PacBio如何获得又长又准确的reads
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序（CCS）为基础开发出一种方案，能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome”的文章于近期发表在预印本网站bioRxiv上。 第一作者、PacBio生物信息学部门的首席科学家Aaron Wenger表示，这项研究是在2018年年中开展的。他们的最初想法是开发出一种方法来改善reads，但Wenger和他的同事并不知道如何整合长读长和短读长测序的不同用法。 “一开始，我们的想法是让长reads变得更加准确，就像短reads一样，这样人们就能够将为短reads开发的软件应用在这些......阅读全文
长读长测序的“灾难”——检测结构变异成为空谈！
长读长测序技术以其读长的优势，能够更大程度的检测结构变异（Structural Variations，SV）。然而面对市面上常见的Nanopore测序技术，检测结构变异的事实真的如此吗？在今年11月bioRxiv杂志上发表的文章则指出：使用Nanopore对具有反向重复结构的CNV序列进行DN
INCSeq：提高纳米孔测序准确性的新方法
新加坡基因组研究院（GIS）的研究人员开发了一种方法，称为INC-Seq，能够提高牛津纳米孔技术公司掌上测序仪MinIon的测序准确性。目前他们正努力改进该方法，将它应用到复杂样本的16S测序、RNA测序以及基因组复杂区域测序等中。 研究人员在近日发表于《Giga Science》的文章中描述
浅谈NGS的这10年（三）
454平台和Ion Torrent平台相比于其他的短读长平台而言，能够提供较长的read读长，分别大约在700bp与400bp，因此在基因组结构较为复杂的研究上应用 较多。然而，由于同样都是基于SNA技术，它们都拥有相同的缺点。虽然，其在非碱基多聚体（non-homopolyme
Illumina斥资12亿美元收购PacBio－加速基因测序行业整合
2018年11月1日，Illumina公司宣布收购Pacific Biosciences公司。Illumina将以后者每股8美元的价格以全现金交易的形式收购该公司。这一价格比Pacific Biosciences在2018年10月31日市场收盘时的30个交易日成交量加权平均股价溢价71%，按完全
PacBio－Q3收入下降，但仪器安装创新高
Pacific Biosciences公司在上周四收市后宣布，其第三季度的收入同比下降33%，因为去年第三季度收到了罗氏的1000万美元里程碑付款，而今年没有。这家单分子测序公司第三季度的总收入为1390万美元，低于华尔街预计的1580万美元。 在今年第三季度，PacBio的产品收入（包括仪
继英国之后，Illumina收购PacBio再受美国监管机构反对
当地时间2019年12月17日，美国联邦贸易委员会（Federal Trade Commission，FTC）宣布已授权采取行动，以阻止Illumina提出的以12亿美元收购PacBio的交易。 FTC在一份尚未公开的行政申诉中表示，Illumina试图通过“合并作为新生竞争威胁的PacBio
Pacific－Biosciences推出新的Sequel－II测序系统
Pacific Biosciences of California Inc.（纳斯达克股票代码：PACB）是基因组，转录组和表观基因组的高质量测序的领先供应商，于4月24号宣布Sequel®II系统的商业发布。该系统包括新的8M SMRT®Cell，以及配套试剂，仪器控制软件和SMRT Link
测序简史（三）
什么是miRNA测序成熟的microRNA（miRNA）是17~24nt的单链非编码RNA分子，通过与mRNA相互作用影响目标mRNA的稳定性及翻译，最终诱导基因沉默，调控着基因表达、细胞生长、发育等生物学过程。基于第二代测序技术的microRNA测序，可以一次性获得数百万条microRNA序列，能
三代测序数据漫谈
三代明星：PacBio及其序列数据再来看看江湖呼声渐涨的三代测序技术。目前三代测序市场上，表现最为抢眼的莫过于以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies为代表的纳米孔单分子测序技术。与前两代相比，三代测序最为核心的特点就是单分子测序，测序过程无需进
带您了解第三代基因测序技术
高通量测序技术（也称为二代测序技术）迅猛发展，已逐步广泛应用于基因检测的多个方面的临床服务，其对于单核苷酸多态性和小于50bp的插入或缺失变异检测相对比较准确，但是大的结构变异检测却非常困难。另一类以不经过扩增的单分子测序和长读长为标志的DNA测序技术也随即问世，这类测序技术被称为第三代测序技术
详解牛津纳米孔测序仪
2014年的ASHG年会于10月18日开始在圣地亚哥举行，有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinIon的现场演示，技术之创新，令人震惊!21日下午，牛津纳米孔公司特地在旁边的Hardrockho举行了一个小型的封闭式的技术说明会，讲解了纳米孔的测试结果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
PacBio－RS－II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧]
PacBio RS II测序系统一经推出，其长读长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇，尤其是在HLA检测分型领域，国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发，推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。His
英机构提议阻止Illumina收购PacBio－维护测序市场公平竞争
大约一年前，美国基因测序巨头Illumina宣布了其20年发展史上最大的一笔交易，一时震惊了整个基因测序行业。 2018年11月，Illumina与英国三代测序上游制造商PacBio宣布签署了一项收购协议，Illumina将斥资12亿美元以全现金交易形式收购PacBio，将长读长测序技术收入囊
PacBio－RS－II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧]
