叶绿体基因组树优化森林大样地群落构建获揭示
群落构建是生态学家广泛关注的核心问题之一。1月2日，记者从中国科学院华南植物园获悉，该园分子生态学团队及其合作者，基于中国森林监测网络（CForBio）平台，揭示了叶绿体基因组树优化我国森林大样地群落构建认知。相关研究发表于《分子生态资源》。 据悉，系统发育群落生态学将系统发育分析方法整合到群落生态学的分析中，为探究群落生物多样性的演化与维持机制提供了新视角。建立准确可靠的群落系统树是进行群落系统发育分析的前提和基础，分辨率较低的群落系统树可能导致对系统发育多样性指数的估计产生偏差，进而影响对特定群落的生态过程的推断。 目前群落系统树的构建主要是利用Phylomatic、V.PhyloMaker等软件生成名录合成树，或是基于一代DNA条形码片段构建分子系统树。合成树方法无需采样、测序等步骤，成本较低，但结果中往往会出现较多的多歧分枝；一代DNA条形码树的物种分辨率相对更......阅读全文
热带雨林动态演化历史研究获新进展
棕榈科隶属于被子植物单子叶鸭跖草分支，包含约184属2500种，其中超过90%的物种分布于热带雨林地区，是探讨热带雨林演化历史的理想对象。近日，中国科学院华南植物园研究员葛学军团队联合国内外多家单位的研究人员展开合作，在热带雨林动态演化历史研究取得新进展。相关成果发表于《新植物学家》（New Phy
应用黏粒载体构建基因组DNA文库
实验方法原理 在 λ 噬菌体中构建基因组 DNA 文库的步骤与在黏粒载体中的步骤基本一致。在这两种系统中，真核 DNA 在体外与载体 DNA 连接，形成能包装到 λ 噬菌体颗粒中的多联体。构建在 λ 噬菌体中的文库以具有感染性的重组噬菌体
应用黏粒载体构建基因组DNA文库
在 λ 噬菌体中构建基因组 DNA 文库的步骤与在黏粒载体中的步骤基本一致。在这两种系统中，真核 DNA 在体外与载体 DNA 连接，形成能包装到 λ 噬菌体颗粒中的多联体。构建在 λ 噬菌体中的文库以具有感染性的重组噬菌体形式贮存和增殖。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方法原理
应用黏粒载体构建基因组DNA文库
实验方法原理 在 λ 噬菌体中构建基因组 DNA 文库的步骤与在黏粒载体中的步骤基本一致。在这两种系统中，真核 DNA 在体外与载体 DNA 连接，形成能包装到 λ 噬菌体颗粒中的多联体。构建在 λ 噬菌体中的文库以具有感染性的重组噬菌体形式贮存和增殖。实验材料 T4 噬菌体 DNA 连接酶牛小肠碱
我国率先构建野生大豆泛基因组
中国农业科学院作物科学研究所与诺禾致源等合作，在国际上率先构建和分析了一年生野生大豆的泛基因组，为作物种质资源研究和利用提供了新的方法和启示。该研究成果9月14日在线发表于国际著名学术期刊《自然—生物技术》。 项目牵头人、中国农科院作科所研究员邱丽娟介绍，大豆是重要的油料和高蛋白粮饲兼用作物。
基因组DNA文库构建必备实验技巧1
基因组DNA文库用途十分广泛，如用于人类及动植物基因组学研究，基因表达调控研究，分析、分离特定的基因片段等。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为四大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。一、分离基因组DNA（gDNA） 毫无
基因组DNA文库构建必备实验技巧2
技术支持资料：材料缓冲液和溶液- 碱裂解液I , 4°C50 mM 葡萄糖25 mM Tris-Cl (pH 8.0)10 mM EDTA (pH 8.0)配制碱裂解液I 约100ml，灭菌，保存在四度。- 碱裂解液II，新鲜配置，室温保存0.2 N NaOH （从10N的NaOH新鲜制备）1% (
科学家解析人体肠道真菌组及其生物功能
5月21日，中国科学院上海药物研究所果德安课题组、大连医科大学马骁驰与王超课题组，联合法国农业科学研究院教授Francis Martin，在《细胞》（Cell）上在线发表了题为A genomic compendium of cultivated human gut fungi character
叶绿体亚分级实验——叶绿体亚分级
