科学家证实串联模型存在缺陷
由哈佛大学博士、沈阳师范大学兼职教授伍少远领导的研究小组采用大规模基因组数据，首次证实目前在系统发育以及比较基因组研究领域广泛应用的串联分析模型具有内在缺陷，不适用于基因组数据分析，并提出了多物种溯祖模型，为解决哺乳动物系统发育关系提供了一个可靠的物种树。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》。 伍少远告诉记者，随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展，大规模基因组数据在生命科学以及医学研究中变得日益重要。但是，由于基因组数据的高度复杂性，分析和处理这些数据充满了困难和挑战。这就要求重新审视传统分析方法和模型对此类数据的适用性，并发展和验证相应的新型分析方法。 据了解，迄今为止，系统发育生物学研究主要采用串联分析方法，即把不同来源的基因位点序列串联起来，组成一个超级矩阵来构建基因树，并认为基因树与物种树具有一致的拓扑结构。但近年来的实验数据表明，基因树的拓扑结构往往具有高度的异质性，并能导致与物种树的冲突。长久......阅读全文
哺乳动物起源有了新证据
哺乳动物起源问题是学术界长期争论的热点，已经灭绝的“贼兽”是科学家们在研究哺乳动物起源时争论的焦点之一。有人认为贼兽处于哺乳动物冠群之外，属于比哺乳动物更原始的哺乳形类动物，而也有人指出，贼兽就属于早期的哺乳动物。我国科学家的一项最新发现为解开这一谜团提供了证据。 9月11日，《自然》杂志发表
哺乳动物精核的制备实验
实验方法原理 实验材料 哺乳动物组织培养细胞（如 HeLa 细胞）试剂、试剂盒 PBS裂解缓冲液缓冲液 B仪器、耗材 带有 B 型研磨棒的杜恩斯匀浆器光学显微镜实验步骤 1. 培养并收获 3L 1×106 细胞/ml 的哺乳动物组织培养的细胞（如 HeLa）， 用 1L PBS清洗两次。2. 用 2
化石揭示早期哺乳动物皮毛外观
许多恐龙和翼龙都有艳丽的羽毛，但早期哺乳动物的皮毛颜色却很单调。对6具生活在侏罗纪和白垩纪时期的哺乳动物毛皮化石的研究表明，它们都长着灰褐色的毛发。 “它们是恐龙的食物，不想引人注目。”比利时根特大学的Matthew Shawkey表示，这种保护色有助于躲避恐龙的捕食。 过去，人们认为复原远
研究发现群居哺乳动物寿命更长
从鼩鼱的两岁到弓头鲸的逾200岁，哺乳动物的最大寿命可以相差100倍之多。通过对近1000种哺乳动物进行分析，中国科学院动物研究所的科学家们与合作者发现，群居物种普遍比独居物种寿命更长，支持了社会组织和寿命的关联演化。相关研究近日发表于《自然—通讯》。作为高级哺乳动物的人类，当前一人住、一人食、一人
哺乳动物RNAi技术－Mammalian－RNA－Interference
Mammalian RNA InterferenceThomas TuschlLaboratory for RNA Molecular BiologyThe Rockefeller University, New York Excerpted from RNAi: A Guide To Gene S
哺乳动物“计算时间”机制被发现
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/4/521258.shtm
早期哺乳动物牙、耳如何演化？
中新网北京4月4日电 (记者 孙自法)在从爬行动物到哺乳动物的进化过程中，有两个最为重要的形态和功能变化，表现在牙齿从简单到复杂以增加食物的摄取能力、下颌头骨关节变为中耳听骨组合以提高听觉效力，二者如何演化备受学界关注。中国科学院古脊椎动物与古人类研究所(古脊椎所)发布消息说，该所毛方园研究员、张驰
哺乳动物“变”温血动物之谜揭开
科技日报讯 （记者张梦然）英国《自然》杂志近日发表的一项研究指出，哺乳动物的温血性可能起源于约2.33亿年前的晚三叠世。这项基于哺乳动物祖先内耳化石的研究结果增进了人们对哺乳动物演化史的理解。温血性（或称内温性）是哺乳动物和鸟类的一个关键特征，能让它们保持几乎恒定的核心体温，从而生活在各种不同的环境
揭秘：哺乳动物大脑的空间编码
