基因组学助力芸薹属抗性基因挖掘与育种
芸薹属包含许多重要的蔬菜、油料和饲料作物，如白菜、甘蓝、油菜、芥菜等。与其它农作物一样，芸薹属作物在生产中不断受到病毒、细菌和真菌等的侵害，造成巨大经济损失。 近日，《园艺学研究》在线发表了中国农业科学院蔬菜花卉研究所甘蓝课题组方智远院士团队的综述文章。该文针对芸薹属作物主要病害芜菁花叶病毒病、黑腐病、黑胫病、菌核病、枯萎病、霜霉病和根肿病等，详细介绍了近年来国内外在芸薹属抗性基因挖掘及育种应用等方面取得的进展。 论文通讯作者、中国农业科学院蔬菜花卉研究所副研究员吕红豪介绍，传统的物理、化学防治手段往往操作复杂、成本高、易对环境造成危害。相比之下，利用作物的自然抗性是最理想的策略。因此，挖掘抗性种质和抗病基因，培育抗病、优良的新品种成为芸薹属育种工作者的重要任务。近年来，基因组学、分子遗传学和生物技术的快速发展使得抗性基因的高效挖掘和应用成为可能。 这些成果既缓解了上述病害对芸薹属作物生产的危害，也加深了人们对R基因抗......阅读全文
解码“基因组学之父”桑格：测序，测序，测序
“桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’，他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础，彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、 有一天，65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验，转身走出实验室，宣布自己正式退休。那一年是1983
全国玉米功能基因组学研究协作平台建立
近日，由中国农业科学院生物技术研究所、安徽农业大学和齐鲁师范学院共同主办的第四届全国玉米功能基因组学术研讨会在海南三亚召开。会议旨在通过创新共享玉米EMS突变体库种质材料，搭建全国玉米功能基因组研究协作平台，协力推动我国玉米功能基因组学研究迈上新台阶。 中国农业科学院生物技术研究所所长李新海致开
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
中信湘雅与华大基因携手促基因组学等前沿研究
7月3日，中信湘雅生殖与遗传专科医院和深圳华大基因科技有限公司签署战略合作协议，双方将共建“中信湘雅-华大DCSlab”科研实验平台，推动基因组学、基因检测、辅助生殖技术及精准医疗等领域的科学研究。签约仪式现场。中信湘雅医院 供图双方将共建以高通量测序仪、串联质谱仪等平台为基础的精准医学检验平台，该
生物信息分析数据挖掘
DNA芯片技术能够在基因组水平分析基因表达，检测许多基因的转录水平及在不同条件下的基因转录变化，显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。基因芯片产生了海量的数据，仅仅进行差异表达分析还远远不够，如何管理分析这些数据、从中挖掘信息已经成为利用这一技术的新的难点。芯片数据大量出现
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
能准确挖掘地方猪重要基因的育种液相芯片诞生
种业振兴，良种先行。优良的猪种是现代化高效养猪的前提和核心。 《中国科学报》记者4月16日从中国科学院亚热带农业生态研究所获悉，中国工程院院士、亚热带生态所研究员印遇龙科研团队牵头，联合湖南农业大学与华智生物技术有限公司科研团队，利用cGPS靶向测序技术合作开发了首款适用于湘猪等地方猪的64K
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集群进
单细胞数据细胞分类与功能挖掘的基因分析法介绍
接触过单细胞转录组数据的小伙伴们都知道，数据的核心结果在于根据每个细胞的基因表达数据，来对细胞进行分群分类。现有通用的分析思路如下：首先根据转录组稀疏矩阵，通过计算和分析，找到不同的细胞Cluster，并找到每一类集群的Marker基因。根据已有对细胞特定Marker基因的认识，来对细胞可能的集
