动物所等开发出低DNA用量、无扩增的PacBio建库技术
基因组信息在生命科学研究中具有重要价值。基于三代长读长的测序组装越来越广泛地应用于基因组学研究。其中，PacBio高保真测序技术因高精度的测序质量被认为是三代测序的金标准。然而，PacBio标准建库方法需要大量DNA输入，限制了其在小型昆虫或珍稀样本中的应用。DNA扩增虽然可以降低样本输入量，但会引入扩增偏好和人工嵌合序列等错误，影响基因组的完整性以及变异检测的准确性。因此，亟待开发低DNA用量、无扩增且操作简单的PacBio建库方法。7月5日，中国科学院动物研究所张勇研究组与中国农业科学院深圳农业基因组研究所阮珏研究组，在《自然-通讯》（Nature Communications）上在线发表了题为Low-input PacBio sequencing generates high-quality individual fly genomes and characterizes mutational processes的研究论文......阅读全文
PacBio推出小而强大的测序系统
之前，人们一直在猜测Pacific Biosciences可能会推出小型的单分子测序仪，但PacBio从未给出肯定的答复。而在2015年9月的最后一天，PacBio给了人们一个惊喜，突然宣布推出Sequel测序系统。Sequel系统保留了SMRT技术的优点，与现有的PacBio RS II系统相
罗氏联手PacBio打造NGS诊断产品
美国Pacific Biosciences公司周三宣布与罗氏诊断签订一项协议，以PacBio的SMRT技术为基础开发诊断产品。包括前期、里程碑和供应付款在内，罗氏将向PacBio支付7500万美元。 罗氏选择了PacBio公司的SMRT技术 去年，罗氏曾向 Illumina发起收
PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长速度
PacBio单分子测序最新科研动态
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
PacBio完成大型基因组测序项目
什么叫PacBio技术应用到大型基因组测序项目中会大打折扣，在哪个环节大打折扣?提出这个问题的读者几乎都是抱有同样的心态，尽管大多数读者都基本认同了，如果为了得到Finishing Genome，那么PacBio无论技术和成本，理论上都是最低的，但即使这样，客观成本还是高的吓人，而假如将就D
PacBio如何获得又长又准确的reads
Pacific Biosciences公司近日以单分子环形一致性测序（CCS）为基础开发出一种方案，能够在Sequel测序平台上生成高度准确的长reads。这种方法有望克服短读长测序的读长不足以及长读长测序的准确性有限的问题。 这篇题为“Highly-accurate long-read se
PacBio助力感染菌株基因组重测序
Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遗传与基因组中心的副主任。他目前领导着一些专攻治疗和诊断的合作项目，而他自己的研究也主要在病原体检测，药物基因组学，睡眠与遗传的关系几个方面展开。在加入西奈山之前，他曾经就职于PacBio，Sage Bionetworks和Merck。他有
PacBio全新Sequel－II系统助力入侵物种的鉴定
对于美国葡萄园和苹果园的园主来说，斑衣蜡蝉（spotted lanternfly）简直是噩梦一般的存在。这种贪婪的食客吸食葡萄、苹果等70多种植物的汁液。若任其蔓延，将会造成数百亿美元的损失。 不过好消息是，美国农业部的科学家近日已利用PacBio新推出的Sequel II测序系统，对一只田间
PacBio推出首款检测DNA碱基修饰的软件
美国第三代测序公司Pacific Biosciences近日宣布推出一个独特的解决方案，可利用PacBio® RS测序仪检测与表观遗传学调控和DNA损伤相关的DNA碱基修饰。 DNA碱基修饰(如甲基化)在多个生物进程中扮演了重要角色，包括生长和衰老、免疫、细菌致病性以及疾病发展。Pac
PacBio第三季度仪器销售强劲