大脑经常被比作一台电脑，它的硬件由组装在复杂回路中的神经元组成；它的软件是管理神经元行为的大量编码。但有时，即使大脑的硬件似乎不足以完成任务，它也会表现得异常出色。例如，尽管大脑的空间感知回路似乎适合代表更小的区域，但是人类和其他哺乳动物如何设法在大规模环境中导航的，这一直是个谜。 在一项新的
哺乳动物“计算时间”机制被发现
候鸟迁徙，蝴蝶振翅，心脏律动，生命的节律演绎着自然界最美妙的生命交响乐。然而，生物体如何能感知一天的时刻变化？相关问题一直悬而未决，等待着科学家们的实验与回答。北京大学国家生物医学成像科学中心主任程和平团队通过对哺乳动物的生物钟主钟——视交叉上核（SCN）的时间计算机制研究发现，哺乳动物大脑深部
揭秘早期哺乳动物的发育过程
由于小鼠的易实验性和强遗传性，其一直是生物医学研究中使用广泛的动物模型。但是，胚胎学研究发现，小鼠早期发育的许多方面与其他哺乳动物不同，从而使有关人类发育的推论复杂化。英国剑桥大学等研究团队合作构建了兔发育的形态学和分子图谱。该研究成果于近日发表在《Nature Cell Biology》，题为
从“人畜共患病项目”看人类基因组的独特之美
从两克重的大黄蜂蝙蝠（世界上最小的哺乳动物）到重达数吨的鲸鱼，包括人类在内的地球上6000多种哺乳动物差异很大。在过去的1亿年里，它们几乎适应了地球上的每一个环境。现在，“人畜共患病项目”已对现存240种哺乳动物的基因组多样性进行了编目。项目团队在最新一期《科学》杂志特刊上发表的11篇论文，可帮
华大基因同期Nature，Science解析关键基因事件
一般认为基因组热点在不同物种之间差别很大，但是最新一期（11月19日）Science杂志公布的两项研究成果表明，至少在鸟类和酵母中，一些基因组热点区域在很大程度上是重合的，而且即使在几代之后，这种一致性也没有变。这项研究同时也公布了一种分析基因组热点产生的新技术。 随着DNA信息一代传给下一代
华大基因同期Nature，Science解析关键基因事件
一般认为基因组热点在不同物种之间差别很大，但是最新一期（11月19日）Science杂志公布的两项研究成果表明，至少在鸟类和酵母中，一些基因组热点区域在很大程度上是重合的，而且即使在几代之后，这种一致性也没有变。这项研究同时也公布了一种分析基因组热点产生的新技术。 随着DNA信息一代传给下一代
复旦大学粟硕团队绘制全球首个哺乳动物高分辨率微生物与耐药基因图谱
哺乳动物体内微生物及其携带的抗生素耐药基因（ARG）的跨宿主传播，是潜藏的重大公共卫生风险源。然而，现有研究面临多重技术瓶颈：低丰度微生物难以检测导致潜在病原漏报；大量未报道的微生物物种缺失限制了多样性认知；物种及功能注释精度不足阻碍了明确 ARG 与可移动遗传元件（MGE）的关联；现有宏基因组分析
《生物基因》：爱食肉的喵星人，饮食会影响它的DNA
用比较基因组学研究哺乳动物进化 饮食或许是地球上所有物种最重要的选择。尤其是对于食肉动物而言，它们哺乳动物类群中经历了多次进化。在化石记录中，食肉动物的特化（specialization）常常是在相对较短的时间消失，这可能是因为它们处在饮食营养金字塔的顶部。 事实上，许多食肉动物特化密切相关
经胎盘传播伴基因组差异病例分析2
讨论垂直传播是妊娠期传染病的一个主要并发症[1]。相比于未妊娠的育龄期女性，妊娠期女性需要更关注新冠病毒[2]。新冠感染后早产、子痫前期、剖宫产、胎儿血管灌注不良、胎膜早破和围产期死亡的发生率更高[3，4]。尽管有许多文献报道了新冠的垂直传播[5]，但是目前只有Vivanti[6]、Fenizia[
ASCO－2014：“肿瘤基因组分析：未来出路或TMI？”
2014美国临床肿瘤学会（ASCO）年会召开，吸引了世界各地逾25000名肿瘤专业人员参与，精彩不断。汤森路透旗下BioWorld对ASCO 2014进行了跟踪报道，希望为国内关注肿瘤领域的药物工作者带来此重大会议报告中的最新消息。本文为第一篇跟踪报道，后续系列报道将陆续推出。 是否值得投入大
植物基因组DNA的RFLP多态性分析
一、原理DNA多态性是指DNA碱基顺序的差异性。这种差异性不仅存在于不同的植物之间，也存在于同一种植物的不同个体之间。RFLP多态性是指DNA限制性内切酶酶切片段长度的多态性(restniction fragment length olymophorphism)。由于碱基顺序的差异，在不同的
Nature－Methods：超越NGS的基因组分析新策略