实验材料叶绿体试剂、试剂盒裂解缓冲液仪器、耗材微量离心管小型离心机实验步骤1. 将含 1 mg 叶绿素的叶绿体悬液吸至一微量离心管中。2. 在小型离心机中 14000 r/min 离心 30 秒钟，弃去上清。3. 加 1 ml 裂解缓冲液，振荡，冰浴 5 分钟。裂解缓冲液：10 mmol/L HEP
沈阳生态所在森林动态研究方面取得进展
植物种子生产的时空动态及潜在结实机制是决定种群动态及群落构建的重要生态过程。种子生产大小年（Mast seeding）即多年生植物种群的种子生产在年内同步且年际间高度变异的现象，这种生产格局在大量物种中都有出现。传粉效率增加和捕食者饱食被认为是有利于mast seeding进化的两个主要的选择性
榧子的生长习性
生于温暖湿润的黄壤、红壤及黄褐壤土，多数省区常生于海拔1000-1200米以下的森林中。[5]生于亚热带的低海拔丘陵、低山及中山地带的森林中，海拔从 30米至 1400米以下，温暖多雨的黄壤、红壤、黄褐壤地区，在局部地段为群落优势种。 榧树大部分呈半野生状态，约有 30至 40万株。 榧子的
研究揭示氮沉降下真菌对热带森林土壤碳库的调控
近日，中国科学院华南植物园小良热带海岸带生态系统定位研究站（以下简称小良站）站长、生态中心研究员王法明团队，基于小良站长期模拟氮沉降试验样地，揭示了氮沉降增强真菌驱动热带森林土壤有机碳固存的潜力及其机制。相关研究论文发表于《功能生态学》。 真菌是凋落物的主要分解者，驱动植物源碳向土壤的转运，因
树木径向生长响应物候变化研究取得新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/509670.shtm中国科学院华南植物园森林生长与全球变化研究组博士研究生康剑在中国科学院华南植物园研究员黄建国、广东省林业科学院教授丁晓纲、中国科学院华南植物园副研究员马倩倩的指导下，研究发现了树木生
研究揭示长江口低氧区微生物群落及氮代谢功能
近日，深圳大学教授李猛团队在《环境研究》发表最新研究成果。研究人员揭示了长江口水体，尤其是该低氧区域的微生物群落构建机制及其氮代谢功能。由于全球变暖和环境污染，海洋中的低氧区逐年扩大，严重影响整体的微生物群落结构和全球氮循环。作为世界上最大的冲积河口之一，长江口自20世纪80年代以来已经表现出季节性
研究揭示长江口低氧区微生物群落及氮代谢功能
近日，深圳大学教授李猛团队在《环境研究》发表最新研究成果。研究人员揭示了长江口水体，尤其是该低氧区域的微生物群落构建机制及其氮代谢功能。由于全球变暖和环境污染，海洋中的低氧区逐年扩大，严重影响整体的微生物群落结构和全球氮循环。作为世界上最大的冲积河口之一，长江口自20世纪80年代以来已经表现出季节性
毕文健等开发针对大样本两基因组分析的算法——SPAGE
复杂疾病的发生与发展不能完全由遗传变异来解释，而是遗传变异和环境因素共同作用的结果。基于关联分析找出基因与环境的交互作用（GxE effect）有助于我们了解疾病的发病机制和设计个体化治疗方案。但是这种交互作用的关联性较弱，因此常常需要较大的数据样本才能达到足够的检验效能。最近几年，随着测序技术
CForBio树体结构测量培训班结束
5月8日至12日，树体结构测量培训班在中科院西双版纳热带植物园召开。本次培训班由中科院生物多样性委员会主办。中国森林生物多样性监测网络（CForBio）的各个大样地和版纳植物园共20多人参加。密歇根州立大学Yoshiko Iida博士应邀作为培训班主讲人。 为期5天的培训班内
现代玉米杂种优势群遗传演化基因组学基础获揭示
玉米种质资源的杂种优势群划分。中国农科院供图 近日，中国农业科学院作物科学研究所玉米优异种质资源发掘与创新利用团队联合华南农业大学、中国农业科学院生物技术研究所等单位研究揭示了玉米父、母本杂种优势群趋同与趋异选择的遗传规律，解析了玉米基因组分化特征及其对杂种优势的贡献。该团队通过总结过去，将玉
拟南芥叶绿体基因组DNA双链断裂修复的全新分子机制
2021年6月16日，清华大学生命学院/清华-北大生命科学联合中心孙前文实验室在Nucleic Acids Research杂志在线发表题为“RNase H1C与单链DNA结合蛋白WHY1/3和重组酶RecA1在拟南芥叶绿体中协作完成DNA损伤修复 (RNaseH1C collaborates