美国Pacific Biosciences公司在上周宣布，其第三季度的收入同比增长178%，环比增长81%。 这家单分子测序技术公司今年Q3的营业收入达到2060万美元，而去年Q3为740万美元，今年Q2为1140万美元。这也超过了华尔街预计的1720万美元。 在这一季度，产品收入为680万
PacBio首次确认一种疾病大片段缺失突变
二代测序为生命科学研究带来了翻天覆地的变化，但是越来越多研究表明这种短读长测序 (short-read sequencing, SRS)虽然高通量，成本低，然而对于串联重复序列、高GC/AT序列、高度多态性区域、高度同源区域以及大片段结构变异的检测能力非常有限，难以全方位的捕捉基因组的变化。据估
鱼和熊掌兼得，PacBio获得高度准确的长reads
如今，人类基因组的测序已经达到群体规模，但仍需要结合不同的测序技术（短读长和长读长），才能覆盖各种类型的遗传变异。这无疑增加了测序项目的成本和复杂度。为此，Pacific Biosciences公司的研究人员开发出一种方案，能够在Sequel测序平台上产生高度准确的长reads。 如今，人类基
继英国之后，Illumina收购PacBio再受美国监管机构反对
当地时间2019年12月17日，美国联邦贸易委员会（Federal Trade Commission，FTC）宣布已授权采取行动，以阻止Illumina提出的以12亿美元收购PacBio的交易。 FTC在一份尚未公开的行政申诉中表示，Illumina试图通过“合并作为新生竞争威胁的PacBio
PacBio－Q3收入下降，但仪器安装创新高
Pacific Biosciences公司在上周四收市后宣布，其第三季度的收入同比下降33%，因为去年第三季度收到了罗氏的1000万美元里程碑付款，而今年没有。这家单分子测序公司第三季度的总收入为1390万美元，低于华尔街预计的1580万美元。 在今年第三季度，PacBio的产品收入（包括仪
Illumina斥资12亿美元收购PacBio－加速基因测序行业整合
2018年11月1日，Illumina公司宣布收购Pacific Biosciences公司。Illumina将以后者每股8美元的价格以全现金交易的形式收购该公司。这一价格比Pacific Biosciences在2018年10月31日市场收盘时的30个交易日成交量加权平均股价溢价71%，按完全
PacBio－RS－II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧]
PacBio RS II测序系统一经推出，其长读长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇，尤其是在HLA检测分型领域，国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发，推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。His
PacBio测序有望掀起下一场遗传诊断的革命
从一代到二代再到三代，近年来测序技术的发展势不可挡。单分子测序也逐渐表现出它的优势，在测序舞台上发挥着举足轻重的作用。近日，比利时鲁汶大学和瑞典乌普萨拉大学的研究人员在《Nucleic Acids Research》发表综述文章，介绍了PacBio SMRT测序技术在临床中的应用。 文章简单回
英机构提议阻止Illumina收购PacBio－维护测序市场公平竞争
大约一年前，美国基因测序巨头Illumina宣布了其20年发展史上最大的一笔交易，一时震惊了整个基因测序行业。 2018年11月，Illumina与英国三代测序上游制造商PacBio宣布签署了一项收购协议，Illumina将斥资12亿美元以全现金交易形式收购PacBio，将长读长测序技术收入囊
PacBio－RS－II测序仪革新HLA检测分型技术[创新技巧]
PacBio RS II测序系统一经推出，其长读长、单分子碱基分辨率及无GC偏好性的特征即受到广大研究者的推崇，尤其是在HLA检测分型领域，国际上权威HLA检测分型机构相继引进PacBio RS II测序技术进行相关服务或试剂盒的研发，推起了PacBio在HLA研究应用领域的高潮。 His
