利用454技术进行结核杆菌全基因组测序有效追踪疫情传播
众所周知，肺结核多数是由结核分枝杆菌感染肺部引起的肺部感染性疾病，已成为一个严重威胁人类健康的疾病。世界卫生组织(WHO)统计表明，全世界每年发生结核病800～1000万，每年约有300万人死于结核病，是造成死亡人数最多的单一传染病。1993年WHO宣布“全球结核病紧急状态”， 认为结核病已成为全世界重要的公共卫生问题。我国是世界上结核疫情最严重的国家之一。 然而细菌也一直处于不断突变及进化的过程中，要对症下药就需要知道细菌的准确分型。传统的细菌分型技术仅针对细菌的某几个基因进行检测，在传染病疫情爆发时往往缺乏更具体的信息，于是在全基因组测序费用不断下降的现在，研究者们也在尝试用新一代的检测技术对细菌进行分型，以发现传染病爆发的传播模式和几率。 近期，据《PLoS Medicine》杂志报道，有研究者们利用454技术对86例人结核分枝杆菌进行了全基因组测序，并与传统分型技术结果进行了比较。这86例细菌是从......阅读全文
结核杆菌简介
结核分枝杆菌（M.tuberculosis），俗称结核杆菌（tubercle bacillus），是引起结核病的病原体。1882年由德国细菌学家郭霍（Robert Koch，1843-1910）发现并证明为人类结核病的病原菌，该菌可侵犯全身各器官，但以引起肺结核最多见。结核病是一种古老的疾病，全
结核杆菌介绍
结核杆菌（Mycobecterium Tuberculosis)引起结核病。对人类致病的有人型结核杆菌和牛型结核杆菌，非典型分枝杆菌也可引起类似结核样病变，但少见。 一、生物学性状 （一)形态染色 结核杆菌细长略弯曲，端极钝园，大小约1～4×0.4um ，呈单个或分枝状排列，无荚膜、无
我国首次完成寨卡病毒全基因组序列测定
2月22日，记者从军事医学科学院获悉，该院与广州市第八人民医院、出入境检验检疫系统相关单位密切合作，在获得从委内瑞拉归国患者临床标本后，采用高通量测序技术，于2月21日直接从尿液中获得病毒全基因组序列。 寨卡病毒属黄病毒科，是一种主要由伊蚊传播的虫媒病毒。1947年首次在乌干达寨卡丛林中的恒河
益生乳酸菌全基因组序列测定完成
内蒙古农业大学正式公布,益生乳酸菌的全基因组序列测定分析全部完成,这是我国第一个完成的乳酸菌基因全序列测定。 由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌的全基因组序列测定Lb.casei Zhang科技项目是经过6年分离、筛选,并进行系统研究开发的具有完全自主知识产
土壤全氮测定
土壤全氮的测定技术和方法，仪器:控温电炉,消煮管, 定氮仪蒸馏器、消化炉 试剂:1. 硫酸（GB 625—77）：化学纯；2. 硫酸（GB 625—77）或盐酸（GB 622—77）：分析纯，0.005mol/L硫酸或0.01mol/L盐酸标准溶液；3. 氢氧化钠（GB 629—81）：工业用或化学
全硫的测定
煤中全硫的测定采用艾氏卡法、库仑法和高温燃烧中和法，适用于裼煤、烟煤、无烟煤。在仲裁分析时，应采用艾氏卡法。73.11.5.1 艾氏卡法方法提要将煤样与艾氏卡试剂混合灼烧，煤中硫生成硫酸盐，然后使硫酸根离子生成硫酸钡沉淀，根据硫酸钡的质量计算煤中全硫的含量。试剂艾氏卡试剂 以 2 份质量的化学纯轻质
新一代测序技术之三国时代(中):Roche/454
454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里程碑事件报道，开创了边合成边测序（sequencing-by-synthesis）的先河
JAMA：全基因组测序用于临床仍存在技术挑
据3月12日发表在《美国医学会杂志》上的一则研究报告披露，在一项有12名成年人参与的探索性研究中，应用全基因组测序(WGS)与不完整的遗传性疾病基因的覆盖、检测具有最高潜在临床影响的基因变异的低复验性，以及临床报告发现的不确定性有关，尽管在某些案例中，WGS会发现基因变异株从而引入早期的医疗干预
罗氏454测序分析软件升级
罗氏公司近日宣布推出一款新的软件包(v2.8)，能显著改善其GS FLX+系统上长读取鸟枪法测序的性能。这一测序平台能带来百万个读取，其读长超过1000 bp。此次改进将让研究人员发现更多复杂的遗传变异，并揭开隐藏在基因组、转录组和宏基因组样品中难以测序的区域下的生物学秘密。 罗氏