科学家如何还原和挖掘海洋微生物基因数据？
·GOMC数据库为未来的研究提供了丰富的资源，包括开发新型生物技术产品、探索微生物的生态功能、研究微生物与环境变化的关系、开发新的疾病治疗方法等。基因是生命的“源代码”，其中不仅蕴藏着自然演化的奥秘，也囊括了数之不尽的生物工程资源。如何获取、分析和应用基因数据，是现代生物学的核心议题之一。近日，一支
东北地理所发表大豆基因克隆及功能基因组学综述文章
中科院东北地理与农业生态研究所大豆分子育种实验室夏正俊研究员近期发表了中英文综述文章，重点介绍了大豆生育期基因的克隆及大豆光周期反应机理等方面所取得的进展。 自上世纪20年代伊始，美国科学家以大豆等作物为材料发现光周期现象近百年来，人们对该现象的研究在模式作物拟南芥及水稻中研究取得了一系列
2年Science基因组学文章引用次数高达100
据The Scientist报道，一篇发表在Science杂志上的基因组学文章成为基因组学领域热门的文章，从2007年发表后，总的引用次数高达100次。 这篇文章即是：V. Nene et al., “Genome sequence of Aedes aegypti, a major ar
973计划支持蔬菜基因组学研究取得重要进展
在973计划的支持下，中国农业科学院蔬菜花卉研究所黄三文研究员的研究团队构建了包含360多万个位点的黄瓜全基因组遗传变异图谱，为全面了解黄瓜这一重要蔬菜作物的进化及多样性提供了新思路，并为全基因组设计育种打下了基础。该研究成果于10月21日由《自然 遗传学》杂志在线发表。 黄瓜是最重要
水稻基因组学与农业应用研讨会召开
由华大基因研究院举办的“水稻基因组学与农业应用研讨会”近日在深圳召开。 作为世界上最早种植水稻的国家，水稻一直在我国粮食生产中起着举足轻重的作用。华大基因等国内多家单位曾于2002年率先合作完成籼稻基因组框架图与精细图的绘制工作，并在美国《科学》杂志发表科学专论。
双相情感障碍功能基因组学研究新进展
双相情感障碍（Bipolar disorder，BPD）是常见的重性精神障碍。流行病学发现，BPD具有较高的发病率和死亡率。研究表明，BPD的发生与遗传和环境因素有关。BPD的遗传力为80%左右，表明遗传因素在BPD的发生中起主要作用。全基因组关联研究（GWAS）已报道许多BPD风险基因座（lo
基因组学研究重建苔类植物演化历程获突破
深圳市仙湖植物园研究团队与合作者使用转录组数据，首次对苔类目级系统框架进行了重建，得到了高支持的系统发育树。相关研究9月8日在线发表于Annals of Botany。该论文第一作者为深圳市仙湖植物园董珊珊副研究员，通讯作者为刘阳研究员。深圳市仙湖植物园张力研究员，深圳华大生命科学研究院联合培养研究
基因组学家Venter融资7000万开发抗衰老新药
美国基因组学家克雷格·文特尔(Craig Venter)称，已融资7000万美元，用以新成立一家生物科技公司，该公司将致力于抗衰老新药的研发工作。 文特尔今天表示，已从投资者那里融资7000万美元，用以成立Human Longevity(以下简称“HLI”)公司。H
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
王宪辉：“寂寞”基因组学和“爱热闹”蝗虫
中国“天眼”建成启用，“悟空”“墨子”发射成功，“蛟龙”号深海科考，体细胞克隆猴成功培育……自从2013年7月17日习近平总书记视察中国科学院并提出“四个率先”要求以来，中国科学院实施“率先行动”计划、加快改革创新发展，产出了一批具有重大国际影响力的标志性科技创新成果，为实施创新驱动发展战略、
海南大学团队定义植物基因组学“终极参考图谱”