PacBio RS II测序系统一经推出，其长读长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇，尤其是在HLA检测分型领域，国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发，推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。 His
2022年PacBio营收1.28亿美元，继续专注长度条测序
Pacific Biosciences近日发布2022年财政报告，由于用户等待该公司最新的 Revio 长读长测序仪导致其他测序仪器需求下降，其 2022 年第四季度收入同比下降 24%。2022年收入1.28亿美元，较上年1.31亿降低1.7%；净亏损3.14亿美元。第四季度概况 第四季度总
RNAseq综述（二）
短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method)，部分原因是这种方法比芯片成本更低，操作更方便，但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面，更高质量的数据，这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长
PacBio技术助力两种水生生物的基因组组装
对于吃货而言，水生动物是餐桌上的美味。对于科学家而言，它们则具有重要的研究价值。了解它们如何适应不同的环境条件，对水产养殖业而言具有重大意义。为此，科学家们近日对两种水生动物进行了基因组组装。 章鱼一向给人一种聪明的感觉。凭借其复杂的大脑、感觉器官和神经系统，章鱼可以带给我们一些关于学习、记忆
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
新一代测序十年记：后起之秀PacBio
在新一代测序技术崛起的早期，市场主要被Illumina、Life Tech和Roche这三家公司占领。偶尔也有一些新的测序平台出现，但大多是雷声大雨点小，不久便没了下文。面对这些强大、成熟的系统，新平台要想站稳脚跟，的确不是件容易的事。 在2010年的AGBT年会上，Pacific Biosc
不老的传说PacBio第三代测序应用新进展
自然界中存在着各种奇妙的生物，扁形虫(flatworm)就是其中一种，科学家发现，永生的秘密或许就藏在扁形虫身上。这些生活在湖泊和池塘的蠕虫具有一次又一次再生的非凡能力，相当于可以长生不老。 如果将一条扁形虫一刀两断，带着头的那一部分会再长出一条尾巴来，而带着尾巴的那一部分
PCRfree的靶向捕获技术遇上PCRfree－PacBio－SMRT测序
高通量测序技术已经被广泛用于疾病基因组特征和分子机制研究，研究策略无非是全基因组测序或是靶向测序，在靶向测序中，常见的靶向富集技术有PCR扩增目的区域或基于探针的靶向捕获技术，但这两种方法都很难绕过一个关键步骤－PCR扩增，使得研究人员无法对原始的基因组区域进行测序，从而无法保证测序结果的真实性
斯坦福大学借助PacBio首次临床全基因组测序
在Ricky Ramon 7岁时进行一次例行检查中，犹豫不决的儿科医生送他去拍一张胸部X光片，结果显示在他心脏左上腔里有一个良性肿瘤。对于Ramon来说，这是长达二十年的痛苦而漫长的就医史的开始——伴随他20年的，是没完没了的预约、诊断、和手术。 在此期间，非恶性肿瘤不断重新出现在Ramon的
PacBio－Q3收入大涨77％，上调全年收入预期
Pacific Biosciences公司本周一表示，在第三季度收入同比增长77%之后，该公司上调了2023年全年收入预期。公司预计2023年总收入在1.95亿美元到2.00亿美元之间，与2022年相比增长52%到56%。在截至9月30日的三个月里，PacBio的营业收入
PacBio三代单分子测序获表观遗传研究新发现
来自福建农林大学海峡联合研究院林学中心等处的研究人员发表了题为“Comprehensive profiling of rhizome-associated alternative splicing and alternative polyadenylation in moso bamboo (P
PacBio助力100K基因组计划最新进展
今年1月我们报道了Pacific Biosciences公司加入100K基因组计划，该计划将对10万种食源性病原微生物基因组进行测序。最近，该项目研究者宣布，利用PacBio单分子实时(SMRT)测序技术，他们已经完成了20种食源性病原微生物的基因组，并且已经将序列和完整的表观遗传学信息发布
一台笔记本电脑、一个USB！科学家在南极完成了测序
在过去的几年中，研究界和商业界已经开始开发能用于野外现场研究的测序仪，牛津纳米孔技术就是典型的例子之一。牛津纳米孔公司的MinION测序仪是这几年备受瞩目的一款手持式纳米孔测序商业设备，去年人家可是上过太空的，它也是唯一上过太空的测序仪。如今，科学家们又仅凭一台MinION设备、一台便携式电脑就
J.P摩根健康大会－BGI/Illumina/Agilent等11家基因企业报告要点
导语 一年一度的J.P.摩根健康大会，是全球健康领域各大政企资本的聚会，超过450家公司，逾9000人参与。首日比尔盖茨站台发声，不仅提出5年已投入健康120亿美元，屡次提到微生物组、遗传病技术和传染病、微生物组等（演讲全文）；Illumina和Thermo Fisher 高调展开合作外，发布
科研人员开发出低DNA用量、无扩增的PacBio建库技术
基因组信息在生命科学研究中具有重要价值。基于三代长读长的测序组装越来越广泛地应用于基因组学研究。其中，PacBio高保真测序技术因高精度的测序质量被认为是三代测序的金标准。然而，PacBio标准建库方法需要大量DNA输入，限制了其在小型昆虫或珍稀样本中的应用。DNA扩增虽然可以降低样本输入量，但
加拿大团队利用PacBio技术破译“筑坝高手”海狸的基因组
生物通报道 在建筑学方面，海狸筑坝的高超能力给了人类不少启示。在生物学方面，人类又能从海狸基因组中获得哪些启示呢？近日，加拿大的团队测序并分析了加拿大海狸（Castor canadensis）的基因组。他们在《G3: Genes, Genomes, Genetics》杂志上报道了这项研究的成果。
Nature重磅！PacBio－三代测序技术又一重大应用
近期，《Nature Biotechnology》上在线发表了一篇由西奈山伊坎医学院，生物信息学公司Sema4，纽约大学和佛罗里达大学的科学家们联合开展的研究结果。在这项新工作中，科学家使用PacBio长读长单分子实时测序技术(SMRT 测序技术)和新型算法进行微生物组菌株鉴定，提出不同种的微生