔的“人类蛋白质组计划”有望实现肝癌诊治突破性进展。 据了解，该计划实施3年来，围绕人类肝脏蛋白质组的表达谱等九大科研任务，我国科学家成功测定出6788个高可信度的中国成人肝脏蛋白质，系统构建了国际上
Cell重磅：人类病毒蛋白质相互作用图谱面世
图片来源：《寄生虫》海报 近日，一部豆瓣评分9.2的韩国电影《寄生虫》广受大家的好评。故事也正如片名一样，讲述了一个贫困家庭“寄生”于富人家庭的故事。说到寄生，其实人体内的寄生事件更是数不胜数，最常见的便是病毒的感染。 病毒是一种比真菌和细菌小得多的感染性微生物，要想生存，它就必须找到合适的活体
Science：构建肿瘤浸润T细胞的泛癌单细胞图谱
靶向肿瘤特异性T细胞的癌症免疫疗法已使许多癌症患者受益，但是针对不同类型的癌症的临床疗效差异很大。肿瘤浸润T细胞经常进入功能失调状态，这一现象被广泛称为T细胞衰竭（T cell exhaustion），而效应T细胞的抗肿瘤功能受多种因素调节，包括调节性T细胞（Treg细胞）的存在。T细胞的状态和
基于单细胞测序绘制肿瘤微环境相关细胞代谢图谱
肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”，不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性，可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中，每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性，肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式（即“代谢重编程”）来适应不同的微环境，以满足其对能量
蛋白质胰蛋白酶磷酸肽图谱制定实验
基本方案 备择方案 固相蛋白消化 辅助方案 从纤维平板上 实验方法原理实验材料 含 32P 标记的蛋白质的样品 试剂、试剂盒
蛋白质胰蛋白酶磷酸肽图谱制定实验
实验方法原理 实验材料 含 32P 标记的蛋白质的样品试剂、试剂盒 荧光墨水／染料碳酸氢铵2-巯基乙醇SDS载体蛋白（溶于去离子水中）三氯乙酸（TCA）乙醇过氧化氢甲酸TPCK-处理的胰蛋白酶（溶于去离子水／ HCl ）电泳缓冲液绿色标记染料层析缓冲液仪器、耗材 单边剃刀刀片／手术刀片闪烁计数器1
单细胞测序揭示肺癌肿瘤免疫细胞亚型的细胞图谱
最近免疫疗法的出现标志着多种癌症的研究和护理发生了巨大变化，给世界各地的患者和家庭带来了新的希望。对于那些对治疗有反应的人来说，结果可能是激动人心的。激活病人的癌症免疫系统可以杀死或缩小肿瘤，在某些情况下，会导致完全缓解。 尽管取得了重大进展，但只有少数人从免疫治疗中获益，原因尚不清楚。 免
Nature：继DNA之后，科学家再构建蛋白质－“遗传图谱”
近日，《自然》杂志发表了一项由剑桥大学和默沙东的科学家领导完成的重要成果：他们成功创建出人类蛋白质的第一个详细遗传图谱。这一突破性研究有望增进我们对各种疾病的了解，并有助于新药的开发。 这项研究描述了人类血浆“蛋白质组”（proteome）的遗传基础，确定了近1500个蛋白质的近2000种遗传
蛋白质胰蛋白酶磷酸肽图谱制定实验1
实验材料含 32P 标记的蛋白质的样品试剂、试剂盒荧光墨水／染料碳酸氢铵2-巯基乙醇SDS载体蛋白（溶于去离子水中）三氯乙酸（TCA）乙醇过氧化氢甲酸TPCK-处理的胰蛋白酶（溶于去离子水／ HCl ）电泳缓冲液绿色标记染料层析缓冲液仪器、耗材单边剃刀刀片／手术刀片闪烁计数器1.7 ml 微量离心管
Cell：最大规模的蛋白质互作组网络图谱
人类大约有2万个蛋白质编码基因，尽管自十年前首次完成人类基因组测序以来取得了一些显著的进展，对于这些蛋白质如何在细胞内发挥功能，科学家们仍然只详细了解了其中的一小部分。 作为人类基因组计划的延伸，蛋白质组学领域正在致力揭示蛋白质是如何执行由生成它们的基因所编码的过程的。一些先进的工具已帮助鉴别
用蛋白质组学方法绘制磷酸化位点图谱
方案1 用带有 Fe(Ⅲ) 和 Ga(Ⅲ)的 IMAC 纯化磷酸化多肽 方案2 在 MALDI 分析之前或之后对磷酸化多肽进行碱性磷酸酶处理 方案3 结合固定化金属离子亲和介质和 MALDI-TOF-MS 直接分析方法对磷酸化多肽进行特征分析实验 方
肽质量指纹图谱—MALDITOF－法鉴定蛋白质实验
实验材料测序级猪胰蛋白酶试剂、试剂盒碳酸氢铵碳酸氢铵缓冲液乙腈 碳酸氢铵缓冲液消化缓冲液仪器、耗材真空离心机烤箱实验步骤许多凝胶染色方法适用于后续的 MALDI-TOF 肽质量指纹图谱（PMF ) 分析。在第 14 章已经比较讨论了一些染色方法的性能和兼容性。3.1 胶内消化凝胶消化方法改编自 Je
肽质量指纹图谱—MALDITOF－法鉴定蛋白质实验
实验材料测序级猪胰蛋白酶 试剂、试剂盒碳酸氢铵 碳酸氢铵
蛋白质结构显示肿瘤抑制基因开合
据美国物理学家组织网报道，美国加州大学圣克鲁兹分校癌症研究人员最近观察到细胞内生化反应分子机制，解释了肿瘤抑制基因是如何控制细胞生长分裂周期的，有助于开发癌症治疗新途径。研究发布在8月《自然结构与分子生物学》上。 目前已知，眼癌肿瘤抑制基因蛋白质就像一扇门，其打开还是