Nature2015最佳评论文章：汤富酬、文路、马晓娅入选
Nature杂志近日展开了一年一度的年终大盘点，评出了2015年的最佳评论文章。本次盘点选入了三名中国学者的两篇文章，他们分别是北京大学的研究员汤富酬和研究员文路，以及云南大学的研究员马晓娅。 汤富酬和文路在这篇文章中重点介绍了Grün等人开发的RaceID的算法，该算法能够在复杂的细胞混合物中有效鉴定稀有细胞类型。 Grün等人从体外培养的小鼠“迷你肠”获得238个细胞，并对它们进行了单细胞转录组测序。然而，标准聚类算法无法鉴别稀有细胞（分泌细胞谱系）中的亚类。他们为此开发了一种聪明的算法，RaceID。 RaceID假定给定细胞类型强力表达一些特异性的“异常值”基因。只要仔细排除技术和生物学噪音，就可以从测序数据中鉴定到这些基因。Grün等人通过RaceID鉴定了新的分泌细胞亚型，并且在体内验证了它们的存在。 汤富酬和文路在文章中指出，通过研究者们的不懈努力下，不久的将来我们将能绘制完整的人体细胞谱系图。（下接：......阅读全文
汤富酬最新综述：单细胞测序与干细胞
干细胞能够分化成为机体内任何类型的细胞，既是研究人体早期发育的理想工具，也是细胞治疗的宝贵资源。细胞间差异和异质性是干细胞群体固有的基本特性。如果我们对一群细胞进行组学分析，这些关键的信息就会被掩盖。 单细胞测序技术是近几年备受关注的强大工具，可以在同种干细胞中全面剖析细胞异质性，鉴定不同表型
北大汤富酬等人揭示人类胚胎发育机制
基因表达图 近日，北京大学研究团队采用先进的单细胞 RNA-Seq 转录组测序技术绘制出了完整的人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组图谱，这一重要的研究成果发表在9月的《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)杂志上。 由
北大汤富酬发表表观基因组新成果
表观遗传学修饰可以在不改变DNA序列的情况下调控基因的活性。基因表达在时间和空间上的表观遗传学调控，对于人类发育是至关重要的。近年来，表观基因组已经成为了生物医学领域的一大研究热点。 北京大学的研究团队对早期人类胚胎进行深入研究，获得了胎儿大脑、心脏和肝脏的表观基因组景观。这一成果发表在十二月
北大汤富酬Cell－Stem－Cell点评重编程研究成果
将体细胞重编程为诱导多能干细胞的iPS技术有着广阔的应用前景。但目前人们对iPS体细胞重编程的分子机制还知之甚少。这主要是因为目前iPS重编程的效率比较低，得到的细胞存在很大的异质性。 北京大学生物动态光学成像中心BIOPIC的研究员汤富酬和助理研究员文路在Cell Stem Cell杂志上
北大乔杰、汤富酬、黄岩谊发表环状RNA新成果
早在几十年前，生物学家们就发现了环状RNA。与线性RNA相比，环状RNA受到的关注比较少，一直被认为是剪切过程中发生的错误。随着二代测序的发展，近几年人们意识到环状RNA其实是非常普遍的。这些分子广泛存在于多种生物的细胞中（从古生菌、酵母、小鼠到人类），能够通过不同途径影响基因表达，很可能在细胞
2018单细胞测序盘点：北大汤富酬教授连发11篇论文
单细胞RNA测序技术随着近几年的迅速发展，已在多个领域，从早期胚胎发育到组织和器官发育、以及免疫学和肿瘤学开花结果。 2018年，这一领域国内外成果不断，比如北京大学的汤富酬课题组就接连发表了11篇文章，获得了单细胞测序领域的接连重要成果。 3月，这一研究组与中国科学院生物物理研究所王晓群课
汤富酬－乔杰再发文：绘制人类心脏高精度发育细胞图谱
人类胚胎发育是一个极其复杂的过程，从一个单细胞的受精卵开始，首先经过着床前胚胎发育产生胚内和胚外组织，再到着床后原肠胚阶段三个胚层的特化，进而到器官发生、分化、成熟，及至新生命的诞生。整个两百八十天的胚胎发育过程从一个单细胞受精卵增殖发育形成含有上万亿个细胞的婴儿，期间基因表达受到严密、精准的调
北大汤富酬、乔杰团队Cell－Res表观遗传学新成果
生物通报道：2016年11月8日，国际著名期刊《Cell Research》在线发表了北京大学汤富酬、乔杰团队题为“DNA methylation and chromatin accessibility profiling of mouse and human fetal germ cells”
汤富酬Nature－Cell－Biology发文－揭示人类消化道发育细胞图谱
