北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）陈华团队在多物种联合等位基因频谱理论以及HKA（Hudson-Kreitman -Aguadé）检验的框架上，构建了CEGA（Comparative Evolutionary Genomic Analysis）方法。CEGA整合微进化过程与宏观进化过程模型，刻画了自然选择和群体历史在非编码区形成的遗传多态性“印记”，可高效、准确地检测作用于非编码区上的正向选择及平衡选择信号。CEGA同时分析物种间的分歧位点和物种内的多态位点信息。当两物种分化时间比较短时，多态位点蕴含的信息有助于准确推......阅读全文
华大基因成功开发移植瘤生物信息分析新算法――PDXomics™
2012年7月17日，华大基因宣布其成功开发出一套适用于异种移植瘤模型生物信息学分析的新算法——PDXomics™，该算法能够将移植瘤与宿主基因组序列进行区分，有效地排除后续分析中异源物种数据的污染，保证分析结果的准确性和可靠性，从而可使移植瘤模型更为有效的应用于肿瘤新药开发和疾病机理研究。
北京生科院提出基因组重复区域组装新算法
2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive
新算法能确定两神经元间的连接概率
据物理学家组织网10月18日报道，由德国哥廷根马普研究院科学家领导的一个研究小组，开发出一种破解连接脑神经线路的运算方法，通过检测总体神经元的活动，能确定两个神经元连接在一起的概率。了解神经元之间如何建立信号线路，有助于人们理解大脑的工作原理。相关论文发表在最近的《公共科学图书馆·计算生物学》上
科学家开发新的表观遗传通路统计算法
11月30日，国际学术期刊Nature Methods 发表了中国科学院上海营养与健康研究院计算生物学研究所Andrew Teschendorff组的研究论文“Identification of differentially methylated cell types in epigenome-
用AI预测和设计材料特性，新算法已显示巨大潜力
来自新加坡南洋理工大学、美国麻省理工学院和俄罗斯斯科尔科沃理工学院的研究人员相互合作，开发了一种机器学习算法，这种算法可以预测材料应变时性能的变化。 这项工作可能会为工程新材料带来极大的潜力，新材料可能会因此具有量身定制的特性，在通信、信息处理和能源领域拥有广阔前景。 这篇论文发表在 Pro
原噬菌体de－novo预测新算法在南海研究所建立
中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队建立了一种不依赖于噬菌体基因序列相似性的原噬菌体de novo预测新算法，集成分析流程的工具名为Prophage Tracer。9月22日，相关研究成果在线发表在《核酸研究》上。 烈性噬菌体侵染细菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主细胞释放子代噬菌体粒子。温和噬
科学家研发新算法－可快速揭示细胞内部结构
借由高功率显微镜和机器学习，美国科学家研发出一种新算法，可在整个细胞的超高分辨率图像中自动识别大约30种不同类型的细胞器和其他结构。相关论文发表在最新一期的《自然》杂志上。 领导该COSEM（电子显微镜下细胞分割）项目团队的奥布蕾·魏格尔说，这些图像中的细节几乎不可能在整个细胞中手动解析。仅一
新算法高效预测病毒天然宿主－可助人类预防传染病
据美国《科学》杂志4日消息，英国格拉斯哥大学研究团队发布了一项最新人工智能研究报告：科学家借助全新的机器学习算法，可以更高效地从基因层面预测埃博拉和寨卡等病毒的天然宿主，从而采取措施预防这些病毒传播到人类身上。图片来源于网络 科学家一直试图在第一时间发现病毒的天然宿主，这对人类的传染病防控事
新算法可使用遗传标记来预测糖尿病肾脏疾病