近日，记者从海南大学获悉，该校三亚南繁研究院陈飞教授团队首次构建了“分型端粒到端粒超级泛基因组”理论体系，实现了植物基因组从个体单倍型完整到群体遗传多样性全覆盖的技术跨越。相关成果发表在国际期刊《植物科学趋势》。植物基因组研究长期受制于参考基因组的局限——传统组装难以解析着丝粒、端粒等复杂区域，且无
8位大牛畅谈基因组学的未来
过去几十年已经彻底改变了遗传学和基因组学，那么，下一个十年呢？《PLOS Biology》请了不同领域的8位牛人科学家，谈谈他们的预测。无一例外，所有预测都指向更大规模和更多类型的数据。当然，这些大牛都很乐观，许了遗传学和基因组学一个光明的未来。 Wellcome Trust Sanger研究
基因组学突破性成果：斑马鱼序列解析
人类发育，生理功能及疾病发生的过程涉及到成千上万的基因和其变异体，但是大部分的基因和其变异体的功能依然是未知的。过去的20年里，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模式动物。在《自然》杂志网站发表的两篇文章里1,2，报道了斑马鱼参考基因组序列和完成超过10,000个蛋白编码基因的断裂性突变体的鉴
Optalysys光计算发力中国基因组学市场
“国际基因组学大会”由华大基因主办，是基因组学领域最具影响力的国际性学术年会。该盛会不仅汇聚了生物组学的专家泰斗和企业精英进行深入的学术交流，更促进了基因组学领域在全球范围内的合作、创新与应用。今年ICG-12大会更是吸引了全球领先的光计算研发公司Optalysys参加，其公司创始人兼CEO N
顶级实验室《Nature》发布表观基因组学图谱
基因组中表观遗传变化是能遗传的，近期来自Salk生物学研究所等处的一组研究人员完成了一项野生植物表观基因组学全范围内的研究分析，从中发现了这种修饰与遗传信息相互作用的共同模式。这一成果公布在3月7日Nature杂志在线版上。 文章通讯作者是Salk研究所的著名教授Joseph R. E
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发
首个植物功能基因组学智能问答系统PlantGPT问世
近日，中国科学院院士、华南农业大学教授刘耀光和研究员祝钦泷团队联合清华大学，开发了一个以拟南芥为基础的植物功能基因组学专家问答系统PlantGPT，通过融合检索增强生成技术和大语言模型微调方法，实现了对植物功能基因组学专业问题的精准回答与分析。相关成果在线发表于《先进科学》（Advanced S
安捷伦财政收入:－诊断和基因组学增长快
安捷伦科技公司在周三收市后宣布，其第三财季的收入较去年同期下降4%，但诊断和基因组学部门的收入增加54%。 在截至7月31日的第三财季，该公司总收入达16.5亿美元，低于去年同期的17.2亿美元，但略微高于华尔街预计的16.4亿美元。 按业务部门来分，诊断和基因组
基因组学大牛Science发布癌症重大成果
Whitehead研究所的科学家们发现，称作为“隔绝邻域”的环状染色质结构遭到破坏可以激活能够推动侵袭性肿瘤生长的癌基因。这一研究发现对于癌症诊断及治疗均具有重大的意义。相关论文发布在《科学》(science)杂志上。 领导这一研究的是Whitehead生物医学研究所的Richard A Yo
张锋等人Cell发表空间基因组学最新成果
如果要观察细胞，我们常常需要显微镜。现在，科学家已经开发出一种方法，可通过细胞自身的遗传物质对细胞进行“拍摄”，进而生成独特的可视化图像。虽然当前该方法生成的图像比传统显微镜图像要模糊，但这种方法或许可以帮助科学家们改进癌症治疗，并探索人类神经系统的形成过程等。 在今日发表于Cell杂志的重磅
蛋白基因组学研究揭示肝癌发生和发展机制
慢性乙肝病毒（hepatitis B virus，HBV）感染是导致我国肝癌发生的最主要原因，约85%的肝癌患者携带HBV感染标志。肝癌的发生发展是一个非常复杂的生物学过程，受到机体的系统性调控，基因突变会对HBV相关肝癌的表型产生怎样的影响，目前这方面的研究报道较少，亟待深入探究。同时，新药研