人类胚胎发育过程中食道、胃、小肠、大肠的细胞类型图谱及其关键生物学特征。 消化系统是人体中最重要的器官系统之一，而消化道作为消化系统最重要的组成部分，其在食物消化、营养吸收、废物排泄、抵抗微生物入侵等多个方面起着极其重要的作用。消化道主要由食道、胃、小肠、大肠组成。揭示这四种器官在人类胚胎发育
北大汤富酬、乔杰、付卫Science发表结直肠癌新成果
结直肠癌是胃肠道中常见的恶性肿瘤。基因组不稳定性、表观遗传异常以及基因表达失调是结直肠癌的典型分子特征。以往的单细胞研究只能分别检测基因组、甲基化组或转录组，而不能以单细胞分辨率同时开展多组学研究。 为了更好地了解结直肠癌的发展，北京大学的研究团队开发出一种单细胞测序方法，不仅能够分析单细胞的
Nature2015最佳评论文章：汤富酬、文路、马晓娅入选
Nature杂志近日展开了一年一度的年终大盘点，评出了2015年的最佳评论文章。本次盘点选入了三名中国学者的两篇文章，他们分别是北京大学的研究员汤富酬和研究员文路，以及云南大学的研究员马晓娅。 汤富酬和文路在这篇文章中重点介绍了Grün等人开发的RaceID的算法，该算法能够在复杂的细胞混合物
Nature－Methods－：北大汤富酬团队揭示单个细胞内高阶染色质结构
调控基因组元件的高阶三维(3D)组织为基因调控提供了拓扑基础，但尚不清楚哺乳动物基因组中的多个调控元件如何在单个细胞内相互作用。 2023年8月28日，北京大学汤富酬团队在Nature Methods （IF=48）在线发表题为“scNanoHi-C: a single-cell long-r
北大汤富酬课题组发表单细胞表观多组学测序技术新成果
2017年6月16日，北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研
北京大学汤富酬等团队发布单细胞测序技术最新研究成果
基于第三代测序（TGS）平台的单细胞RNA-seq技术的进步加速了生物学研究。自2016年以来，已经开发了几种基于TGS平台的单细胞RNA-seq方法。由于受到低准确度和灵敏度的限制，它们要么结合基于NGS平台的方法降低错误率，要么通过牺牲通量来提高检测率。 2023年1月11日，北京大学汤富
李劲松/陈子江/汤富酬实现核移植扩增人源精子的新方法
哺乳动物单倍体胚胎干细胞（haESCs）由于仅存在一组遗传物质，因此是进行遗传分析的理想工具。重要的是，当与CRISPR-Cas9技术结合使用时，雄激素性haESC（AG-haESCs）可以用作精子的替代品，并在生物水平上用于破译基因功能。然而，迄今为止，只能在啮齿动物中获得AG-haESCs
北大汤富酬团队首次在单细胞水平上从头组装人类基因组
基因组组装受益于具有更高准确性和更高连续性的长读长测序技术。然而，大多数人类基因组组装需要来自同质细胞系的大量 DNA，而不会保持细胞异质性，因为细胞异质性会严重影响单倍型组装结果。 2022年7月12日，北京大学汤富酬团队在Nucleic Acids Research （IF=19）在线发表
刘光慧/汤富酬/曲静在骨关节炎基因治疗获新进展
细胞衰老和干细胞耗竭作为机体衰老的重要标志，是驱动老年疾病发生发展的重要因素【1】。骨关节炎是一种常见的衰老相关疾病，其发病率随年龄增长而逐渐增加。伴随着衰老，关节内的多种细胞，如软骨细胞、滑膜细胞、间充质干细胞均发生细胞衰老及功能退化。其中，间充质干细胞的衰老被认为是骨关节炎发病的重要诱因之一
北大科学家解析小鼠着床前胚胎中的单碱基分辨率5fC谱图
2017年3月23日，北京大学BIOPIC中心汤富酬课题组与生命科学学院伊成器课题组合作在《Cell Stem Cell》杂志上发表了题为“Single-Cell 5-Formylcytosine Landscapes of Mammalian Early Embryos and ESCs at
研究人员通过单细胞测序技术揭示骨关节炎发病机制
骨关节炎是目前世界上广泛发生的软骨退变疾病。我国研究人员近期通过单细胞转录组测序技术，发现了与骨关节炎软骨退变有关的新的细胞亚型及其分子标志物。据悉，这一研究有助于揭示骨关节炎软骨退变发病机制，将为骨关节炎的诊断和治疗提供重要参考。 这一由北京大学生命科学院汤富酬课题组和中国人民解放军总医院王
研究人员通过单细胞测序技术揭示骨关节炎发病机制