PacBio单分子测序揭示丹参叶绿体DNA修饰的相互作用
2014年6月10日，中科院药用植物研究所（IMPLAD）刘昶团队在《PLOS ONE》杂志上发表了利用PacBio测序技术揭示丹参（Salvia miltiorrhiza）叶绿体DNA修饰之间复杂相互作用的相关文章，该文章报道了丹参叶绿体中编码及非编码RNA的表达情况。这也是国内PacBio第
2022年PacBio营收1.28亿美元，继续专注长度条测序
Pacific Biosciences近日发布2022年财政报告，由于用户等待该公司最新的 Revio 长读长测序仪导致其他测序仪器需求下降，其 2022 年第四季度收入同比下降 24%。2022年收入1.28亿美元，较上年1.31亿降低1.7%；净亏损3.14亿美元。第四季度概况 第四季度总
PacBio－Q3收入大涨77％，上调全年收入预期
Pacific Biosciences公司本周一表示，在第三季度收入同比增长77%之后，该公司上调了2023年全年收入预期。公司预计2023年总收入在1.95亿美元到2.00亿美元之间，与2022年相比增长52%到56%。在截至9月30日的三个月里，PacBio的营业收入
斯坦福大学借助PacBio首次临床全基因组测序
在Ricky Ramon 7岁时进行一次例行检查中，犹豫不决的儿科医生送他去拍一张胸部X光片，结果显示在他心脏左上腔里有一个良性肿瘤。对于Ramon来说，这是长达二十年的痛苦而漫长的就医史的开始——伴随他20年的，是没完没了的预约、诊断、和手术。 在此期间，非恶性肿瘤不断重新出现在Ramon的
PacBio助力100K基因组计划最新进展
今年1月我们报道了Pacific Biosciences公司加入100K基因组计划，该计划将对10万种食源性病原微生物基因组进行测序。最近，该项目研究者宣布，利用PacBio单分子实时(SMRT)测序技术，他们已经完成了20种食源性病原微生物的基因组，并且已经将序列和完整的表观遗传学信息发布
新一代测序十年记：后起之秀PacBio
在新一代测序技术崛起的早期，市场主要被Illumina、Life Tech和Roche这三家公司占领。偶尔也有一些新的测序平台出现，但大多是雷声大雨点小，不久便没了下文。面对这些强大、成熟的系统，新平台要想站稳脚跟，的确不是件容易的事。 在2010年的AGBT年会上，Pacific Biosc
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
PacBio三代单分子测序获表观遗传研究新发现
来自福建农林大学海峡联合研究院林学中心等处的研究人员发表了题为“Comprehensive profiling of rhizome-associated alternative splicing and alternative polyadenylation in moso bamboo (P
PCRfree的靶向捕获技术遇上PCRfree－PacBio－SMRT测序
高通量测序技术已经被广泛用于疾病基因组特征和分子机制研究，研究策略无非是全基因组测序或是靶向测序，在靶向测序中，常见的靶向富集技术有PCR扩增目的区域或基于探针的靶向捕获技术，但这两种方法都很难绕过一个关键步骤－PCR扩增，使得研究人员无法对原始的基因组区域进行测序，从而无法保证测序结果的真实性
PacBio技术助力两种水生生物的基因组组装
对于吃货而言，水生动物是餐桌上的美味。对于科学家而言，它们则具有重要的研究价值。了解它们如何适应不同的环境条件，对水产养殖业而言具有重大意义。为此，科学家们近日对两种水生动物进行了基因组组装。 章鱼一向给人一种聪明的感觉。凭借其复杂的大脑、感觉器官和神经系统，章鱼可以带给我们一些关于学习、记忆
PacBio－HiFi助力破译高度复杂的LPA串联重复序列的变异
背景介绍Lp (a)脂蛋白是冠状动脉疾病风险的重要因素，其表达与LPA基因的长度有关。不同种族/民族之间血浆中 LP (a)的水平存在显著差异性。个体之间在LP (a)水平上的差异也是巨大的，其变化范围能达到平均水平的3倍。例如，非洲人后裔的血浆LP (a)水平是欧洲或亚洲人的2-3倍。之前的研究证