肾脏疾病是糖尿病的一种常见的、不可逆转的并发症。研究人员开发了一种算法，利用遗传标记提前数年预测2型糖尿病患者是否会发展成肾脏疾病，这可能为早期诊断和治疗这种可预防的疾病提供一种方法。 根据世界卫生组织的数据，全球2型糖尿病患者的人数从1980年的1.08亿上升到2014年的4.22亿。糖尿病
大数据成为反腐利器－新算法体系精准发现疑似问题线索
如何从碎片化、结构化的电子政务大数据中发现疑似问题线索？ 中科院计算所的研究团队经过长期研究找到了答案。 “在不同电子政务系统产生的偶然数据中蕴含着具体人、具体事的必然章法和趋势。”在中科院计算所研究员方金云看来，大数据具有使小恶小善振荡放大的力量，有助于从电子政务数据中精准发现疑似问题线索
加速新药研发！新算法助力质谱数据准确高效预测小分子
小分子的鉴定是生命科学一项关键任务。质谱（mass spectrometry，MS）可用于分析化合物成分，高通量质谱技术能够从数十万个环境中收集小分子的串联质谱。然而，现有的方法是基于化学领域的知识，无法解释小分子质谱中的许多峰。 卡内基梅隆大学和俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员提出一种算法—
一种新的酵母菌细胞明场图像分割算法
酵母菌细胞由于其易培养和易操作性已成为一种在生物学界被广泛应用的模式生物。在遗传学研究中，对已发生基因突变的与人类遗传疾病有关的酵母进行表型研究，极大地提高了人类疾病的诊断和治疗水平。然而，在研究中，研究人员通常需要采集大量的酵母细胞图像，观察基因突变或不同药物处理下的细胞结构和行为。比较常用的
缺陷检测算法
基本两个步骤：1、缺陷检出，算法较多，本人认为是不变矩阵法和主成分分析法；2、缺陷识别和分类,多数使用BP神经网络进行训练，提高识别率。
基质效应的算法
化学分析中，基质指的是样品中被分析物以外的组分。基质常常对分析物的分析过程有显著的干扰，并影响分析结果的准确性。例如，溶液的离子强度会对分析物活度系数有影响，这些影响和干扰被称为基质效应（matrix effect）。去除方法 目前最常用的去除基质效应的方法是，通过已知分析物浓度的标准样品，同时尽
新算法可预测妊娠期糖尿病－防患于未然
近日，魏兹曼科学研究所研究人员今天在《Nature Medicine》杂志上发表的一项研究表明，一种新的计算机算法可以预测在怀孕的早期甚至怀孕之前，哪些女性处于妊娠糖尿病的高风险。该研究分析了以色列最大的卫生组织Clalit Health Services提供的近60万例怀孕数据。基于这些预测，可以
哈希算法原理和用途
哈希是一种加密算法，也称为散列函数或杂凑函数。哈希函数是一个公开函数，可以将任意长度的消息M映射成为一个长度较短且长度固定的值H（M），称H（M）为哈希值、散列值（Hash Value）、杂凑值或者消息摘要。它是一种单向密码体制，即一个从明文到密文的不可逆映射，只有加密过程，没有解密过程。
遗传算法－的特点
（1）算法从问题解的串集开始搜索，而不是从单个解开始。这是遗传算法与传统优化算法的极大区别。传统优化算法是从单个初始值迭代求最优解的；容易误入局部最优解。遗传算法从串集开始搜索，覆盖面大，利于全局择优。（2）遗传算法同时处理群体中的多个个体，即对搜索空间中的多个解进行评估，减少了陷入局部最优解的风险
AI诊断新算法－可提前十年查出老年痴呆症
近日，意大利巴里大学的研究人员研究出一种新算法，可以在阿尔兹海默症状出现前10年，发现由疾病引起的大脑微小的结构变化，以达到尽早检测出阿尔兹海默症的目的。 研究小组通过对67个核磁共振成像扫描来训练他们的人工智能，其中有38个来自老年痴呆症患者，29个来自健康人的控制。研究人员将扫描结果分
港中大等研发新演算法预测糖尿病患者肾脏功能
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国产新算法让传统计算机也能完成“悬铃木”的任务