DNA测序454－焦磷酸测序简介
该方法在油溶液包裹的水滴中扩增DNA（即emulsion PCR）,每一个水滴中开始时仅包含一个包被大量引物的磁珠和一个链接到微珠上的DNA模板分子（控制DNA浓度出现的大概率事件）。将emlusion PCR产物加载到特制的PTP板上，板上有上百万个孔，每个微孔只能容纳一个磁珠。DNA Pol
我国科学家完成普通野生稻全基因组框架图谱绘制
2010年8月，中国科学院昆明植物研究所植物种质资源与基因组学研究中心中科院“百人计划”和云南省首届高端科技人才入选者研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学团队，历时一年，运用新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析，对野生稻全基因组测序取得了阶段性重大成果。日前
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
《自然》：新一代高速测序技术完成沃森基因组
该成果向个人化基因组的目标又迈进了一步 图片说明：新测序出的碱基代码排出的沃森头像。（图片来源：Nature） 在4月17日的《自然》杂志上，美国的科学家发表了首个利用新一代高速测序技术得到的全基因组，而接受这一全基因组测序的不是别人，正是“DNA之父”詹姆斯•沃森。该成果标志着人类基因
中国花生基因组计划取得阶段性研究成果
近日，由山东圣丰种业科技有限公司、广东省农业科学院、山东省农业科学院和Macrogen千年基因联合启动的中国花生基因组计划取得了阶段性研究成果，该成果报告会于Macrogen千年基因圆满举办。本次会议总结了中国花生基因组计划的阶段性研究成果及国际上花生基因组研究的进展，并讨论了花生基因组计划后期
结核杆菌标本留取
当你怀疑有肺结核就诊时，首先要进行胸部透视，医生若发现你的肺内有异常阴影，就会给你作痰液检查．查痰，就是用显微镜查找结核 杆菌，痰内一旦发现结核菌，肺结核的诊断便可确定，查痰是诊断肺结核，发现传染源最准确的方法．另外，病人在治疗过在中医生也会 要求你定期查痰，用以考核和评价治疗效果．痰菌阳性
结核杆菌的检测
结核杆菌与麻风杆菌是分枝杆菌属中的主要病原菌。 结核杆菌菌体细长略带弯曲，有分枝生长趋势。 菌体含脂量高，与其抗酸特性、抵抗力特性、致病性与免疫 性等都有密切关系。 该菌营养要求高，生长缓慢，形成“菜花状”菌落。一、结核杆菌检验程序 结核病人病灶中查到结核杆菌，是病原学诊断的重要
结核杆菌PCR鉴定
从痰等临床标本直接诊断结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌也称直接扩增试验（Direct Amplification Test，DAT），主要是利用PCR技术特异性地扩增核酸片断达到鉴定结核分枝杆菌的目的。RocheLight Cycler 荧光定量PCR仪，从标本处理、核酸扩增到产物鉴定
什么是结核杆菌？
结核分枝杆菌（M. tuberculosis）简称为结核杆菌（tubercle bacilli），是人类结核病的病原体。是专性需氧的一类细菌，抗酸染色阳性。无鞭毛，有菌毛，有微荚膜但不形成芽孢，其细菌壁既没有革兰阳性菌的磷壁酸，也没有革兰阴性菌的脂多糖。德国细菌学家郭霍（Robert Koch，
全氮测定试剂配制
土壤总氮的测定(半微量开尔文法)一、方法和原理开尔文法分为样品消解和消解液中铵态氮的定量测定两个步骤。(1)样品消解当样品用浓硫酸高温消解时，各种含氮有机化合物通过复杂的高温分解反应转化为铵态氮(硫酸铵)，这种反应总称为开尔文反应。上述消化不包括所有的硝态氮。如果必须包括硝酸盐氮和亚硝酸盐氮的全部测
利用454测序技术进行HIV耐药检测可提高灵敏度
HIV耐药性是指病毒对某种药物敏感性降低，在某些核酸类药物抑制下，病毒可通过自身基因突变获得对这些药物的抗药性，而当有抗药性的病原微生物再传染他人时，即可对这些药物产生抗药性。由于HIV繁殖存在错误率高的逆转录这一独特的复制过程，因此在药物治疗中也最易出现耐药性。
