三次飞跃！半年攻克千个细胞HiC建库大关！
降低建库起始量一直都是安诺Hi-C产品的研发重点之一，2019年以来，安诺三维基因组学研发团队披荆斩棘、坚持不懈，用半年的时间攻克了千个细胞Hi-C建库大关，实现了降低Hi-C建库起始量的三次飞跃，成功将Hi-C建库起始量由500万个细胞逐渐降低至1千个细胞，率先实现了微量细胞样本Hi-C建库的产业化服务。 样本要求 样本类型：细胞（人、鼠或其他物种） 建库起始量：1千个交联细胞样本/文库 测序平台：Illumina HiSeq X Ten，PE150 文库质控 对10多例人和小鼠的细胞样本进行了稳定性测试，评估结果显示，人细胞样本的文库Interaction Rate均在85%以上，小鼠细胞样本的文库Interaction Rate均在80%以上，部分样本文库质控结果如下（小数据测试结果）。 人细胞样本Hi-C文库质控结果： 小鼠细胞样本Hi-C文库质控结果： cis/trans interaction比......阅读全文
三次飞跃！半年攻克千个细胞HiC建库大关！
降低建库起始量一直都是安诺Hi-C产品的研发重点之一，2019年以来，安诺三维基因组学研发团队披荆斩棘、坚持不懈，用半年的时间攻克了千个细胞Hi-C建库大关，实现了降低Hi-C建库起始量的三次飞跃，成功将Hi-C建库起始量由500万个细胞逐渐降低至1千个细胞，率先实现了微量细胞样本Hi-C建库的
解析肿瘤HiC多组学研究策略
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
仅需10万个细胞！“升级版”HiC技术，大大降低建库门槛
作为遗传物质的载体，染色体在细胞中并不是随机分布的。近年来，越来越多的研究开始关注染色体的空间结构。大量证据表明，染色体构象与基因表达、DNA复制、DNA损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。 Hi-C是近年发展起来的三维基因组学研究利器，由高通量测序技术（High-throughput seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-S
三维基因组（HiC）技术解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq
Nature－Genetics：GWAS和HiC技术解密全新癌症相关基因
睾丸癌是最常见的年轻男性癌症。铂类化疗是较为成功的治疗手段，但仍有少部分男性对其缺乏反应。一般患者的初次确诊年龄在二三十岁，这意味着他们今后的人生不得不忍受长期化疗带来的副作用。 伦敦癌症研究所（ICR）的科学家们调查了3万名男性DNA，发现了19种与睾丸癌有关的新基因变异。结合先前鉴定的遗传
解析肿瘤HiC多组学研究策略，IF≥10+文章不是梦！
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Se
北京基因组所单细胞中识别染色质类染色质拓扑的算法
基因组DNA和组蛋白以特定的形式高度折叠在细胞核中，这一高级结构即三维基因组学，对细胞核内的诸多生命活动至关重要。基于染色质构象捕获（3C），尤其是高通量技术（Hi-C，ChIA-PET）的发展推动了三维基因组的研究，发现了包括染色质拓扑相关结构域（TAD），染色质环等一系列层次化的结构特征。近
Nature子刊：癌症基因组三维结构和拷贝数变异关系
来自北京大学生命科学学院，清华-北大生命科学联合中心等处的研究人员发表了题为“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
英国剑桥大学首次报道DNA真实3D结构
剑桥大学和医学研究委员会剑桥分子生物学实验室的研究人员通过单细胞基因组成像技术，将小鼠胚胎干细胞放大了10万倍，得到了其不同部位DNA组合图像。 运用单细胞Hi-C 技术（Single-cell Chromosome conformation capture），以整个细胞核为研究对象，利用高通
我国学者利用SMRT、HiC等技术破解大豆Gmax_ZH13基因组
大豆是重要的粮食经济作物，为人类提供了主要的油料和蛋白资源。大豆起源于中国，古称“菽”，约在5000年前由其野生种驯化而来，随后广泛传播于世界各地。大豆在引种和改良过程中产生了遗传瓶颈效应，使来自不同主产区的大豆品种间具有显著的遗传变异。目前，我们广泛采用的大豆参考基因组来源于美国品种“Will
Cell：新技术揭开基因远距离调控与疾病关系
来自英国Babraham研究所的科学家发现了我们基因组中的结构与常见疾病的内在联系。利用Babraham研究所开创性的技术，研究结果能够解释大量遗传数据的生物学意义，将DNA序列的微小变化和疾病风险连接起来。发现这些未知的联系，将为设计新的药物和未来治疗包括类风湿关节炎和其他类型的自身免疫性疾病
Nature－Methods－|－郑晔开发三维基因组数据高保真模拟新工具
染色体构象捕获3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）测序技术已经逐渐成熟，成为研究远距离基因调控机制的重要方法。越来越多的学者提出分析Hi-C
Cell：基因组三维结构存在细胞异质性
美国国家癌症研究所、哈佛大学、马萨诸塞大学和麻省理工学院联合开展的一项研究发现，不同细胞和不同等位基因之间的基因组组织结构存在很大差异。这项研究成果于本周发表在《Cell》杂志上。 研究人员利用高通量的染色质构象捕获（Hi-C）和高通量的荧光原位杂交（hiFISH）光学图谱绘制来分析人包皮成纤
－Nature：人成纤维细胞中的染色质相互作用