近日，来自中国科学院理论物理研究所的科研团队使用传统超算解决了谷歌“悬铃木（Sycamore）”量子计算机用以论证“量子优越性”的示例问题。 2019 年，谷歌开发的“悬铃木”量子计算机首先达到量子优越性里程碑：该计算机在 200 秒内完成随机电路采样任务，谷歌研究团队认为即使是当时美国最强大
基因组所设计开发出检测密码子使用偏好的新算法
近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员带领其团队，成功设计开发出检测密码子使用偏好（Codon Usage Bias，简称CUB）的新算法：密码子偏差系数模型（Codon Deviation Coefficient，简称CDC）。该研
蛋白质冷冻电镜投影图像有了三维重构新算法
从冷冻电镜的多个二维投影图像进行三维重构，获得蛋白质的三维结构。 兰州大学供图蛋白质结构解析是分子生物学的核心课题，对于人们认识蛋白质的功能，理解疾病的发病机理，进行药物设计和疾病治疗等都具有非常重要的意义。近年来，冷冻电镜技术在测定生物大分子结构方面取得了突破性的进展，虽然目前DeepMind 公
代谢物结构鉴定新算法MetDNA，克服标准MS/MS谱图库依赖性
近日，国际学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）杂志发表了由中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心研究员朱正江课题组的最新研究成果“Metabolic Reaction Network-based Recursive Metabolite Annotat
一项新的研究发现，搜索算法中的性别偏见会影响用户
一组心理学研究人员的一项新研究发现，不分性别的网络搜索结果仍然以男性为主。此外，这些搜索结果通过促进性别偏见对用户产生影响，并可能影响招聘决策。这项研究发表在《美国国家科学院院刊》(PNAS)上，是最新发现人工智能(AI)如何改变我们的感知和行为的研究之一。纽约大学心理学系博士后、该论文的第一作者M
深度学习算法“解密”脑活动
英国《自然·医学》杂志9月25日在线发表的一项研究，报告了一种可以分析四肢瘫痪患者大脑活动的深度学习算法。该算法已被用于向患者的前臂肌肉传递电刺激，从而恢复瘫痪肢体的功能性运动。 慢性瘫痪患者的生活质量可以通过脑机接口加以改善。脑机接口可以将控制运动的中枢神经系统回路和辅助设备（例如计算机光标
AFM海森斑点的算法
King和同事采用一种名为海森斑点的算法解决这个问题。海森斑点算法将尺度空间框架与局部图像曲率值相结合，能够在亚像素精度上正式定义粒子中心和边界。最终产生的粒子边界与用户定义参数相互独立，也不需要对图像进行预处理。他们对不同算法进行了直接比较，发现海森斑点算法能够比传统原子力粒子检测技术更精确地对生
商用密码算法的“中国远征”
起码需要5、6年时间。”一位来自德国的“老标准”给中国密码标准的国际“起步”估了个“时间戳”。那是2015年初，国家密码管理局计划启动SM系列算法的ISO（国际标准化组织）国际标准推进工作。在没有太多经验情况下，希望找到多年从事密码标准工作的国际友人，想摸个底，可前景却不太乐观。 “在ISO这
常见的哈希算法有哪些
1.linear hash 线性2.quadratic hash 每次以1,4,9,16这样的幅度向下找3.double hash 用两个函数一起决定HASH的index
scan扫描算法要到端吗
scan扫描算法要到端。扫描算法（SCAN）也叫电梯算法。只有磁头移动到最外侧磁道时才能往内移动，移动到最内侧磁道的时候才能往外移动。
新算法变普通照片为三维动态图－可用于考古等多个领域
据奥地利维也纳理工大学报道，该校科学家在实施一项名为“Harvest4D”研究计划过程中开发出一种新算法，只需用现有二维图像数据就能很容易地生成3D图，不必专门采集三维数据，生成的3D图还能变成随时间变化的4D图，可用于从考古到洪水研究等一系列领域。 研究人员首先利用激光扫描测量实际的物体结构