骨关节炎是目前世界上广泛发生的软骨退变疾病。我国研究人员近期通过单细胞转录组测序技术，发现了与骨关节炎软骨退变有关的新的细胞亚型及其分子标志物。据悉，这一研究有助于揭示骨关节炎软骨退变发病机制，将为骨关节炎的诊断和治疗提供重要参考。 这一由北京大学生命科学院汤富酬课题组和中国人民解放军总医院王
中国科学家系统揭示人类消化道“发育细胞图谱”
人类消化道有多少种细胞类型？它们“长”什么样？经过多年联合攻关，我国科学家近日在国际上首次全面、系统地阐明了食道、胃、小肠和大肠4种器官在人类胚胎发育过程中的基因表达图谱及其信号调控机制，为消化道生物学研究领域提供了全面、翔实的发育细胞图谱数据。 由北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）、北
造血干细胞前体神秘面纱揭开
军事医学科学院307医院刘兵课题组联合北京大学汤富酬课题组、中国医学科学院袁卫平课题组，高效捕获稀有的造血干细胞前体，从而在单细胞功能及分子层面揭开了其发育过程的神秘面纱。“中国造血干细胞之父”吴祖泽院士称之为“全球造血干细胞发育领域具有里程碑意义的重大发现”。19日，《自然》杂志在线发表了这一
成功避免单基因遗传病试管婴儿诞生
日前，世界首例经MALBAC基因组扩增高通量测序进行单基因遗传病筛查的试管婴儿，在北京大学第三医院诞生。这标志着我国胚胎植入前遗传诊断技术已处于世界领先水平。 婴儿父亲所患的单基因遗传病是指由基因组DNA上一个或一对等位基因突变所导致。大部分单基因病具有致死性、致残性或致畸性，除部分可以通过
人类胚胎着床过程首次被解析
一枚受精卵长成一个婴儿，需在发育的第7天左右着床才能存活，这期间的人胚胎细胞无法获取，难以解析。22日，《自然》杂志登载了我国北京大学汤富酬与北医三院乔杰联合团队研究的最新突破，他们利用体外模拟人类着床策略和高精度单细胞测序技术，展现了“黑盒子”中的乾坤。 “临床上，着床失败是导致早期流产的重
上海生科院合作揭示受精卵DNA去甲基化重要机制
9月11日，国际学术期刊《细胞—干细胞》（Cell Stem Cell）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所徐国良研究组、李劲松研究组和北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组的最新研究成果Active and Passive Demethylation
胚胎发育研究新成果－将助不孕不育疾病诊治
从北京大学第三医院获悉，该院乔杰教授团队与北京大学生命科学学院汤富酬研究员团队合作，系统阐述了人类生殖细胞及胚胎发育过程中的基因表达图谱及调控机制，这将为不孕不育等生殖相关疾病的诊断、治疗提供靶标。目前这一最新研究成果已在《Cell Stem Cell（细胞干细胞）》杂志在线发表。 在全球范围
中外牛人眼中的生物技术前沿
今年三月Nature Biotechnology就满二十了。该杂志近日推出周年特刊对生物技术领域的发展进行了回顾和展望，还邀请相关领域的五十名杰出研究者，分享他们眼中最激动人心的前沿研究以及最受期待的技术。 秦钧（Jun Qin）：蛋白质组学最激动人心的前沿是，从穿刺活检样本鉴定一组蛋白，在3
研究揭示骨关节炎基因治疗的关键分子靶标
骨关节炎是与机体衰老密切相关的退行性骨关节病，严重影响老年群体的生活质量。对于骨关节炎患者，目前尚无安全有效的治疗方法。间充质干细胞的衰老和耗竭被认为是骨关节炎的主要诱因之一。因此，揭示间充质干细胞衰老的分子机制将为有效干预骨关节炎提供线索和靶标。 中国科学院生物物理研究所刘光慧研究组、北京大
Cell－Research解析小鼠原肠期胚胎胚层形成的表观遗传规律
细胞命运决定过程的调控机制是哺乳动物胚胎发育研究领域关注的重点。在哺乳动物胚胎发育过程中，具有全能性的合子会依次经过桑椹胚期、囊胚期、原肠胚期等，最终形成能够发挥完整生物学功能的个体。其中，外、中、内三个胚层形成的原肠运动时期对后续胚胎发育蓝图的构建起着至关重要的作用。 表观遗传调控在哺乳早期
北京大学Nature发布重要甲基化景观图
来自北京大学、教育部辅助生殖重点实验室、哈佛大学等机构的研究人员，绘制出了人类早期胚胎全基因组水平的DNA甲基化景观图谱，提出了有别于以往小鼠研究结果的一些新见解。这些研究结果发表在7月23日的《自然》（Nature）杂志上。 北京大学第三医院的乔杰(Jie Qiao)教授以及汤富酬(Fuch