新技术有望叩开疾病研究的“黑匣子”
8月28日，由华大生命科学研究院牵头建设的基因组多维解析技术全国重点实验室联合多家机构，在《细胞》发布最新版本的时空组学技术Stereo-seq V2。该技术成功解决了困扰医学界多年的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本分析难题，首次实现了在同一张组织切片上，同时对人体细胞和入侵微生物的基因活动进行高分辨率“现场直播”。该技术如同一把万能钥匙，有望打开医学界存档临床病理样本的“黑匣子”，唤醒沉睡的医学宝藏，推动生命科学研究从“看见细胞”到“看懂细胞与微生物战场”的精准医学时代。修复病理样本信息FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）是一种经典的生物组织保存技术，可以理解为制作“组织标本琥珀”。在世界各地的医院病理科，保存着海量的FFPE样本，医生从患者身上取下病理组织（如肿瘤活检），先用福尔马林溶液将其“定格”，再用石蜡包裹，使其能在室温下长期保存。通过切片，科学家们可以从这些样本中提取出DNA、RNA和蛋白质等组学信息进行疾病研究。然......阅读全文
FFPE样本核酸（DNA/RNA）制备
福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织切片的存档代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。随着越来越多的研究人员转向 FFPE 样品的分子分析，开发特定的操作步骤，考虑这些样品的独特性质就变得越来越重要。QIAGEN 在 FFPE 样本纯化及下游检测整个流程中都提供完善的解决方案。QIAamp
FFPE组织样品的DNA和RNA纯化
福尔马林固定后石蜡包埋的组织简称为FFPE样品。将组织在 4–10% 的福尔马林中迅速固定。 固定时间限制在 14–24 小时 (越长的固定时间将越容易导致DNA的片段化，对下游实验不利)。将固定组织彻底脱水 (彻底脱去福尔马林残余，因为其阻碍蛋白酶K的作用)。 纯化DNA时，使用新鲜从石蜡块上切下
如何用FFPE组织样品进行高通量检测？
福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的样品代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，如何从这些样品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技术有限公司针对FFPE样品的高通量分析，建立了整套的SOP 标准解决方案，帮助广
如何用FFPE组织样品进行高通量检测？
福尔马林固定石蜡包埋的方法处理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE）的样品代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，如何从这些样品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技术有限公司针对FFPE样品的高通量分析，建立了整套的SOP 标准解决方案，帮助广大科
罗氏为FFPE样品推出两款新工具
罗氏诊断应用科学部近日宣布推出两款新产品：High Pure FFPET RNA Isolation Kit和RealTime ready cDNA Pre-Amp Master & Primer Pools，适用于福尔马林固定和石蜡包埋的组织(FFPET)。 据估计，现有超过10亿个
罗氏FFPE组织切片核酸纯化试剂盒操作说明
High Pure FFPET DNA Isolation Kit基于离心柱法的抽提原理，免去DNA沉淀和有机试剂抽提的步骤，是快速核酸抽提的理想工具。整个抽提过程仅需3小时（含脱蜡过程）；获得高DNA得率和质量；在qPCR，芯片分析和测序等下游应用中获得强大信号。图1：从FFPET样本中获得高得率
一步脱蜡法在FFPE样本DNA提取中的应用
什么是FFPE福尔马林固定石蜡包埋技术（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded, FFPE）是一种组织保存技术。这种技术为了维持细胞核蛋白结构，先用福尔马林固定然后将组织用固体石蜡包埋，以供切片后作组织学诊断或研究使用。FFPE技术的应用福尔马林由于可以与蛋白氨基发
Bruker与3M公司联合利用MALDI成像技术分析FFPE组织
美国时间2013年6月4日，布鲁克公司发布声明，表示已签署了一项独家ZL许可协议，允许布鲁克使用关于3M专项创新MALDI质谱成像技术。 该ZL许可包涵使用质谱分析技术检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织中的蛋白质。这一技术能使研究人员更容易地学习福尔马林固定，石蜡包埋(FF