新型CUT＆RUN技术实现单细胞全基因组定位
在一项新的突破性研究中，来自美国匹兹堡大学和马萨诸塞大学医学院的研究人员对一种称为CUT&RUN（cleavage under targets and release using nuclease）的方法进行改进，使得在使用少量细胞（包括单细胞和单个植入前胚胎）的情形下，它适合用来研究转录因子和
我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定
由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L.casei Zhang的全基因组序列测定分析历时15个月，近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定，标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。 L.casei Zhang是
我国首例输入性裂谷热病毒全基因组序列测定完成
记者从国家质量监督检验检疫总局获悉：7月24日凌晨，该局和军事医学科学院微生物流行病研究所联合攻关，获得了我国首例输入性裂谷热病例的病毒全基因组序列。 “测序结果确认了该输入性病例为非洲流行的裂谷热病毒感染所致。”军事医学科学院微生物流行病研究所研究员童贻刚告诉科技日报记者，经测定，该病毒基因
新一代超高通量基因组测序系统－GS－FLX开创科研无限新...
新一代超高通量基因组测序系统 GS FLX开创科研无限新可能GS FLX系统是由罗氏454生命科学公司推出的目前应用最广的超高通量基因组测序系统，研究人员利用高准确性、长读长的GS FLX系统快速的获得高质量的生物数据，取得科研突破性进展。自GS系统问世以来，于世界顶级杂志共发表250余篇高质量
罗氏454追踪“超级细菌”传播途径
2011年6月，一位女性肺部感染伴呼吸困难的患者被美国国家健康研究所的医院收治，很快被确诊感染了对多种抗生素具有耐药性的肺炎克雷博氏菌，在其住院期间医院使用了最严格的防止院内感染的措施，包括隔离病人、清洁病人所接触的医疗器械等等。在其住院期间，未发现院内感染事件，病人于2011年7月治愈出院。然而，
454用于人类微生物菌落项目
最近在Nature1及其他刊物中发表了多篇与人类微生物菌落项目(Human Microbiome Project)有关的文献，该项目已历时5年旨在发现人体不同部位的微生物菌落特征。而最近的这些文献的发表只是该项目大量数据的初步分析结果，随之而来的将是从更多分析方法角度带来的新的思路
高通量测序技术应用发展现状
根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以下几种：大规模平行签名测序(MassivelyParallel Signature Sequencing, MPSS)、聚合酶克隆(Polony Sequencing)、454焦磷酸测序(454 pyrosequencing)、Illumina
全基因测序法分析STEC
产志贺毒素大肠杆菌（STEC）是引起人类疾病的重要食源性致病菌之一，该分离菌能引起溶血性尿毒综合症（HUS），导致人体肾衰竭。2011年7月，由STEC引发的疫情曾在德国北部造成了至少22人死亡。事件爆发后，科研人员借助于快速全基因组测序方法分析疫情，并开发出一种实时荧光定量PCR检测试剂，精
全外显子测序和全基因检测的区别
全外显子测序和全基因检测的区别：全外显子组测序，是指利用序列捕获技术将只占基因组1%的外显子进行高通量测序，从而检测出约85%的致病突变，测序深度更高，数据更有效，变异检测更准确。全基因组测序，是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序，可以同时检测到外显子、内含子和调控序列，价格较
什么是高通量测序
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（"Next-generation" sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要