绿潮藻叶绿体基因组进化机理研究取得新进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503670.shtm石莼属海藻是一类具有重要生态功能和开发潜力的经济海藻，同时也是一类可以暴发性生长导致绿潮灾害的大型绿藻，在全球范围内广泛分布。近日，中国科学院海洋研究所海洋生态环境基因组学团队围绕石莼
研究发现植物叶绿体基因组可以全部转录的新机制
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能、供给地球上的其它生物能量来源的重要细胞器，对叶绿体的功能和叶绿体基因组转录机制的研究一直以来是全球细胞生物学家、遗传学家和分子生物学家孜孜以求的研究热点。中国科学院昆明植物研究所研究员高立志带领的研究团队，历时五年，通过对三种高等植物（水稻、玉米和拟南芥
中德科学家发现物种丰富的森林生长更稳定
在12月18日发表于《科学进展》的一项研究中，中国科学院植物研究所研究员马克平团队与德国综合生物多样性研究中心团队合作，通过位于我国亚热带地区的大型多样性控制实验（BEF-China）的长期累积数据，解析了森林建成十年间群落物种多样性、物种异步性、种群稳定性以及群落耐旱功能多样性对群落生产力稳定
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
本报讯 日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea.catas.cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到
研究人员发布最新版树鼩基因组注释
树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，是灵长类的近亲。由于其繁殖周期短（约6周），饲养成本低，单胎产仔数较高（每胎2-5只）等特点，在某些方面有望替代非人灵长类用于生物医学研究和应用。目前，树鼩已被用于多种感染性疾病模型创建，是研究视觉系统与功能的很好的动物。中国科学院昆明动物研究所研究
橡胶树HeveaDB基因组数据库平台完成测试
日前，中国热带农业科学院“橡胶树等主要热带作物功能基因组学研究”创新团队负责搭建的橡胶树HeveaDB基因组数据库平台（hevea。catas。cn）上线运行，并在国际橡胶研究与发展委员会（IRRDB）各成员国间开展测试工作。经过1个月的测试，数据库平台各项指标保持稳定，运行可靠，达到预期效果。
研究推断出棕榈科植物系统发育关系
近日，海南大学热带作物学院教授王华锋团队为了更好地了解棕榈目中棕榈科植物，分析比较了棕榈科的叶绿体基因组结构特征，推断出系统发育关系，估计出棕榈科的分歧时间，并对祖先性状特征进行重建等分析进行了研究。相关研究于9月27日在线发表于《植物科学前沿》。 棕榈科是在棕榈目中的一个具有物种丰富性的分支
气候事件对浮游植物群落影响研究获进展
中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室在浮游植物群落对气候事件对响应取得新进展。相关成果近日发表于Water Research。 气候事件强扰动对亚热带河口小型浮游植物以及浮游植物群落小型化影响的示意图。黑色圆圈中的绿点表示浮游植物种类。实线圆圈和虚线圆圈分别代表稳定和不稳定
构建节能减排长效机制－－优化产业结构和布局
寻求改革发展新突破・中央部委新春巡礼 编者按 党的十八大为我们描绘了全面建成小康社会、加快推进社会主义现代化的宏伟蓝图。但也应当看到，在新的发展阶段，面对一系列新矛盾、新问题，有关部门需在提质量、增效益上加大改革力度，将转方式、调结构、促民生落到实处。从今天起，本报推出系列
空天院山地森林透视遥感研究获进展
近日，中国科学院空天信息创新研究院遥感科学国家重点实验室研究员倪文俭带领的森林遥感团队，在利用单光子激光雷达进行森林透视探测方面取得重要进展。 星载单光子激光雷达作为继大光斑波形之后的新一代卫星激光测高技术，具备低能耗、高灵敏度的特点，使得雷达系统具有更长的寿命和更远的探测距离。美国宇航局发射
热带森林树种响应降水格局变化研究获进展
近日，中国科学院华南植物园植被与景观生态学研究组在国家自然科学基金等项目的资助下，研究揭示了热带森林树种响应降水格局变化的水分养分机制。相关成果发表于《农业与森林气象学》（Agriculturaland Forest Meteorology）和《植物与土壤》（Plantand Soil）。在全球气候