研究人员基于FFPE样本构建甲基化图谱预测癌症原发部位
9月14日，《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心石建涛组完成的最新合作研究成果（DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic can
华大科技DNA建库起始量低至200ng
华大基因旗下全资子公司――华大科技服务有限公司(简称“华大科技”)，18日在福尔马林固定石蜡包埋组织样本测序技术上再获新突破，成功推出FFPE全基因组外显子测序(WES)技术。 目前，科研人员已成功实现外显子测序DNA建库起始量低至200ng，测序质量与正常样本相近，这将有助于更好地解读F
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...（一）
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行DNA质控靶向序列捕获和新一代测序前对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行 DNA 质量控制 作者Melissa Huang Liu安捷伦科技有限公司美国加利福尼亚州拉霍亚Maria Celeste Ramirez安捷伦科技有限公司美国
靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...（二）
捕获前扩增四个 DNA 样品按照样品前处理工作流程（图 1）进行进一步处理。对捕获前扩增样品进行五次 PCR 循环，然后采用 DNA 1000 试剂盒在 2100 生物分析仪上进行分析（图 3）。 图3. 使用 Agilent 2100 生物分析仪及安捷伦 DNA 1000 试剂盒分析所得的捕获前扩
样本抽提中RNA降解的解决方法
从临床样本出发进行芯片、测序等高通量生物学研究是最常用的思路，但样本采集过程受制于病理特征、病例数量等因素，耗时费力。无数期盼等来了期待中的临床样本，做个RNA抽提还常常……降解样本的RNA完整度低，长链RNA变成了短链，在常规的扩增过程中会发生探针检测的目的片段的丢失，导致芯片结果的不准确。遇到R
样本抽提中RNA降解的解决方法
从临床样本出发进行芯片、测序等高通量生物学研究是最常用的思路，但样本采集过程受制于病理特征、病例数量等因素，耗时费力。无数期盼等来了期待中的临床样本，做个RNA抽提还常常…… 降解样本的RNA完整度低，长链RNA变成了短链，在常规的扩增过程中会发生探针检测的目的片段的丢失，导致芯片结果的不
生物标志物研究与早期药物研发基因表达分析功...（四）
FFPET 样本特异性RealTime ready qPCR检测潜在生物标志物假设检验我们使用的第一套临床样本来自于各种用于人类研究的福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织。肿瘤来源的 FFPE 组织是临床试验或生物标志物研究中，治疗复合物研发最具有相关性的样本材料。使用 High Pure
JCAD通过抑制LATS2激酶活性促进非酒精性脂肪肝向肝癌的...
JCAD通过抑制LATS2激酶活性促进非酒精性脂肪肝向肝癌的发展非酒精性脂肪肝（NAFLD）是一种由于代谢紊乱引起的肝炎，也是肝癌（NASH-HCC）发生的重要来源之一。但是，对于NAFFLD如何向NASH-HCC发展的分子机制还不了解。来自复旦大学医学院的研究人员，通过石蜡包埋样本的检测与后续功能
新方法分析临床样本中的组蛋白翻译后修饰
欧洲肿瘤研究所（EIO）等机构的研究人员开发出一种基于质谱的流程，可分析FFPE临床样本中的组蛋白翻译后修饰。他们于上周在《Molecular & Cellular Proteomics》上详细介绍了这种技术。 利用这种技术，研究人员分析了一系列乳腺癌样本，发现Luminal A型乳腺癌和三阴
采用－RNA－ScreenTape－分析法进行－DV200－评估（二）
结果与讨论重现性对三个 FFPE RNA 样品进行五次独立重复测定，以对采用 RNA 和高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法获得的 DV200 重现性进行验证。两种方法均表现出较高的重现性，CV 小于 5%（图 3）。浓度依赖性采用 RNA 和高灵敏度 RNA ScreenTape 分析法
新技术有望叩开疾病研究的“黑匣子”