来自西奈山Icahn医学院的科学家们开发了一种新方法，通过结合高通量的DNA测序及基因组作图构建出几近完整的基因组。这一方法使得研究人员能够检测复杂的基因组变异形式――由于与人类疾病有关联这些基因组变异极为重要，然而以往却难以检测到它们。这项研究发布在6月29日的《自然方法》（Nature M
全基因组重测序的生物信息分析内容
1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体
2016值得关注的技术：基因组分析深度学习
《Nature Methods》盘点2015年度技术，选出了最受关注的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）技术。 除此之外，也整理出了2016年最值得关注的几项技术，分别为：细胞内蛋白标记（Protein labeling in cells）、细胞核结构（Unraveling nuc
Nature发布大型全基因组RNA分析研究
由来自宾夕法尼亚州立大学的化学家和植物生物学家领导的一个研究小组开发出了一种分子技术，将有助于科学团体以从前不可能达到的规模，来分析在基因表达调控中起重要作用的分子。 科学家们开发出了一种方法，能够更精确预测在活细胞内核糖核酸分子(RNAs)的折叠情况，由此阐明植物以及其他的活体生物对环境
Illumina收购Edico－Genome，加速基因组数据分析
Edico的DRAGEN™ Bio-IT平台为新一代测序带来了更快更简化的输出。 圣迭戈——2018年5月15日——Illumina公司（纳斯达克代码：ILMN）宣布收购新一代测序（NGS）数据分析加速解决方案的领先供应商Edico Genome。Edico Genome的DRAGEN™ B
《Cell》：如何根据癌症基因组图谱分析肿瘤
时至今日，这一计划已经取得了许多成果，最新Cell杂志公布了泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas），这也是癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，同期Cell杂志介绍了根据癌症基因组图谱分类的肿瘤类型列表，以及相关的一些主要发现（每种肿瘤类型的标记论文）。 生物通报道：2005年美国国立
经胎盘传播伴基因组差异病例分析1
病例情况27岁孕妇（孕2产1）在34+4周时入院治疗，主诉发热3天，腹痛，胎动减弱。入院前1天开始干咳。患者偏胖（BMI=27），全身状况良好。产前检查正常，32+2周时产科超声示胎儿体重正常范围。入院时，病人迅速隔离。鼻咽拭子采样，通过实时定量聚合酶链式反应（RT-PCR）检测新冠病毒。此时患者体
基因组DNA的得率较低或者无基因组DNA原因及解决方法
1 ) 样品材料老化或者反复冻融导致 DNA 含量下降： 应选择新鲜的材料样品，如新鲜血液、新鲜菌液、刚离体的动物组织或幼嫩的植物组织等，不能立即处理的样品应放入液氮或-70℃低温保存，以免DNA降解。 2 ) 样品破壁或者裂解不完全， DNA 未充分释放： 动植物样品应在液氮中充分研磨
北京大学Nature发布CRISPR研究重要成果
来自北京大学的研究人员开发出了一个新型的CRISPR/Cas9 sgRNA文库，提出了一种基于sgRNA文库功能筛查和高通量测序分析的基因鉴别新方法。 论文的通讯作者是北京大学生命科学学院的魏文胜(Wensheng Wei)研究员。其主要研究领域包括病原微生物感染分子机理，发展宿主
北京基因组所实现对大样本全基因组数据的群体遗传学分析
计算基因组学旨在发展理论和方法学，对基因组数据进行数据挖掘、提取信息。其中对遗传多态性，如基因频谱、单倍型结构等进行建模，利用群体基因组水平的遗传变异数据来推断群体的历史和变迁是群体遗传学的核心内容。传统的群体遗传学分析方法通常基于小样本数据，所推断的多为相对古老的历史事件，例如，被广泛应用的L
人类是如何失去体毛的
人类的毛发为什么明显比其他哺乳动物少？这一直是个谜。 近日，美国科学家在eLife发表论文称，人类似乎拥有全身长毛发的基因，但进化使它们丧失了功能。研究结果指出，一组基因和基因组的调控区域似乎对毛发的形成至关重要。 这项研究回答了塑造这一人类决定性特征机制的基本问题。科学家认为，这可能