Hi-C是基于“染色体构形捕捉”(称之为3C，因为三个单词的首字母都是C)的一项基因组技术，能以没有偏颇的方式在整个基因组中识别长距离成环相互作用。 Bing Ren及同事为Hi-C数据集建立了一个新颖的分析流程，其分辨率大大提高，使得顺式调控元素如增强子和启动子之间的相互作用可以被确定。
Nature：哺乳动物着床前胚胎染色体三维结构重编程
2017年7月13日，清华大学-北京大学生命科学联合中心颉伟研究组在《自然》杂志（Nature）上发表了题为《哺乳动物早期胚胎发育过程中染色体三维结构的亲本特异重编程》（Allelic reprogramming of 3D chromatin architecture during earl
构建详细全面的染色体互作图
染色体构象捕获（3C）技术正在改变我们对于基因组空间组织构架的理解。然而目前推测染色质相互作用，却受限于两个方面的困难：其一是生成高分辨率信号，其二是从多个背景来源中分辨信号。 近期两项最新的研究报道了这些方面的技术进展，第一篇文章描述了一种高分辨率4C-seq 新型工作流程和计算通道，
两篇Nature技术文章介绍基因组组织
【摘要】近期两项最新的研究报道了染色体构象捕获领域的技术进展，第一篇文章描述了一种高分辨率4C-seq 新型工作流程和计算通道，第二篇则报告一种新策略，能同时消除Hi-C数据中多个背景来源。 染色体构象捕获（3C）技术正在改变我们对于基因组空间组织构架的理解。然而目前推测染色质相互作用，却
一种全新肿瘤发生机制：增强子劫持
肿瘤细胞中有着大量的基因组结构变异（Structural Variation/SV），比如基因组的缺失、重复、倒位、异位等。一些很重要的结构变异已被证明和肿瘤的发生息息相关，并被用于肿瘤的分型与预后诊断，成为设计靶向治疗药物的重要依据。然而过去的研究大多数集中在SV介导的融合基因，比如由白血病中
最广泛的人类基因组相互作用图谱
最近，英国剑桥Babraham研究所和伦敦Francis Crick研究所的研究人员，开发并使用了一种新的技术，将基因组拼图中的点连接起来。就像连接点拼图，需要完成才能看到整幅图片，研究者的这项分析把称为启动子和增强子的调控因子连接起来，并指出了它们在小鼠和人类基因组中长距离内的物理相互作用。确
10月3日《自然》杂志精选
能保持宏观性质的马氏体合金 马氏体转变是无扩散的、固体到固体的相变，以经常会是非常有用的晶体结构变化为特征。相关应用包括医学传感器、环保电冰箱和能量转换设备。然而，重复的转变周期会造成“热滞变”，也会造成永久性损坏。Richard James及同事在本文中报告了由锌、金和铜组成的一种马
科学家提出深度学习框架用于发现癌症中的新突变
全基因组染色质构象捕获技术（Hi-C技术）已被证明是检测人类基因组中结构变异（SVs）的一种有效方法。然而，目前能够使用Hi-C数据进行全范围检测SVs的算法一直缺乏。目前的方法只能在不太理想的分辨率下，识别染色体间易位和长距离染色体内SVs（>1 Mb）。美国西北大学范伯格医学院研究人员基于深
Nature子刊发布最全面的基因组“通讯录”
启动子是控制基因开或关的关键DNA片段，它们的功能异常与多种疾病有关。科学家们在人类基因组中全面分析了启动子和增强子的远距离互作，绘制了迄今为止最全面的启动子互作图谱，有助于进一步理解疾病的遗传学基础。 这份图谱记录了上百万的启动子互作。“这就像是一本通讯录，现在我们知道通讯录中谁和谁在通话，
基因组的三维结构
摘要： 阐明染色质复杂结构的技术有染色质构象捕获(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技术4C、5C，这些提供了长距离的染色质相互作用，但不能扩展到整个染色质相互反应组。在2009年末，两种新方法的迸发，有望绘出全基因组范围的相互作用图谱。
Cell发布突破性染色质检测技术
来自美国麻省大学医学院的研究人员开发出了一项新技术，可以提供真核生物基因组的详细三维（3-D）图像，这有可能帮助科学家们解答一些有关染色质结构的关键问题。在发表于《细胞》（Cell）杂志上的研究论文中，这一称作为Micro-C的新技术使得研究人员能够以核小体分辨率来分析染色体折叠，填补了以往一些
弥补ChIPseq缺陷的新工具
来自美国麻省大学医学院的研究人员开发出了一项新技术，可以提供真核生物基因组的详细三维（3-D）图像，这有可能帮助科学家们解答一些有关染色质结构的关键问题。在发表于《细胞》（Cell）杂志上的研究论文中，这一称作为Micro-C的新技术使得研究人员能够以核小体分辨率来分析染色体折叠，填补了以往一些
Cell发布突破性基因组研究技术
来自美国麻省大学医学院的研究人员开发出了一项新技术，可以提供真核生物基因组的详细三维（3-D）图像，这有可能帮助科学家们解答一些有关染色质结构的关键问题。在发表于《细胞》（Cell）杂志上的研究论文中，这一称作为Micro-C的新技术使得研究人员能够以核小体分辨率来分析染色体折叠，填补了以往一些
任兵教授Cell－Res:开发新的ChIPseq分析远程染色质相互作用
生物通报道：近日，加州大学圣地亚哥分校任兵教授带领的研究小组，在国际知名学术期刊《Cell Research》以Letter to the Editor的形式，在线发表了题为“Mapping of long-range chromatin interactions by proximity li
绘制基因组的“谷歌地图”
染色体的功能远不止保持DNA整齐有序。这种基因组DNA和蛋白质组成的复合物有许多不同的结构和构象。这些结构和构象可能会影响周围基因的表达。在某些构象中，线性DNA中相距较远的两个序列可能实际上非常靠近，并影响彼此的活性；而在其他形式中，这两个序列又可能相距甚远。 美国麻省理工学院研究生Erez