8月28日，由华大生命科学研究院牵头建设的基因组多维解析技术全国重点实验室联合多家机构，在《细胞》发布最新版本的时空组学技术Stereo-seq V2。该技术成功解决了困扰医学界多年的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本分析难题，首次实现了在同一张组织切片上，同时对人体细胞和入侵微生物的基因活动进行
基础知识：福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取
本篇文章是关于一个我们很少被问问题的题目，因为太简单，方法很常规结果也很少出错。我想说的是：福尔马林固定石蜡包埋组织的DNA提取。什么是FFPE组织？FFPE指的是为维持细胞核蛋白结构，先用福尔马林固定然后固体石蜡包埋，以便使用超薄切片机切成5-10微米厚的薄片的组织样品（通常是疑似肿瘤组织）。福尔
JCAD通过抑制LATS2激酶活性促进非酒精性脂肪肝向肝癌发展
非酒精性脂肪肝（NAFLD）是一种由于代谢紊乱引起的肝炎，也是肝癌（NASH-HCC）发生的重要来源之一。但是，对于NAFFLD如何向NASH-HCC发展的分子机制还不了解。来自复旦大学医学院的研究人员，通过石蜡包埋样本的检测与后续功能验证，找到了一个肥胖相关基因，KIAA1462（JCAD），
采用－RNA－ScreenTape－分析法进行－DV200－评估
Eva Graf 安捷伦科技有限公司 Waldbronn, Germany 摘要 RNA 测序文库制备工作流程的成功与否在很大程度上取决于 RNA 起始材料的质量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法获得的 RNA 完整值当量 (RINe) 是一种评
Nature子刊：解决肿瘤异质性的革命性技术
精准医疗是指与患者分子生物病理学特征相匹配的个体化诊断和治疗策略，被认为是继经验医学、循证医学之后的第三次医学革命。作为一种极为复杂的致命疾病，肿瘤是精准医疗最重要的领域之一。 肿瘤的精准医疗需要我们准确认识患者肿瘤的分子图谱。虽然人们已经拥有了强大的遗传学分析技术（比如二代测序NGS），但肿
采用－RNA－ScreenTape－分析法进行－DV200－评估（一）
摘要RNA 测序文库制备工作流程的成功与否在很大程度上取决于 RNA 起始材料的质量。采用 Agilent RNA ScreenTape 分析法获得的 RNA 完整值当量 (RINe) 是一种评估标准 RNA 测序的样品完整性的可靠且可重现的指标。由于 RNA 降解以及样品体积有限，从福尔马
Agilent－miRNA芯片在各类样本中的应用（一）
1.新鲜组织样本新鲜组织一般包括以人类疾病诊断及治疗为目的，经患者或健康人同意后，从患者的机体中切取的未经特殊化学试剂处理的病变组织或相邻健康组织，或者健康人的相同部位的对照组织。这些人类疾病相关的新鲜组织样本的整理、保存、研究对于提高疾病的诊断质量、促进临床工作、探讨及研究疾病的发病机制具有重要的
数字PCR技术精确检测癌症基因组扩增
来自斯坦福大学以及Bio-Rad的研究人员证实，数字PCR系统能够精确测定长期存放的癌组织样本中的癌症基因组扩增。该研究成果发表在《Translational Medicine》杂志上。 某些拷贝数变异(如基因组扩增)可能导致特定癌基因的过表达，推动癌症发展。靶定扩增的癌基因有望实现癌
赛默飞世尔再推癌症检测产品
赛默飞世尔科技公司近日宣布，适用于癌症研究的靶向检测产品线又增添四款新产品，包括Oncomine Immune Response Research Assay，它能够拷问肿瘤微环境，并鉴定免疫治疗临床试验中的预测性标志物。这一系列产品适用于Ion Torrent NGS平台，与FFPE样品兼容。
TaqMan探针基因表达分析全面升级
TaqMan探针对于大家来说不是什么新名词了，然而你知道吗，对于部分降解的RNA，如福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）样品中的RNA，TaqMan引物探针的设计有更多的讲究，你知道这是为什么吗？FFPE样本在固定时导致核酸相互交联且片段化，RNA片段的大小在50-300 nt，大部分片段在100 n
Illumina发布癌症研究的新产品
Illumina继年初推出NextSeq 500和HiSeq X Ten测序系统之后，日前再次推出新产品，能从与癌症相关的血液和组织中发现基因组变异。这些新产品将充分利用该公司的新一代测序和芯片扫描系统，为基础和临床癌症研究带来完整的解决方案。 分析FFPE组织中的RNA
Naica自动化微滴芯片数字PCR系统在HPV检测的应用
人类DNA中HPV16和HPV18的灵敏度和特异性检测 全世界有超过5％的癌症是因人乳头瘤病毒（HPV）导致的，它主要通过性传播的方式感染[1]。十多种HPV亚型由于其在细胞转化中的作用以及宫颈癌和口咽癌发病率的增加而被认为是高风险的。在这些亚型中，HPV16和HPV18是最普遍的，在大约70％的宫